Hola,¿no es suficiente con cambiar el propietario a root y denegar los permisos de lectura de dichos directorios?. De ese modo nadie podría acceder al contenido del directorio excepto root. Es una buena forma de proteger los archivos.
Otra forma es usar GNUpG para cifrarlos. Solo tu podrás abrir los archivos o directorios cifrados.
Sds
