Pregunto ello pues evidentemente el proyecto está alojado y documentado en
su respectivo portal, pero al guía de compilación indica una versión
anterior, en mi caso uso modflow 2005
http://water.usgs.gov/ogw/modflow/MODFLOW-2005-Guide/
Como verán ahí se indica la versión 2000.
Además en la otra web del proyecto
http://wwwbrr.cr.usgs.gov/projects/GW_stoch/pcgn/pages/mf200x_LU_install.shtml
Establecen que se descarge PCGN y que se copie en el archivo /src de Modflow
lo que contiene el archivo /solver, con algunos cambios.