He solucionado el problema desinstalando dichos paquetes, luego no se que ha pasado, lo he dejado actualizando y cuando he vuelto el dialogo se habia cerrado. Pues bueno que he visto que se estaban haciendo actualizaciones en segundo plano y sin saber las he parado y las he hecho desde terminal via sudo apt dist-upgrade.

Por cierto, aun no se han terminado de actualizar los paquetes, parece que se pegará así 20 horas y me ha dado por revisar si los nuevos repos se han colocado correctamente en los origenes del software y sale como repos externos y no como los principales, en otro modo, se han puesto en sources.list y no en mirror.list si no me equivoco. Supongo que tras instalarse todo y reiniciar se pondrán en los lugares correctos?


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