Oi César, obrigado pela contribuição. Muito interessante seus comentários e suas sugestões de leitura, estou animado para aprender um pouco mais. Afinal, aprender mais é sempre motivador.
Interessante também tudo que o pessoal falou sobre as alternativas que existem, pois na literatura da biologia não se aborda essas alternativas. ...Então, a ideia nesse teste é verificar se a incidência de Cryptosporidium positivo está associado à incidência de Giardia positiva... Mais uma vez obrigado a todos, Toda essa discussão foi muito proveitosa. Em 6 de novembro de 2015 16:30, Cesar Rabak <[email protected]> escreveu: > André, > > Sua questão sobre o quê o resultado do teste estatístico que você realizou > é muito importante. > > Antes de mais nada gostaria de colocar que as alternativas propostas são > todas tautológicas no sentido matemático/estatístico (puro) pois um fato da > vida é o de que todas as "medidas" obteníveis de uma tabela de contingência > estão todas inter-relacionadas. . . > > Uma abordagem mais lúcida a meu ver é entender o resultado do teste, "por > preguiça" eu abrevei os nomes dos seus microorganismos: > > > tabela <- > matrix(c(250,15,34,14),nrow=2,byrow=T,dimnames=list(c("CN","CP"),c("GN","GP"))) > > Rodando o mosaicplot nesses dados: > > > mosaicplot(tabela, shade=T) > ou melhor ainda > > library(vcd) > > mosaic(tabela, shade=T) > > A gente vê que os resíduos de Pearson por célula da tabela que estão > gerando o valor do qui², e consequentemente do valor-p. > > Nessa figura fica claro que a expectativa não cumprida é que a porcentagem > do GP para CP (posto que a quantidade de CN versus CP é muito maior). A > pergunta a fazer então é a seguinte, o quê essa tabela está testando? > > Em outras palavras, qual experimento foi realizado? > 313 amostras obtidas aleatoriamente foram classificadas para Cryptosporidium > e Giardia? > > As proporções de Cryptosporidium e Giardia são as que aparecem na > Natureza? > > Cada uma dessas questões levaria a uma análise diferente. > > Admitindo que a análise adequada conduzisse para uma melhor medida > explicativa, as medidas de associação em tabelas de contingência (de novo > veja que elas são apenas o resultado obtido em "outra roupagem", posto que > emanam de exatamente as mesmas métricas e variáveis. . .) > > https://en.wikipedia.org/wiki/Contingency_table#Measures_of_association ( > *sorry* a pág. em português sobre este tema é pobrezinha), e > https://en.wikipedia.org/wiki/Phi_coefficient. > > No R: > > library(psych) > > phi(tabela) > [1] 0,29 > > > > As medidas de associação têm mais respeito porque podem medir o assim > chamado "tamanho do efeito", e auxiliar a análise em relação à importância > prática do resultado. > > Um tratamento teórico dessas medidas pode ser encontrado aqui: > https://corplingstats.wordpress.com/2012/04/09/measures-of-association/ > > Um outro aspecto a ser mencionado é que todos os testes baseados na > estatítica do qui² são sensíveis ao tamanho da amostra na tabela, daí a > ideia de se usar outra maneira de interpretar os dados. > > A propósito, o comentário do Leonardo sobre IC de Wald versus Wilson é > tratado neste interessante post: > https://corplingstats.wordpress.com/2012/03/31/z-squared/ > > Por fim, gostaria de propor a leitura deste post para que você decida o > quê o seu resultado signfica: > http://www.theguardian.com/commentisfree/2011/sep/09/bad-science-research-error > > HTH > > > 2015-11-05 14:30 GMT-02:00 André Lucas de Oliveira Moreira < > [email protected]>: > >> Pessoal, muito obrigado por tudo! >> >> Felipe, com os comentários ficou mais fácil de associar o que já sei com >> os exemplos que você utilizou. :D >> >> >> Abraços a todos, >> André >> >> Em 4 de novembro de 2015 17:33, Felipe <[email protected]> >> escreveu: >> >>> André, >>> >>> Como o Leonardo disse no e-mail anterior, há pacotes que já