Seminar & Workshop Bioinformatika Undangan Peserta dan Pembicara (versi 1)
Ledakan informasi biologi molekuler (DNA, RNA,
Protein) dan kemajuan teknologi informasi (komputer,
internet)
bersinergi menciptakan bidang multidisiplin baru yaitu
bioinformatika. Bioinformatika kemudian menjadi
katalis
terjadinya revolusi ome yaitu perkembangan pesat ilmu
hayati yang bersifat komprehensif dan menyeluruh
seperti
dicontohkan oleh genome, proteome dll. Di sini
kompleksitas interaksi masing-masing unit penyusunnya
dengan
probabilitas tak terhingga, tidak mampu lagi dianalisa
dengan eksperimen lab konvensional tapi memerlukan
bantuan
analisa komputer.
Seminar dan Workshop ini bertujuan untuk
memperkenalkan kemajuan bioinformatika di dunia dan
perkembangannya di
Indonesia. Selain pembicara undangan, kami juga
mengundang peserta yang ingin mempresentasikan
penelitiannya secara
lisan yang berhubungan dengan bioinformatika. Di akhir
sessi, akan diadakan Workshop yang akan memberikan
pengalaman
bagi peserta untuk menggunakan berbagai perangkat
lunak dan memahami pengetahuan dan teknik dasar untuk
dapat memulai
terjun dalam bidang yang maju pesat dari riset sampai
komersialisasinya ini.
Hari/tanggal: Kamis, 17 Maret 2005
Waktu : 09:00 - 16:00
Tempat : Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Komplek Cibinong Science Center, Jalan Raya Bogor
Km.46, Kecamatan
Cibinong, Kabupaten Bogor
Biaya : Rp. 100.000 (termasuk snack, sertifikat &
DVD berisi data dan software dasar untuk melakukan
eksperimen
bioinformatika)
Pembicara : DR. Arief B. Witarto (LIPI), Peneliti &
pengajar bioinformatika
: DR. Anto S. Nugroho (Chukyo-U, Jepang),
Computer scientist
: DR. Dwi Handoko (BPPT), Pengembang
klaster PC
Pendaftaran : Via email ke [EMAIL PROTECTED] (sampai
Senin 14/3/2005 sebagai peserta; sampai Senin 7/3/2005
sebagai
pembicara)
Host : Kelompok Penelitian Rekayasa Protein,
Puslit Bioteknologi - LIPI
Lampiran : Artikel tentang Bioinformatika (Suara
Pembaruan, 19 Mei 2003)
---
SUARA PEMBARUAN DAILY
Bioinformatika Menjelma Jadi Bisnis Besar
Kini, perpaduan antara bioteknologi dan teknologi
informasi (bioinfomatika) menjelma menjadi bisnis
besar. Produk-
produk bioinformatika telah dipatenkan oleh
perusahaan-perusahaan biotek ternama di AS, Eropa, dan
Asia. Lalu dari
mana Indonesia seharusnya mengembangkannya? Teknologi
chip DNA (deoxyrebase nucleic acid) semakin
mempercepat ledakan
informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data
sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan
struktur protein,
sampai kepada data transkripsi RNA (ribonucleic acid).
Perkawinan antara teknologi informasi dan bioteknologi
mendorong lahirnya bioinformatika yang digunakan untuk
mengorganisasi dan menganalisa data-data tersebut
menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Tak
bisa disangkal
lagi, teknologi informasi (TI) saat ini telah menjadi
mesin penggerak ekonomi sekaligus tren gaya hidup
manusia
modern. Bahkan pencipta Mirosoft, Bill Gates
mengatakan bahwa penguasaan TI adalah cara bagi dunia
ketiga untuk
melakukan lompatan mengejar kemajuan dari negara maju.
