Ahoj, zkusil bych se inspirovat nějakým standardem pro modulární Java aplikace jako je např OSGi (http://cs.wikipedia.org/wiki/OSGi_Service_Platform).
Pokud je aplikace nějak rozumně modulární, můžete to udělat tak, že vytvoříte několik modulů: - API placené funkcionality stejné pro obě verze - implementaci - dummy implementaci pro free verzi No a pak už jen distribuujete příslušné moduly podle toho o jakou jde verzi.