Re: [Python] readthedocs.org errore: 403 Forbidden

2012-06-22 Per discussione Daniele Zambelli
Il 21 giugno 2012 13:48, Federico Bruni fedel...@gmail.com ha scritto:
 Il 21 giugno 2012 13:37, Pietro peter.z...@gmail.com ha scritto:
 si, il problema è quello, la docs di pygraph non ha index ma contets,
 ed infatti contents lo trova:

 http://pygraph.readthedocs.org/en/latest/contents.html

 è sufficiente rinominare il file contents.rst in index.rst, e dovrebbe
 funzionare!

Non dovrebbe, ma funziona proprio!

 e cambiare il valore di master_doc in conf.py:

 master_doc = 'index'

e in:

latex_documents

per creare il pdf.

Grazie, siete forti!

-- 

Daniele

www.fugamatematica.blogspot.com

    giusto!
    nel verso
    forse è perché non guardiamo le cose
    Quando non ci capiamo,
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[Python] PyPy scripting in sistemi server

2012-06-22 Per discussione Massimo Capanni
Buongiorno a tutti,

sto sviluppando alcuni script in Python per la gestione di numerosi backup
su server.

Siccome mi piace sperimentare, stavo guardando il progetto PyPy (pypy.org)
che mi sembra interessante sotto certi punti di vista.

Mi domandavo quindi se ci fossero contro indicazioni ad utilizzare questo
tipo di interprete piuttosto che l'installazione Python standard.

Ad esempio, leggo che per Windows PyPy è solo a 32 bit, e i server che
gestisco sono tutti x64.

Secondo voi ne vale la pena?

massimo
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[Python] Ciao a tutti

2012-06-22 Per discussione Davide Rambaldi
Ciao a tutti, mi sono appena iscritto alla lista.

Sono un Bioinformatico: una disciplina scientifica dedicata alla risoluzione di 
problemi biologici a livello molecolare con metodi informatici.

Ho cominciato con Perl, e poi son passato diretto a Ruby… ebbene si! Sono 
dell'altra sponda :-)

Benché' io lavori a stretto contatto con i biologi (www.ieo.eu),  Ora come ora 
collaboro con un centro di ricerca di system biology (ww.cosbi.eu) in cui 
python e' praticamente l'unico linguaggio usato!!!

Mi vedo quindi costretto temporaneamente ad abbandonare ruby e bioruby e 
buttarmi in python e biopython. 

Vorrei quindi chiedervi: potete indicarmi delle risorse per approcciare python 
avendo buone conoscenze di altri linguaggi, principalmente: Perl, Ruby, C++  ?

Grazie!

 

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Re: [Python] Ciao a tutti

2012-06-22 Per discussione Nicola Larosa
Davide Rambaldi wrote:
 Ciao a tutti, mi sono appena iscritto alla lista.

Benvenuto!


 Sono un Bioinformatico: una disciplina scientifica dedicata alla
 risoluzione di problemi biologici a livello molecolare con metodi
 informatici.

Campo molto interessante.


 Ho cominciato con Perl,

Spero tu l'abbia dovuto sopportare per poco tempo, non l'augurerei a nessuno.


 e poi son passato diretto a Ruby…

E` già molto meglio del precedente.


 ebbene si! Sono dell'altra sponda :-)

Ma non per molto. ;-)


 Benché' io lavori a stretto contatto con i biologi (www.ieo.eu), ora
 come ora collaboro con un centro di ricerca di system biology
 (www.cosbi.eu) in cui python e' praticamente l'unico linguaggio
 usato!!!

Non è certo un caso. :-)


 Mi vedo quindi costretto temporaneamente

Ah ah ah, temporaneamente, buona questa. ;-)


 ad abbandonare ruby e bioruby e buttarmi in python e biopython.

Certa gente ha tutte le fortune. ;-)


 Vorrei quindi chiedervi: potete indicarmi delle risorse per
 approcciare python avendo buone conoscenze di altri linguaggi,

Python ha un suo stile, ti conviene cercare di impararlo *senza* partire
da quello che sai in altri linguaggi (a parte la teoria e i concetti di
base).

E la domanda è parecchio generica. La documentazione ufficiale è
imprescindibile, poi ci sono parecchi libri, parecchi siti, e
soprattutto, l'inglese è praticamente obbligatorio: le risorse in
italiano sono poche e spesso non aggiornate.


 principalmente: Perl,

L'unica cosa utile da fare qui è cercare di dimenticare prima possibile.


 Ruby,

C'è qualche somiglianza e parecchie differenze.


 C++?

Completamente diverso, e molto più complicato. Potrebbe eventualmente
servirti per scrivere delle estensioni a Python, ma meno ti tocca usarlo,
meglio è.

Di nuovo, cerca di fare piazza pulita dello stile di altri linguaggi e
studia senza preconcetti, ti troverai molto meglio.

