Como o pessoal já citou, eu iria de Apache...

Neste caso eu sugiriria o uso de diretórios de usuários
(/etc/httpd/extra/httpd-userdir.conf).

> Ficaria tendo uma pagina principal e nela vai ficar um link redirecionando
> para outra pagina onde vai conter um link para pagina de cada aluno, sera
> coisa de mais ou menos 2 mil sites hospedados onde cada um ficara com estes
> sites 2 meses no maximo hospedado, depois apaga-se e será criara uma nova
> conta para um novo aluno, cada aluno terá que ter um acesso via ftp para
> transmitir os arquivos.

Se usuares a opção de diretórios de usuários, não precisarias de FTP
necessariamente. A não ser que queiras deixar para fins de
aprendizado. Neste caso é só usar algumas das opções de FTP existentes
no Slackware. Não esqueça de restringir a navegação do FTP ao
diretório do usuário!

Caso as estações sejam Windows, podes também habilitar o Samba no
servidor e deixar a manutenção das pastas de publicação através do
Windows Explorer (embora este não seja um ambiente típico de
publicação!).

> Minhas dúvidas.
>
> Quais softwares usar.
> O tamanho de cada pasta para cada usuário.

Neste caso, habilitas quota para uma partição /home que criarias...

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