Re: [Freesurfer] Bad design matrix
I think just using DOSS instead of DODS will do it (--fsgd your.fsgd doss) On 03/03/2015 12:42 AM, Anders Hougaard wrote: Thanks Doug. Any suggestions for a more appropriate design? I guess this is a common situation where two or more parameters only apply to one group (in this case patients) and are zero or constant in the other. Best, Anders 2015-03-02 21:21 GMT+01:00 Douglas N Greve gr...@nmr.mgh.harvard.edu: It looks like the 4th column is always -0.9 and the 6th col is always -9.138 which makes them redundant with column 2 and causes the error. doug On 03/02/2015 03:16 PM, Anders Hougaard wrote: Dear Doug, Thanks for the answer. I deliberately chose not to demean. With demeaning I get the same error (see below). Any suggestions? Best, Anders Design matrix -- 1.000 0.000 -0.600 0.000 17.137 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 11.962 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 11.190 0.000; 1.000 0.000 0.700 0.000 30.736 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 23.735 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.121 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 12.395 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 24.912 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.021 0.000; 1.000 0.000 -0.700 0.000 8.877 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 0.893 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 29.849 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.825 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 14.361 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 7.267 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 34.169 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 30.500 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.219 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 26.270 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.320 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 22.325 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 13.323 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.628 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 12.379 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.581 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -4.492 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 11.549 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.413 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.663 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 8.655 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 25.778 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 2.739 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.745 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -5.762 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 14.969 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.535 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.287 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.283 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.257 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.207 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 1.140 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -4.829 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.213 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 2.503 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 3.193 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 10.361 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.546 0.000; 1.000 0.000 6.600 0.000 12.532 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.286 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -5.428 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.661 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 21.444 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.517 0.000; 1.000 0.000 -0.600 0.000 8.515 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 19.530 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 1.824 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 15.795 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -6.140 0.000; 1.000 0.000 2.600 0.000 0.803 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 16.904 0.000; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000
Re: [Freesurfer] Bad design matrix
Thanks Doug. Any suggestions for a more appropriate design? I guess this is a common situation where two or more parameters only apply to one group (in this case patients) and are zero or constant in the other. Best, Anders 2015-03-02 21:21 GMT+01:00 Douglas N Greve gr...@nmr.mgh.harvard.edu: It looks like the 4th column is always -0.9 and the 6th col is always -9.138 which makes them redundant with column 2 and causes the error. doug On 03/02/2015 03:16 PM, Anders Hougaard wrote: Dear Doug, Thanks for the answer. I deliberately chose not to demean. With demeaning I get the same error (see below). Any suggestions? Best, Anders Design matrix -- 1.000 0.000 -0.600 0.000 17.137 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 11.962 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 11.190 0.000; 1.000 0.000 0.700 0.000 30.736 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 23.735 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.121 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 12.395 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 24.912 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.021 0.000; 1.000 0.000 -0.700 0.000 8.877 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 0.893 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 29.849 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.825 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 14.361 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 7.267 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 34.169 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 30.500 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.219 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 26.270 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.320 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 22.325 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 13.323 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.628 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 12.379 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.581 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -4.492 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 11.549 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.413 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.663 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 8.655 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 25.778 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 2.739 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.745 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -5.762 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 14.969 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.535 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.287 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.283 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.257 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.207 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 1.140 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -4.829 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.213 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 2.503 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 3.193 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 10.361 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.546 0.000; 1.000 0.000 6.600 0.000 12.532 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.286 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -5.428 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.661 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 21.444 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.517 0.000; 1.000 0.000 -0.600 0.000 8.515 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 19.530 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 1.824 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 15.795 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -6.140 0.000; 1.000 0.000 2.600 0.000 0.803 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 16.904 0.000; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900
Re: [Freesurfer] Bad design matrix
Dear Doug, Thanks for the answer. I deliberately chose not to demean. With demeaning I get the same error (see below). Any suggestions? Best, Anders Design matrix -- 1.000 0.000 -0.600 0.000 17.137 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 11.962 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 11.190 0.000; 1.000 0.000 0.700 0.000 30.736 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 23.735 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.121 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 12.395 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 24.912 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.021 0.000; 1.000 0.000 -0.700 0.000 8.877 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 0.893 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 29.849 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.825 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 14.361 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 7.267 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 34.169 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 30.500 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.219 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 26.270 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.320 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 22.325 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 13.323 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.628 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 12.379 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.581 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -4.492 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 11.549 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.413 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.663 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 8.655 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 25.778 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 2.739 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.745 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -5.762 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 14.969 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.535 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.287 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.283 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.257 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.207 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 1.140 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -4.829 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.213 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 2.503 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 3.193 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 10.361 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.546 0.000; 1.000 0.000 6.600 0.000 12.532 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.286 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -5.428 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.661 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 21.444 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.517 0.000; 1.000 0.000 -0.600 0.000 8.515 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 19.530 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 1.824 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 15.795 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -6.140 0.000; 1.000 0.000 2.600 0.000 0.803 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 16.904 0.000; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900
