Hay varias cosas que podrían estar influyendo aqui.
Podrían estarse agotando los inodos (comprobar con df -ih)
O quizás el espacio reservado de la partición es unporcentaje
relativamente alto, en cuyo caso podría reducirse con tune2fs.
En cualquier caso, yo intentaría diagnosticar con lsof que archivos se
están generando que consumen el espacio (o los inodes). Por ejemplo,
esto pudiera ser el efecto de algo como eaccelerator o apc compilando y
cacheando bloques de código de una aplicación en php, etc.
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