Hola Jaume:
Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir:
findMethods(biovars)
La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los
tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del
paquete. Generalmente en la carpeta "R" del paquete con el código
fuente comprimido (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN
(https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este
caso, directamente desde su página de Github
(https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R).
Un saludo,
Marcelino
El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:
Hola Jorge y Marcelino,
Muchas gracias a los dos.
Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una
función?
Gracias de nuevo.
Jaume.
El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto <jorge.vi...@ehu.es
<mailto:jorge.vi...@ehu.es>> escribió:
Hola,
en la misma definición de la función:
# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation)
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill
is < 1)
p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)
Un saludo,
Jorge
On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
escribió:
> Hola Jaume:
>
> Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
> coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
> previamente 1 a "prec":
>
> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>
>
> Es decir, en tu caso,
>
> > cv(prec+1)
>
> [1] 109.9637
>
> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>
> > cv(prec)
>
> [1] 112.5923
>
> coincide con tu cálculo manual.
>
> En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
> variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en
los que
> se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>
> Saludos,
>
> Marcelino
>
> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
> > Estimados erreros,
> >
> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un
coeficiente
> > de
> > variación. Os pongo un ejemplo:
> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura
mínima media
> > mensual de un año
> > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación
media mensual
> > de un año
> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de
variables
> > relevantes para la distribución de especies.
> >
> > #El resultado es:
> > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10
> >
> > bio11
> > [1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5
> > 13.83333
> >
> > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> >
> > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2
> >
> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
> >
> > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
> >> (sd(prec)/mean(prec))*100
> >
> > [1] *112.5923*
> >
> > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
> > perdiendo
> > algo. En el manual del paquete (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf
<https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no
explica como
> > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar
en dentro de
> > biovars para saber que está haciendo?
> >
> > Muchas gracias.
--
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Jorge Virto Moreno
Dpt. Economia Aplicada III
Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU
Avda. Lehendakari Agirre, 83
48015 Bilbao
Spain
Tel: 94 601 3851
Fax: 94 601 3754
eman ta zabal zazu
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Universidad del País Vasco
Euskal Herriko Unibertsitatea
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Jaume Tormo.
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España
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