Hallo Daniel,

bitte schick mal die Ausgabe von:
 ls -al /etc/ssl/private/

Bei mir:
ls -al /etc/ssl/private/
insgesamt 36
drwxr-x--- 3 root ssl-cert 4096 Sep  2  2013 .
drwxr-xr-x 4 root root     4096 Mär  6 22:29 ..
-rw-r--r-- 1 root ssl-cert 1001 Sep  2  2013 server.crt
-rw-r--r-- 1 root ssl-cert  757 Sep  2  2013 server.csr
-rw------- 1 root ssl-cert  887 Sep  2  2013 server.key
-rw-r----- 1 root ssl-cert 1945 Jul 27  2013 server.pem
-rw-r----- 1 root ssl-cert 1961 Jun  4  2007 server.pem.old
-rw-r----- 1 root ssl-cert 1704 Apr  9  2013 ssl-cert-snakeoil.key
------------------------------------

was steht den in der

/var/log/apache2/schulkonsole-error.log

Und bitte beschreib nochmal genau, wie das ganze zustande gekommen ist.
Du wolltest ein Bauckup mittels linuxmuster-migratio-backup machen, was
nicht klappte (warum? wo hing es?), dann hast du es nochmal gestartet
und es lief durch.. und seit dem gehen die Webseiten nicht mehr.

Könnte es den sein, dass du ausversehen ein migration-restore gemacht
hattest?
Schau doch mal in der history von root nach:
/root/.bash_history

VIele Grüße

Holger
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