Oi Aureliano,
para filtrar flat files do UniprotKB e do Genbank eu criei meus próprios
scripts, usando programação estruturada (há uns bons anos), pois não conseguia
me entender bem com o BioPerl e a orientação a objetos.
Também tenho scripts para trabalhar saídas de alinhamentos e do hmmer.
Como posso ajudar? Que formato estás usando?
Abs,
Nicole
Em Terça-feira, 6 de Maio de 2014 19:35, Aureliano Guedes
<guedes_1...@hotmail.com> escreveu:
O projeto nao e paralelo ao BioPerl, e dentro do BioPerl. Eu observei que ele e
muito rico em ferramentas complexas para diversas áreas da bioinfo mas carece
um pouco de ferramentas para filtrar os dados obtidos. Ou quando se tem um
ferramenta para isso pesquisar ela e difícil também. Então eu vou montar um
grupo de ferramentas para filtrar dados.
Já eu subo pro CPAN um primeiro para tirar como exemplo.
Andre Carneiro <andregarciacarne...@gmail.com> escreveu:
Não sei exatamente o que você quer fazer. Só queria dizer que existe o Bioperl.
Não sei se você conhece.
http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page
2014-05-06 16:22 GMT-03:00 Felipe da Veiga Leprevost <fel...@leprevost.com.br>:
Olá Aureliano,
>
>
>Desculpa mas eu não entendi a proposta do seu módulo, pode explicar um pouco
>melhor dando exemplos?
>abraços
>
>
>
>2014-05-06 15:25 GMT-03:00 Tiago Peczenyj <tiago.pecze...@gmail.com>:
>
>
>Bota logo no cpan. Como versão beta
>>Em 06/05/2014 15:20, "Aureliano Guedes" <guedes_1...@hotmail.com> escreveu:
>>
>>Ola monges,
>>>
>>>
>>>Quero convidar todos nossos amigos que trabalham com bioinformática
>>>aderentes da filosofia open source a se juntar a mim para o desenvolvimento
>>>de um conjunto de módulos direcionados para filtra as longas listas de
>>>informações que temos que lidar na bioinformática.
>>>
>>>
>>>A ideia é ter fácil acesso por meio de pesquisa simples e direcionada a
>>>ferramentas para filtrar dados na bioinformática.
>>>
>>>
>>>Iniciei o projeto, e já tenho algumas ferramentas que vou revisar e fazer
>>>testes para incluir no projeto para enviar em breve para nosso querido CPAN.
>>>
>>>
>>>Quem quiser e puder colaborar, ficarei grato.
>>>
>>>
>>>GitHub: https://github.com/acpguedes/Bio--Filter.git
>>>contato: guedes.aureli...@gmail.com
>>>
>>>
>>>Estou aberto a critica, sugestões, colaborações, etc.
>>>
>>>
>>>Abraços,
>>>
>>>
>>>Aureliano Guedes
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André Garcia Carneiro
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