Você ** PODE SIM ** ter no mesmo servidor dois Listeners em duas ORACLE_HOMEs diferentes ouvindo em duas posrtas diferentes, problema NENHUM : a única coisa é que, OBVIAMENTE, ORACLE_HOME e PATH *** tem ** que apontarem pra home 11g quando vc for configurar/subir o listener 11g, E TEM que apontar pra home 12c quando vc for configurar/subir o listener 12c... Aposto um picolé de limão (meu limite pra apostas SEGURAS) que foi ISSO que vc esqueceu , por isso que "quando eu vou chamar o listener, ele aponta para o diretório do 11g"..... Okdoc ??
[]s Chiappa