Hi Paolo,
thanks a lot - this helps, but I just realized that your solution deletes the
atom name...
the pdb format should be
HETATM 1 C1 MOL 1 -1.011 0.850 -0.017 0.00 0.00 C
However, what I now get is:
HETATM 1 MOL 1 -1.011 0.850 -0.017 0.00 0.00 C
Shouldn't the AtomPDBResidueInfo leave the atom properties untouched?
Best,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Medicinal Chemistry
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Von: Paolo Tosco [mailto:paolo.tosco.m...@gmail.com]
Gesendet: Donnerstag, 30. August 2018 23:32
An: Fox,Dr.,Thomas (RES MedChem) BIP-DE-B; rdkit-discuss@lists.sourceforge.net
Betreff: Re: [Rdkit-discuss] Set Residue Name before writing a pdb file
Dear Thomas,
you may set the PDB residue info at the atom level (see below).
Cheers,
p.
In [1]:
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDistGeom
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
In [2]:
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccn1')
In [3]:
rdDistGeom.EmbedMolecule(mol)
Out[3]:
0
In [4]:
mi = Chem.AtomPDBResidueInfo()
mi.SetResidueName('MOL')
mi.SetResidueNumber(1)
mi.SetOccupancy(0.0)
mi.SetTempFactor(0.0)
In [5]:
[a.SetMonomerInfo(mi) for a in mol.GetAtoms()];
In [6]:
print(Chem.MolToPDBBlock(mol))
HETATM 1 MOL 1 -1.011 0.850 -0.017 0.00 0.00 C
HETATM 2 MOL 1 0.159 1.321 -0.598 0.00 0.00 C
HETATM 3 MOL 1 1.251 0.462 -0.564 0.00 0.00 C
HETATM 4 MOL 1 1.052 -0.805 -0.026 0.00 0.00 C
HETATM 5 MOL 1 -0.213 -1.342 -0.195 0.00 0.00 C
HETATM 6 MOL 1 -1.238 -0.486 0.039 0.00 0.00 N
CONECT 1 2 2 6
CONECT 2 3
CONECT 3 4 4
CONECT 4 5
CONECT 5 6 6
END
On 30/08/2018 18:32,
thomas....@boehringer-ingelheim.com<mailto:thomas....@boehringer-ingelheim.com>
wrote:
Hi,
I read in a mol2 file, do some modifications and then want to write it out as
pdb file. So far, I always get as residue name in the pdb "UNL", and haven't
been able to change that e.g. to "MOL".
Does anybody have a short code snipped how to set the PDB residue name? I seem
to be too stupid to deduct that from the documentation.
Thanks,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
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