Caros Listeiros,
Estou tentando utilizar a função apc do Walmes para fazer
um desdobramento de 26 níveis dentro de um fator, a função dele ajuda
muita a fugir da montagem manual de contrastes, funcionou muito bem para
interações duplas e triplas, mas para investigar um nível não estou
conseguindo, já quebrei a cabeça e quando chego no momento de montar os
níveis dentro dele mesmo quando tento criar o objeto contr recebo a
mensagem:
Erro em pmc[cbn[1, ], ] : número incorreto de dimensões
Baseado no CRM abaixo alguém pode me ajudar? Obrigado
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require(multcomp)
require(doBy)
require(latticeExtra)
## apc: build all pairwise comparisons matrix by a LSmatrix.
source("apc.r")
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d <- data.frame(a=factor(sample(c(paste("Tratamento_",letters,sep="")),
1000, rep=TRUE)))
xtabs(~a, d)
d$y <- rpois(nrow(d), lambda=10)
## Interação.
d$a.int <- interaction(d$a)
levels(d$a.int)
## O padrão de funcionamento faz assim, o primeiro fator troca níveis
## dentro do segundo que troca níveis dentro do terceiro, etc, veja.
do.call(rbind, strsplit(levels(d$a.int), "\\."))
## Sabendo disso você pode passar da a, b e c na forma que lhe for mais
## conveniente. Por outro lado, é desperdício de tempo operar assim
## porque eu considero mais fácil declarar o modelo fatorial, usar a
## LSmatrix para gerar a matriz de contraste e usá-la.
g0 <- glm(y~a, family="poisson", data=d)
g1 <- glm(y~0+d$a.int, family="poisson", data=d)
M <- LSmatrix(g0, effect=c("a"))
M
## As estimativas das médias (na escala do preditor linear).
data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1))
## Combinações de níveis correspondentes as médias.
str(M)
grid <- attr(M, "grid")
## Matriz de contrastes entre níveis de `focus` dentro dos níveis de
## `split`.
trat <- "a"
trat <- "a"
spl <- interaction(grid[,split])
i <- 1:nrow(grid)
l <- split(i, f=spl)
contr <- lapply(l,
function(row){
## Matriz de contrastes par a par.
a <- apc(M[row,], lev=levels(d[,trat]))
## Prefixo no nome das linhas.
rownames(a) <- paste(spl[row[1]],
rownames(a), sep="/")
return(a)
})
contr <- do.call(rbind, contr)
contr
## Constrastes.
summary(glht(g0, linfct=contr),
test=adjusted(type="fdr"))
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Alexandre dos Santos
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