Olá Alexsandro, eu uso como você, home separado para distro, e uso o dropbox para manter os arquivos os arquivos importantes, sempre disponível e atualizado em qualquer das distro.
Aniceto -- Mais sobre o Ubuntu em português: http://www.ubuntu-br.org/comece Lista de discussão Ubuntu Brasil Histórico, descadastramento e outras opções: https://lists.ubuntu.com/mailman/listinfo/ubuntu-br