Esos problemas de disco duro, ,siempre los muestra en cualquiera que se la instalación de windows, (xp,vista,win7) lo he comprobado entrando con live cd de ubuntu en 9.10 que trae el palimpsest o la herramienta de disco.
Podria ser la cuando se formatea la partición con el cd de instalación, y luego instalo ubuntu y se soluciona el problema del disco. Diego Malavera