Mais qui execute l'interpréteur ? Avec chmod 000 seul root peut accéder au fichier. (Sauf bit sticky, que j'ai toujours un léger mal à assimiler)

Comme quoi que non c'est étrange !
Le fichier test.php echo Bonjour depuis le navigateur, pour un fichier a chmod 000 et donné a un utilisateur lambda, qui n'est pas configuré dans la configuration fpm pool.d.
C'est vraiment bizzard.

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