Di samping TI, bioteknologi juga diyakini telah
menjadi lokomotif penggerak ekonomi masa depan. Dengan
kata lain siapa
yang menguasai keduanya, maka dia akan menguasai
ekonomi dunia. Bioteknologi modern ditandai dengan
kemampuan manusia
untuk memanipulasi kode genetik DNA, "cetak biru
kehidupan". Berbagai aplikasinya telah merambah
berbagai sektor
antara lain kedokteran, pangan, dan lingkungan.
Rahasia Genom
Aplikasi TI telah mempercepat pembacaan sekuen genom
manusia seperti yang dilakukan perusahaan bioteknologi
AS, Celera
Genomics. Dalam waktu singkat (beberapa tahun)
perusahaan tersebut mampu menghasilkan temuan-temuan
baru tentang
rahasia genom manusia dibanding usaha konsorsium
lembaga riset publik Eropa dan AS lainnya yang lebih
dari 10 tahun.
Menurut pakar bioteknologi dari Lembaga Ilmu
Pengetahuan Indonesia (LIPI), Dr Arief B Witarto,
kontribusi TI
(perangkat keras maupun lunak) telah melahirkan bidang
bioinformatika yang kian penting di masa depan. "Tidak
hanya
mengakselerasi kemajuan bioteknologi namun juga
menjembatani dua gelombang ekonomi baru yaitu TI dan
bioteknologi,"
ujarnya.
Bioteknologi modern yang lahir pada tahun 1970-an
diawali dengan inovasi ilmuwan AS mengembangkan
teknologi DNA
rekombinan. Perusahaan bioteknologi pertama di dunia,
Genentech di AS, memanfaatkan temuan itu dengan
memproduksi
protein hormon, insulin yang dibutuhkan penderita
diabetes dalam bakteri. Selama ini insulin hanya bisa
didapatkan
dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi.
Dalam perkembangan selanjutnya produk bioteknologi
telah
merambah ke berbagai kebutuhan hidup sehari-hari
seperti pangan dan kosmetika, tutur Arief.
Aplikasi TI, menurut Arief, terutama didasari desakan
kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan, dan
menganalisis data-
data biologis dari database DNA, RNA, maupun protein.
Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa
bioinformatika dan database informasi dasar telah
tersedia saat ini. Pemilik database DNA terkemuka
adalah GenBank di
AS, sementara database protein dapat ditemukan di
Swiss-Prot, Swiss (untuk sekuen asam aminonya) dan di
Protein Data
Bank (PDB), AS (untuk struktur 3D-nya).
Data dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang
biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti,
namun
saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana
penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database.
Menurut Arief,
trend pembuatan database saat ini adalah isinya yang
makin spesialis. Arief menyontohkan untuk protein
struktur ada
SCOP dan CATH yang mengklasifikasikan protein
berdasarkan struktur 3D-nya. Selain itu ada PROSITE,
dan Blocks yang
berdasar pada motif struktur sekunder protein.
Tak kalah penting dari data eksperimen tersebut adalah
keberadaan database paper yang terletak di Medline.
Link
terhadap publikasi asli biasanya selalu tercantum
dalam data asli sekuen. Perkembangan Pubmed terakhir
yang penting
adalah tersedianya fungsi mencari paper dengan topik
sejenis dan link kepada situs jurnal on-line sehingga
dapat
membaca keseluruhan isi paper tersebut.
Pencarian Database
Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah
berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database
umumnya
berdasar hasil alignment (penyejajaran sekuen), baik
sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan
berdasar
kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda
sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya
protein hemoglobin
dari manusia hanya sedikit berbeda dengan ikan paus.
Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan
suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui
fungsinya maka
dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database
bisa diperkirakan fungsi dari padanya. Algoritma untuk
pattern
recognition seperti Neural Network dan Genetic
Algorithm telah dipakai dengan sukses untuk pencarian
database ini.
Salah satu perangkat lunak pencari database yang
paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar
sekarang adalah
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Perangkat
lunak ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment
terhadap
berbagai sekuen seperti DNA (blastn) dan protein
(blastp). Baru-baru ini versi yang fleksibel untuk
dapat beradaptasi
dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan
dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific
Iterated)-BLAST.
