I have measured values for 47 chemicals in a stream. After processing the original data frame through reshape2, the recast data frame has this structure:
'data.frame': 256 obs. of 47 variables: $ site : Factor w/ 143 levels "BC-0.5","BC-1",..: 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 ... $ sampdate : Date, format: "1996-04-19" "1996-05-21" ... $ Acid : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Ag : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Al : num 0.07 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Alk-HO : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Alk-Tot : num 162 152 212 NA NA NA NA NA NA NA ... $ As : num 0.01 NA NA 0 0 0 0 0.01 0 0.01 ... $ Ba : num 0.18 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Be : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Bo : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ CO3 : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Ca : num 76.6 NA NA NA NA ... $ Cd : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Cl : num 12 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Cn : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Co : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Cond : num 712 403 731 NA NA NA NA NA NA NA ... $ Cr : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ DO : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ F : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Fe : num 0.06 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Flow : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ HCO3 : num 162 152 212 NA NA NA NA NA NA NA ... $ Hg : num 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ K : num 1.7 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Mg : num 43.2 NA NA NA NA ... $ Mn : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ NO2-N : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ NO3-N : num NA 0.47 0.09 NA NA NA NA NA NA NA ... $ NO3-NO2-N: num 1.97 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Na : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Ni : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ OH : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ P : num 0.03 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Pb : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ SO4 : num 175 57 194 NA NA NA NA NA NA NA ... $ Sb : num 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Se : num 0.01 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Si : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ TDS : num 460 212 530 NA NA NA NA NA NA NA ... $ TSS : num NA 26 NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Temp : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Tl : num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Turb : num 2.2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ Zn : num 0.02 NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... $ pH : num 8.12 8.19 8.46 NA NA NA NA NA NA NA ... I want a subset of this with only 7 chemicals: Ca, Cl, Cond, Mg, Na, SO4, and TDS. The subset help page tells me that I can use a logical subset to extract these 7 rows while keeping all columns, but I do not know how to write that logical subset. I tried emulating the example on the help page of avoiding the subset but R didn't like the '%in%' as I wrote it; putting the desired row names in a subset vector fails: burns.tds <- subset(burns.cast, subset(c('Ca', 'Cl', 'Cond', 'Mg', 'Na', 'SO4', 'TDS'))) Error in subset.default(c("Ca", "Cl", "Cond", "Mg", "Na", "SO4", "TDS")) : argument "subset" is missing, with no default What is the proper syntax to extract only these rows into a new data frame? And, is the recast data frame the appropriate format as the source? Rich ______________________________________________ R-help@r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.