O sucesso desse tipo de procedimento no sentido de tentar automatizar
depende do contraste entre áreas de interesse e fundo. Tive umas
experiências com medidas de lesão em folhas e tudo mais e daí eu conclui
que é mais rápido você editar a foto fora, ou seja, em um aplicativo
dedicado à edição de imagens. Lá você faria a passagem de colorido
monocromático mais rápido e vendo a qualidade do resultado. Depois você só
leria a monocromática dentro do R para fazer a contagem. No caso eu uso o
gimp como editor de imagens. Outras opção para tentar quase automatizar é
ler a foto como um gráfico e clicar sobre a foto com o locator() ativado,
marcando de vermelho pontos já clicados (locator(type="p", col="red",
pch=19)), ao clicar em todos no final tem como saber número de cliques.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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