解決いたしましたので、自己レスです。

結論は「ファイルシステムが壊れていた」でした。

先日のクラッシュの後、自動で fsck がかかっていたはずなのですが、
修復しきれていなかったようで、リブート後、問題のファイルシステムがマウントできませんでした。
手動で fsck をかけたあとリブートし、マウント成功。
問題のディレクトリも削除できました。

いろいろ、ご指摘くださったみなさま、ありがとうございました。

「わか」

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