Data yang memerlukan analisa bioinformatika dan cukup
mendapat banyak perhatian saat ini adalah data hasil
chip DNA.
Menggunakan perangkat ini dapat diketahui kuantitas
maupun kualitas transkripsi satu gen sehingga bisa
menunjukkan
gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan
tertentu, misalnyatimbulnya kanker. mRNA (messenger)
yang diisolasi
dari sampel dikembalikan dulu dalam bentuk DNA
menggunakan reaksi reverse transcription. Selanjutnya
melalui proses
hibridisasi, hanya DNA yang komplementer saja yang
akan berikatan dengan DNA di atas chip.
DNA yang telah diberi label warna berbeda ini akan
menunjukkan pattern yang unik. Berbagai algoritma
pattern
recognition telah digunakan untuk mengenali gen-gen
yang aktif dari eksperimen DNA chip ini. Salah satunya
yang paling
ampuh adalah Support Vect or Machine (SVM).
Saat ini bioinformatika telah menjelma menjadi bisnis
besar. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data
besar
seperti perusahaan sekuen genom senantiasa memerlukan
bagian analisa bioinformatika. Produk bioinformatika
pun sudah
dipatenkan baik di AS, Eropa, maupun Asia. Menurut
Arief, berdasar jenisnya produk paten terdiri dari
perangkat lunak
bioinformatika. Termasuk di antaranya adalah perangkat
lunak pencarian database.
Paten selanjutnya, menurut Arief, adalah metode
bioinformatika yang menganalogikan metode bisnis
seperti pada kasus
pematenan Amazon.com. Sedangkan yang terakhir adalah
produk bioinformatika itu sendiri yaitu informasi
biologis hasil
analisisnya.
Mulai dari Mana?
Di Indonesia bioinformatika masih belum dikenal oleh
masyarakat luas. Di kalangan peneliti sendiri, mungkin
hanya para
peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak
mengikuti perkembangannya karena keharusan. Sementara
itu di kalangan
TI masih kurang mendapat perhatian. Ketersediaan
database dasar (DNA, protein) yang bersifat
terbuka/gratis merupakan
peluang besar untuk menggali informasi berharga
daripadanya. Sudah disepakati, database genom manusia
misalnya akan
bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari situ
bisa digali kandidat-kandidat gen yang memiliki
potensi
kedokteran/farmasi.
Menurut Arief, dari sinilah Indonesia dapat ikut
berperan mengembangkan bioinformatika. Kerjasama
antara peneliti
bioteknologi yang memahami makna biologis data
tersebut dengan praktisi IT seperti programmer akan
sangat berperan
dalam kemajuan bioinformatika Indonesia nantinya.
(SE/B-12)
Last modified: 19/5/03
[end]
----
Arief B. Witarto [EMAIL PROTECTED]
__________________________________
Do you Yahoo!?
Yahoo! Mail - now with 250MB free storage. Learn more.
http://info.mail.yahoo.com/mail_250
------------------------ Yahoo! Groups Sponsor --------------------~-->
Has someone you know been affected by illness or disease?
Network for Good is THE place to support health awareness efforts!
http://us.click.yahoo.com/RzSHvD/UOnJAA/79vVAA/S8XolB/TM
--------------------------------------------------------------------~->
IASA homepage: http://welcomte.to/iasa_japan or
http://www.geocities.com/iasa_japan/iasa.html
Yahoo! Groups Links
<*> To visit your group on the web, go to:
http://groups.yahoo.com/group/iasa/
<*> To unsubscribe from this group, send an email to:
[EMAIL PROTECTED]
<*> Your use of Yahoo! Groups is subject to:
http://docs.yahoo.com/info/terms/
050317_SeminarBioinformatika_Undangan_v1.pdf
Description: 050317_SeminarBioinformatika_Undangan_v1.pdf
