Hai un errore medio di 5 metri tra raster e la base vettoriale che usi. Considera che c'è una differenza notevole tra realtà percepita e realtà rilevata, soprattutto in un raster dove la risoluzione la fa da padrona.
Inoltre per poter rototraslare hai un ricampionamento dei pixel, quindi se un pixel ti valesse 5 metri di lato, se hai un ricampionamento per rototraslare ti ritrovi un ulteriore shift. Il PDF che hai, non ha dei punti noti con coordinate annesse vero? Stai mettendo i GCP "ad occhio" giusto?
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