Obrigado Walmes, mas os contrastes não pareceram ficar muito corretos,
sendo meu CRM corrigido:
##-----------------------------------------------------------------------------
require(multcomp)
require(doBy)
require(latticeExtra)
require(wzRfun)
##-----------------------------------------------------------------------------
d <- data.frame(a=factor(sample(c(paste("Tratamento_",letters,sep="")),
1000, rep=TRUE)))
xtabs(~a, d)
d$y <- rpois(nrow(d), lambda=10)
##Niveis
levels(d$a)
## O padrão de funcionamento faz assim, o primeiro fator troca níveis
## dentro do segundo que troca níveis dentro do terceiro, etc, veja.
do.call(rbind, strsplit(levels(d$a), "\\."))
## Sabendo disso você pode passar da a, b e c na forma que lhe for mais
## conveniente. Por outro lado, é desperdício de tempo operar assim
## porque eu considero mais fácil declarar o modelo fatorial, usar a
## LSmatrix para gerar a matriz de contraste e usá-la.
g0 <- glm(y~a, family="poisson", data=d)
g1 <- glm(y~0+d$a, family="poisson", data=d)
M <- LSmatrix(g0, effect=c("a"))
M
## As estimativas das médias (na escala do preditor linear).
data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1))
## Combinações de níveis correspondentes as médias.
str(M)
grid <- attr(M, "grid")
## Matriz de contrastes entre níveis de `focus` dentro dos níveis de
## `split`.
trat <- "a"
spl <- interaction(grid[,trat])
i <- 1:nrow(grid)
l <- split(i, f=spl)
contr <- lapply(l,
function(row){
## Matriz de contrastes par a par.
a <- apc(M[,i], lev=levels(d[trat,]))
## Prefixo no nome das linhas.
rownames(a) <- paste(spl[row[1]],
rownames(a), sep="/")
return(a)
})
contr <- do.call(rbind, contr)
contr
## Constrastes.
summary(glht(g0, linfct=contr),
test=adjusted(type="fdr"))
On 12/02/2015 13:00, walmes . wrote:
Alexandre,
No seu CMR tem-se um fator apenas. Você não precisa de "a" e "a.int
<http://a.int>", eles são iguais. Será que não é a versão da apc que
você tem? Ela tem sido aprimorada, está no meu pacote wzRfun,
disponível do www.github.com/walmes/wzRfun
<http://www.github.com/walmes/wzRfun>. A mais recente tá assim:
## wzRfun::apc
apc <- function (lfm, lev = NULL)
{
nlev <- nrow(lfm)
rn <- rownames(lfm)
a <- attr(lfm, "grid")
if (is.null(lev)) {
if (!is.null(a)) {
lev <- apply(a, 1, paste, collapse = ":")
}
else if (!is.null(rn)) {
lev <- rn
}
else {
lev <- as.character(1:nlev)
}
}
cbn <- combn(seq_along(lev), 2)
M <- lfm[cbn[1, ], ] - lfm[cbn[2, ], ]
if (is.vector(M))
dim(M) <- c(1, length(M))
rownames(M) <- paste(lev[cbn[1, ]], lev[cbn[2, ]], sep = "-")
return(M)
}_
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À disposição.
Walmes._
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