Re: [Freesurfer] Bad design matrix
It looks like the 4th column is always -0.9 and the 6th col is always -9.138 which makes them redundant with column 2 and causes the error. doug On 03/02/2015 03:16 PM, Anders Hougaard wrote: Dear Doug, Thanks for the answer. I deliberately chose not to demean. With demeaning I get the same error (see below). Any suggestions? Best, Anders Design matrix -- 1.000 0.000 -0.600 0.000 17.137 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 11.962 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 11.190 0.000; 1.000 0.000 0.700 0.000 30.736 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 23.735 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.121 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 12.395 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 24.912 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.021 0.000; 1.000 0.000 -0.700 0.000 8.877 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 0.893 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 29.849 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.825 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 14.361 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 7.267 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 34.169 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 30.500 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.219 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 26.270 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.320 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 22.325 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 13.323 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.628 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 12.379 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.581 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -4.492 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 11.549 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.413 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.663 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 8.655 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 25.778 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 2.739 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.745 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -5.762 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 14.969 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.535 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.287 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.283 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.257 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.207 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 1.140 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -4.829 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.213 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 2.503 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 3.193 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 10.361 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.546 0.000; 1.000 0.000 6.600 0.000 12.532 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.286 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -5.428 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.661 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 21.444 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.517 0.000; 1.000 0.000 -0.600 0.000 8.515 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 19.530 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 1.824 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 15.795 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -6.140 0.000; 1.000 0.000 2.600 0.000 0.803 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 16.904 0.000; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900
Re: [Freesurfer] Bad design matrix
Try demeaning your covariates. By demeaning, I mean to compute the mean across all subjects, then subtract the mean from all values (for each covariate). doug On 3/1/15 2:40 AM, Anders Hougaard wrote: Dear all, I'm comparing cortical thickness of a group of patients to a group of controls. I want to regress out the effects of gender, age, disease severity and disease duration. For the controls, the last two parameters equals zero. When running mri_glmfit, i get ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 See the design matrix attached. My contrasts are set as 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 and -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 What should I do to improve this? All the best, Anders ___ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer ___ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
[Freesurfer] Bad design matrix
Dear all, I'm comparing cortical thickness of a group of patients to a group of controls. I want to regress out the effects of gender, age, disease severity and disease duration. For the controls, the last two parameters equals zero. When running mri_glmfit, i get ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 See the design matrix attached. My contrasts are set as 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 and -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 What should I do to improve this? All the best, Anders 1.000 0.000 1.000 0.000 43.945 0.000 0.300 0.000 26.275 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 47.622 0.000 0.100 0.000 21.101 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 23.072 0.000 8.000 0.000 20.329 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 51.751 0.000 1.700 0.000 39.874 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 44.986 0.000 4.000 0.000 32.873 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 42.067 0.000 1.000 0.000 30.259 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 42.500 0.000 2.000 0.000 21.533 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 46.661 0.000 3.000 0.000 34.051 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.123 0.000 1.000 0.000 1.117 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 26.272 0.000 0.300 0.000 18.015 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 48.066 0.000 1.000 0.000 10.031 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 49.251 0.000 8.000 0.000 38.987 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 20.244 0.000 0.500 0.000 7.313 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 30.949 0.000 3.000 0.000 23.499 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 20.810 0.000 3.000 0.000 16.405 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 53.106 0.000 1.000 0.000 43.307 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 55.321 0.000 1.000 0.000 39.639 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 24.583 0.000 2.000 0.000 18.357 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 51.693 0.000 1.000 0.000 35.409 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 26.497 0.000 2.000 0.000 11.458 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 44.079 0.000 1.000 0.000 31.463 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 33.114 0.000 1.000 0.000 22.461 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 27.556 0.000 2.000 0.000 6.511 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 25.730 0.000 8.000 0.000 21.517 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 22.527 0.000 2.000 0.000 6.557 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 20.413 0.000 1.000 0.000 4.646 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 22.951 0.000 2.000 0.000 20.687 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 41.218 0.000 1.000 0.000 0.726 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 27.578 0.000 2.000 0.000 18.801 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 27.389 0.000 2.000 0.000 17.793 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 48.515 0.000 2.000 0.000 34.916 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 21.878 0.000 4.000 0.000 11.877 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 55.023 0.000 1.000 0.000 30.883 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 30.138 0.000 0.500 0.000 3.376 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 26.689 0.000 1.000 0.000 24.107 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 29.906 0.000 1.000 0.000 12.674 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 22.962 0.000 1.000 0.000 8.851 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 20.178 0.000 2.000 0.000 6.856 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 19.762 0.000 1.000 0.000 8.882 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 22.968 0.000 1.000 0.000 7.932 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 24.789 0.000 1.000 0.000 10.278 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 27.190 0.000 1.500 0.000 4.309 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 21.747 0.000 2.000 0.000 11.351 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 27.650 0.000 1.000 0.000 11.641 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 22.333 0.000 1.500 0.000 12.331 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 29.525 0.000 1.000 0.000 19.499 0.000; 1.000 0.000 1.000 0.000 32.263 0.000 1.000 0.000 12.684 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 28.906 0.000 7.500 0.000 21.670 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 24.690 0.000 1.000 0.000 7.852 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 18.639 0.000 1.000 0.000 3.710 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 24.419 0.000 0.500 0.000 7.477 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 53.821 0.000 0.167 0.000 30.582 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 59.072 0.000 1.000 0.000 30.656 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 31.844 0.000 0.333 0.000 17.654 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 48.936 0.000 1.000
