Se o banco de dados estiver bem definido a performance tanto em mssql como no mysql serão ótimas. Atualmente trabalho com o mysql em aplicações utilizando o amf-php, o flex pouco difere sobre isso pois não interfere na comunicação com o banco de dados. O mysql tem um problema quando se utiliza "views" e mais um problema com "triggers" fora isso é excepcional, lembrando também que algumas sintexes são diferentes do mysql para o mssql ( como a empregação do LIMIT). Aconselho você efetuar alguns testes para achar onde está o "gargalo" no mssql caso a lentidão esteja em um ponto isolado, porém se até uma "SELECT" simples tiver problema, aconselho entrar em contato com a sua "hospedagem" e verificar se existe algum problema por la.
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