Nach einiger Recherche habe ich herausgefunden, dass das ein spezielles
Problem mit KDE bzw. Qt zu sein scheint. Ein Teil der Shortcuts bleibt
bei dem Layout, dass in KDE als oberstes und somit als Standard
angegeben ist. Der einfache Workaround ist, Neo nach oben zu verschieben
(dann hat man aber das Neo Layout sobald man Kürzel unter dem DE Layout
verwenden will). Der kompliziertere, und von mir nicht ausprobierte
Workaround ist mit einem Shell Skript zu arbeiten. Dies betrifft nicht
Gnome und hat deswegen in OpenOffice, Firefox etc. funktioniert.
Details zu finden unter
http://kate-editor.org/2013/10/07/multiple-keyboard-layouts-and-shortcuts/
Könnte das vielleicht jemand im Wiki einfügen?