Hi, hopefully this problem has not been discussed before, but it seems as if I've got quite a serious problem when using mpileup. I don't want to call variants or anything like that, just the normal pileup:
/opt/samtools-1.2/samtools mpileup -f /home/share/Genomes/Homo_sapiens.GRCh37.67/Homo_sapiens.GRCh37.67.dna.chromosome.all.fasta -d 10000 -l ../../targetRegions/targetRegions.bed sample.bam > pileup.txt When I have a look at the output there is the following problem. Sometimes deletions are marked correctly with this "-" notation in one line, and the "*" in the following line(s). Yet, sometimes things seem to go wrong, like in this case: 2 25459929 G 270 ,,,,,,-1c,-1c,,,,,-1c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,............................................-1C.....................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,. BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB9;;;;;::;;878;8::;:;7:7;778::;5:8;:8888;;;;898::7::;::;8:7::;::8:77;7;;;;;:;;9;;;;7;=:;;;;;;7;7;99;9;;;;;;;77=;=;;9;:;;;;;:;;9;;;=;78;;;;7;;9; 2 25459930 C 266 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,. BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB;;7;<;<;<;;<;;:<;;;;<;;;<;;;;;6;<;;;<;:;<;;<<9;<;;;;;;<<<;;;<;;;;;;;7:8;;8;7:9:;:7:;7:8;:;;8:;:7::8;8;8:;::8;:7::;:7::8;:88;::;8;;;9;:8:7878; 2 25459931 C 266 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,. BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB;;79:9:::9;::99::999:::::::;9:5:::9:::99:9:::9;:;;;:;9:::99;:;::::9;7:8;;8;7:9:;:7:;7:8;:;;8:;:8::8;8;7::::8;:7::;:8::8;:88;::;8;;;9;:8::8789 2 25459932 C 266 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,. BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB;;79:9::99::;9:9:999:9:9::::::5:::9:;:99:9:::89:;;::99:9:99::;:9::9;7:8;;8;7:9:;:7:;7:8::;;::::8::8:8;7:::;8:;7::;:8::8::88;::;8;;;9::8::7789 2 25459933 C 266 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,. BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB;<99:9::99::;9:9:999:9:9::::::59::9:;:99:9:::89:;;:999:9:99::;99::9<9=9<<8<9=;=<;8==9;9=;<<;===8=;9=9=8==;<9=<9==<=9==9==99<===9<<<:==9=;8889 2 25459934 A 270 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.................................................................,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,. BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB999======================<====9=======<====<=<==============<==;====9999<9<99<9<9<89999;9999;9999<9;9999<99999<99999<9<9<<<99999999<<99999<;9= In the IGV I observe a coverage of 270 at every position, resp. four reads with a deletion at 25459930. So, now I keep asking myself, where the four asterisks in the second line have gone?! The corresponding reads have a good quality (I checked it in the IGV). Furthermore, I observe this phenomenon quite regularly - a deletion gets marked, but the following line contains no asterisks at all -, although not every time a deletion inside a homopolymer is detected. Funny enough, the deletion is detected while using pileup in Rsamtools (same settings). Many thanks in advance for your help! Best, Sarah ------------------------------------------------------------------------------ Monitor Your Dynamic Infrastructure at Any Scale With Datadog! Get real-time metrics from all of your servers, apps and tools in one place. SourceForge users - Click here to start your Free Trial of Datadog now! http://pubads.g.doubleclick.net/gampad/clk?id=241902991&iu=/4140 _______________________________________________ Samtools-help mailing list [email protected] https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/samtools-help
