Jakson, Seria bom você disponibilizar esse dados em algum site de compartilhamento (Copy ou Dropbox) ou dar um dput(Pre_euro_veg.Pollen) no R e postar aqui para que possa tentar te ajudar. Sem os dados teria que simular algo...
Dê uma olhada no pacote bpca, ele pode te ajudar. Ab, 2013/12/28 Jackson Rodrigues <[email protected]>: > Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan > para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser > mais preciso. > > Direto ao ponto. > > Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) > e 145 colunas (representando os táxons). > Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com > 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 > sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores. > > Alguém pode me indicar como fazê-lo. > > Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para > cada grupo. > > Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang > 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs > rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", > "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", > "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", > "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " > Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", > "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", > "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1") > > > colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", > "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", > "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", > "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", > "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", > "navyblue", > "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", > "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", > "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", > "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", > "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", > "navyblue") > > Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = > "t") > with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = > colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) > head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) > with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", > col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) > title("PCA of All sites") > > Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte. > > Obrigado. > > Jackson > > -- > > Jackson M. Rodrigues > Department of Palynology and Climate Dynamics > Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences > Georg-August-University Göttingen > Untere Karspuele 2 > 37073 Göttingen/Germany > Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 > Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível. -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ _______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
