Cara, esse é um daqueles casos que agente diz... que talz fazer do zero? Faz Backup das tuas coisas, instala a versão server do Ubuntu e restaura teus negócios lá. Por experiência própria, é melhor fazer as coisas bem redondas nessa questão de instalação e desinstalação. É claro que o Linux não é o Windows que se fica instalando e reinstalando deixa o registro "pesado", mas mesmo assim... você fica com o peso de dez mil bibliotecas não mais necessárias e tudo mais... vale a pena não. =]
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