Jackson, bom dia! A julgar pela organização dos rownames, tente alterar o argumento "pch=21" por algo como "pch=c(rep(20,27),rep(21,27))". Para uma sugestão mais precisa (ou exata :-) ) será necessário o dataset. Para alterar os símbolos mude os valores 20 e 21.
Em sábado, 28 de dezembro de 2013, Jose Claudio Faria< [email protected]> escreveu: > Jakson, > > Seria bom você disponibilizar esse dados em algum site de > compartilhamento (Copy ou Dropbox) ou dar um dput(Pre_euro_veg.Pollen) > no R e postar aqui para que possa tentar te ajudar. Sem os dados teria > que simular algo... > > Dê uma olhada no pacote bpca, ele pode te ajudar. > > Ab, > > 2013/12/28 Jackson Rodrigues <[email protected]>: >> Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan >> para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser >> mais preciso. >> >> Direto ao ponto. >> >> Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) >> e 145 colunas (representando os táxons). >> Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com >> 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 >> sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores. >> >> Alguém pode me indicar como fazê-lo. >> >> Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para >> cada grupo. >> >> Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang >> 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs >> rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", >> "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", >> "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", >> "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " >> Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", >> "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", >> "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1") >> >> >> colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", >> "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", >> "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", >> "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", >> "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", >> "navyblue", >> "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", >> "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", >> "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", >> "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", >> "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", >> "navyblue") >> >> Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = >> "t") >> with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = >> colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) >> head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) >> with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", >> col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) >> title("PCA of All sites") >> >> Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte. >> >> Obrigado. >> >> Jackson >> >> -- >> >> Jackson M. Rodrigues >> Department of Palynology and Climate Dynamics >> Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences >> Georg-August-University Göttingen >> Untere Karspuele 2 >> 37073 Göttingen/Germany >> Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 >> Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html >> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [email protected] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código >> mínimo reproduzível. > > > > -- > ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ > Jose Claudio Faria > Estatistica > UESC/DCET/Brasil > joseclaudio.faria at gmail.com > Telefones: > 55(73)3680.5545 - UESC > 55(73)9100.7351 - TIM > 55(73)8817.6159 - OI > ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > -- Éder Comunello <c <[email protected]>[email protected]> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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