calculam >>> medidas como diferença de proporção OR, seus respectivos IC e outras >>> medidas que podem atender suas necessidades no seu estudo. >>> Além dos pacotes que ele já sugeriu, outro que pode consultar é o epiR: >>> >>> https://cran.r-project.org/web/packages/epiR/epiR.pdf >>> >>> Outra sugestão de leitura que gostaria de é o material da professora >>> Silvia Shimakura: >>> >>> http://leg.ufpr.br/~silvia/CE008/ >>> http://leg.ufpr.br/~silvia/CE001/node68.html >>> >>> Veja qual forma se apresenta mais interessante para seu aprendizado, mas >>> quando escrevo as funções no R como calculadora, acredito que os exemplos >>> se tornam mais didáticos mesmo que já implementados em alguns pacotes do R. >>> >>> E como solicitou segue alguns comentários acerca dos comandos que enviei >>> anteriormente: >>> >>> >>> ## Carregando os dados da tabela que enviou no e-mail >>> dados<-matrix(c(250,15,34,14),ncol=2,byrow=T) >>> >>> ## Verificando a existência de associação entre os parasitas através da >>> Estatística Qui-quadrado >>> ## Quando utilizamos o teste o argumento sim=500, há um alerta pois há >>> casela com frequência logo um pressuposto de validade do teste não foi >>> atendido. >>> ## Uma alternativa então é calcular o p-valor através de simulação ou o >>> teste exato de Fisher. Note que quando simulamos o p-valor não é necessário >>> usar a correção de continuidade de Yates. >>> Q<-chisq.test(dados,sim=500) >>> Q >>> Q$observed ### frequência observada >>> Q$expected ### frequência esperada >>> ##Há evidências de se rejeitar H0 >>> >>> # Comandos para obtenção da diferença entre proporções e seu IC(95%) >>> ## Calculando as proporções entre Cryptosporidium negativo e >>> Cryptosporidium positivo >>> p11<-(dados[1,1]/(sum(dados[1,]))) >>> p22<-(dados[1,1]/(sum(dados[1,]))) >>> >>> d<-p11-p21 # diferença entre as proporções >>> vd<-((p11*(1-p11))/(sum(dados[1,])-1)) + >>> ((p21*(1-p21))/(sum(dados[2,])-1)) ## Estimativa para a variância >>> dvd<-sqrt(vd) ## raíz quadrada da variância >>> z<-qnorm(0.975) #percentil da Normal padrão >>> li<- d - (z*dvd) # Limite inferior >>> ls<- d + (z*dvd) # Limite superior >>> cbind(d,li,ls) # Intervalo de Confiança de 95%. Como o valor zero não >>> está contido no IC a diferença é significativa ao nível de 95% de confiança. >>> >>> ##Razão de Chances ou Odds Ratio (OR) e IC95%(OR) >>> OR<-(dados[1,1]*dados[2,2])/(dados[1,2]*dados[2,1]) ## Calculando a >>> *odds ratio (n11*n22/n12*n21) *## Quando OR=1 indica chances iguais. Se >>> for OR>1, o grupo 1 apresenta maior chance que o grupo 2. >>> ## Para o cálculo do IC para a OR, usamos o logaritmo da OR na base *e.* >>> vf<-(1/dados[1,1])+(1/dados[1,2])+(1/dados[2,1]+(1/dados[2,2])) >>> ##Estimativa para variância >>> dpf<-sqrt(vf) ## raíz quadrada da variância >>> z<-qnorm(0.975) #Percentil da Normal padrão >>> liOR<-exp(log(OR)-z*dpf) #Limite inferior >>> lsOR<-exp(log(OR)+z*dpf) # Limite Superior >>> cbind(OR,liOR,lsOR) >>> ## A chance de não haver Cryptosporidium e Giardia é 6,8 vezes maior que >>> a presença podendo variar entre 3 e 15,4 vezes ao nível de confiança de 95%. >>> >>> >>> >>> -- >>> Atenciosamente >>> Felipe E. Barletta Mendes >>> Estatístico - Conre3 9766-A+55 (41)-92077191+55 (41)-33287216 >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [email protected] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> >> -- >> >> *MSc. André Lucas de O. Moreira* >> http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 >> <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> >> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas >> 79 8837-3562 >> 79 9132-9093 >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [email protected] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- *MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9132-9093
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