Re: [Rdkit-discuss] Set Residue Name before writing a pdb file

Fri, 31 Aug 2018 00:55:59 -0700 

Hi Thomas,

you are right; here's a better solution:

https://gist.github.com/ptosco/f499c7a8ced9c38067d36565ebd693f4
Please note that if you have more than 99 atoms with the same element there will be duplicate atom names - you can easily write a small function that uses letters in addition to numbers if you need more than 99 atoms with the same element. 

Cheers,
p.


On 31/08/2018 08:15, thomas....@boehringer-ingelheim.com wrote:


Hi Paolo,
thanks a lot – this helps, but I just realized that your solution deletes the atom name… 

the pdb format should be
HETATM    1   C1  MOL     1      -1.011   0.850  -0.017  0.00 0.00           C 

However, what I now get is:

HETATM    1 MOL     1      -1.011   0.850  -0.017  0.00  0.00 C

Shouldn’t the AtomPDBResidueInfo leave the atom properties untouched?

Best,

Th.

Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox

Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Medicinal Chemistry
Tel.: +49 (7351) 54-7585
Fax: +49 (7351) 83-7585
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*Von:*Paolo Tosco [mailto:paolo.tosco.m...@gmail.com]
*Gesendet:* Donnerstag, 30. August 2018 23:32
*An:* Fox,Dr.,Thomas (RES MedChem) BIP-DE-B; rdkit-discuss@lists.sourceforge.net 
*Betreff:* Re: [Rdkit-discuss] Set Residue Name before writing a pdb file

Dear Thomas,

you may set the PDB residue info at the atom level (see below).

Cheers,
p.

In [1]:

*from**rdkit**import*Chem
*from**rdkit.Chem**import*rdDistGeom
*from**rdkit.Chem.Draw**import*IPythonConsole

In [2]:

mol=Chem.MolFromSmiles('c1ccccn1')

In [3]:

rdDistGeom.EmbedMolecule(mol)

Out[3]:

0

In [4]:

mi=Chem.AtomPDBResidueInfo()
mi.SetResidueName('MOL')
mi.SetResidueNumber(1)
mi.SetOccupancy(0.0)
mi.SetTempFactor(0.0)

In [5]:

[a.SetMonomerInfo(mi)*for*a *in*mol.GetAtoms()];

In [6]:

print(Chem.MolToPDBBlock(mol))
HETATM    1  MOL     1      -1.011   0.850  -0.017  0.00  0.00           C HETATM    2  MOL     1       0.159   1.321  -0.598  0.00  0.00           C HETATM    3  MOL     1       1.251   0.462  -0.564  0.00  0.00           C HETATM    4  MOL     1       1.052  -0.805  -0.026  0.00  0.00           C HETATM    5  MOL     1      -0.213  -1.342  -0.195  0.00  0.00           C HETATM    6  MOL     1      -1.238  -0.486   0.039  0.00  0.00           N 
CONECT    1    2    2    6
CONECT    2    3
CONECT    3    4    4
CONECT    4    5
CONECT    5    6    6
END
On 30/08/2018 18:32, thomas....@boehringer-ingelheim.com <mailto:thomas....@boehringer-ingelheim.com> wrote: 

    Hi,

    I read in a mol2 file, do some modifications and then want to
    write it out as pdb file. So far, I always get as residue name in
    the pdb “UNL”, and haven’t been able to change that e.g. to “MOL”.

    Does anybody have a short code snipped how to set the PDB residue
    name? I seem to be too stupid to deduct that from the documentation.

    Thanks,

    Th.

    Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
    Dr. Thomas Fox

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