> 1.  Cartella R: percorso?;
> 2.  Cartella della libreria R: percorso?;
> 3.  Cartella script R: percorso?

dovrebbe esserci qualche utente Windows che ti aiuti..
su Linux (e credo anche OSX) non serve specificare niente se non la
cartella degli script (che non crea problemi per l'avvio e l'esecuzione
di R)..

ti posso dire le mie:

> .libPaths()
[1] "/home/ma7730/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library

ma appunto non le devo impostare manualmente in Processing
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