Muito obrigado Robert,

      Problema resolvido, segue solução abaixo para registro:

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proj.talhao<-sort(rep(c("tamandua","itapagi","corrego"),100))
n.talhao<-sort(rep(c("144","256","356","144","301","180"),50))
dados<-as.data.frame(cbind(proj.talhao,n.talhao))
dados$medida1<-rnorm(nrow(dados),300)
dados$medida2<-rnorm(nrow(dados),300)
dados$medida3<-rnorm(nrow(dados),300)
dados$ab<- interaction(dados$proj.talhao, dados$n.talhao)
head(dados)
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dados$nobs=1:length(dados$ab) #só pra conferir
str(dados$ab)  # na verdade vc não tem 15 níveis, só 5 com casos
dados$abf=factor(dados$ab) # eliminar níveis não usados
nopar=table(dados$abf) # casos por fator
nopara=cumsum(nopar) # acumular casos
tam=40  #amostra
set.seed(765)
seqs=sort(sample(1:nopara[1],tam)) # o sort só ordena
for(i in 2:length(nopara))seqs=c(seqs,sort(sample((nopara[i-1]+1):nopara[i],tam)))
res1= dados[seqs,]

set.seed(765)
res2 = do.call(rbind, lapply(split(dados, dados$abf), function(x) x[sample(nrow(x), tam),]))

res2o=res2[ order(res2$nobs), ]
res2o==res1 #iguais

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Em 20/05/2014 18:29, Robert Iquiapaza escreveu:
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proj.talhao<-sort(rep(c("tamandua","itapagi","corrego"),100))
n.talhao<-sort(rep(c("144","256","356","144","301","180"),50))
dados<-as.data.frame(cbind(proj.talhao,n.talhao))
dados$medida1<-rnorm(nrow(dados),300)
dados$medida2<-rnorm(nrow(dados),300)
dados$medida3<-rnorm(nrow(dados),300)
dados$ab<- interaction(dados$proj.talhao, dados$n.talhao)
head(dados)
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