Di nuovo benvenuto, e non farti problemi a discutere, noterai che molti
di noi espongono liberamente le proprie opinioni, o pregiudizi che dir si
voglia. :-)

E se fra dieci giorni riesci a fare un salto a Firenze, anche meglio: :-)

http://ep2012.europython.eu/

-- 
Nicola Larosa - http://www.tekNico.net/

We will not have the Internet censored. We built it as a tool to make
every single human being on the planet more empowered. What the users
do with the Internet is up to them - not up to Hollywood, not up to pol-
iticians, and not even up to us who built it. Whatever else we Internet
geeks may disagree on among ourselves, we will not allow our gift of
fire to be snuffed out by jealous gods. - Eric Raymond, February 2012
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Re: [Python] Ciao a tutti

2012-06-22 Per discussione Fabrizio Mancini
2012/6/22 Davide Rambaldi davide.ramba...@gmail.com

 Ciao a tutti, mi sono appena iscritto alla lista.

 Ciao e benvenuto,
come ti hanno già detto ti troverai bene, python è un linguaggio
fighissimo! Io pure ne ho attraversati parecchi, ma poi quando ho
conosciuto python non mi sono più mosso!!! :-)

Vorrei quindi chiedervi: potete indicarmi delle risorse per approcciare
 python avendo buone conoscenze di altri linguaggi, principalmente: Perl,
 Ruby, C++  ?

Ti consiglio di incominciare con un libro free, tipo Dive into python in
cui ci sta anche la versione italiana. Ti serve per capire come funziona
python.
Trovi la lista dei libri qui
http://www.python.it/doc/libri/
Poi se ti vuoi comprare un buon libro ti posso consigliare quello di marco
beri, se vuoi poi ci sta quello dell'ottimo alex martelli e di mark lutz.
Mi raccomando indirizzati sulla stessa versione di python che usano gli
altri, perchè tra le versioni 2 e 3 di python ci sono parecchie differenze.
Ciao Fabrizio
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Re: [Python] Ciao a tutti

2012-06-22 Per discussione Giovanni Marco Dall'Olio
2012/6/22 Davide Rambaldi davide.ramba...@gmail.com


 Vorrei quindi chiedervi: potete indicarmi delle risorse per approcciare
 python avendo buone conoscenze di altri linguaggi, principalmente: Perl,
 Ruby, C++  ?


Benvenuto collega bioinformatico!!

Una buona risorsa per imparare è Software Carpentry for bioinformaticians:
- http://software-carpentry.org/
Software Carpentry nasce da un articolo pubblicato anni fa sul New York
Times, in cui l'autore, informatico professionista passato alla ricerca, si
lamentava del fatto che la maggior parte dei bioinformatici al tempo
fossero completamente ignoranti di qualsiasi buona pratica di
programmazione. Accidenti, non riesco a trovare l'articolo originale,
devono essere passati almeno 10 anni.

Da quell'articolo, è nato un sito web pieno di risorse per imparare a
programmare bene in bioinformatica. Il linguaggio utilizzato per spiegare i
concetti di base è il python, scelto per la sua sintassi chiara e per tutta
una serie di vantaggi in confronto al python. Peró vi sono lezioni anche su
altri argomenti, per esempio su come usare make per definire pipelines,
come usare il controllo di versione, come definire i tests, etc...

E poi, faccio un poco di autospam, ma se hai bisogno di fare domande di
bioinformatica, anche non di python, puoi dare una occhiata a biostars, un
forum basato sul template di stackoverflow, ma frequentato da
bioinformatici: http://www.biostars.org/

saludos,
Gio



 Grazie!



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 http://lists.python.it/mailman/listinfo/python




-- 
Giovanni Dall'Olio, phd student
IBE, Institut de Biologia Evolutiva, CEXS-UPF (Barcelona, Spain)

My blog on bioinformatics: http://bioinfoblog.it
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Re: [Python] Ciao a tutti

2012-06-22 Per discussione Nicola Larosa
Giovanni Marco Dall'Olio wrote:
 Una buona risorsa per imparare è Software Carpentry for
 bioinformaticians: - http://software-carpentry.org/

Interessante.


 biostars, un forum basato sul template di stackoverflow, ma
 frequentato da bioinformatici: http://www.biostars.org/

Un altro? Già c'erano http://askbot.com/ e http://www.osqa.net/,
quanti cloni di StackOverflow fatti con Django ci sono in giro? :-)

-- 
Nicola Larosa - http://www.tekNico.net/

Scrivere libri in un formato proprietario che per di più dipende dallo
utilizzo non più di un solo software, ma di una specifica piattaforma
hardware significa consegnare il sapere umano a un’azienda che continua
a perseguire la strategia di dominio del pensiero in quanto tale teoriz-
zata e applicata dal suo defunto fondatore. - Andrea Monti, marzo 2012
___
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Re: [Python] Ciao a tutti

2012-06-22 Per discussione Giovanni Marco Dall'Olio
2012/6/22 Nicola Larosa n...@teknico.net

 Giovanni Marco Dall'Olio wrote:

  biostars, un forum basato sul template di stackoverflow, ma
  frequentato da bioinformatici: http://www.biostars.org/

 Un altro? Già c'erano http://askbot.com/ e http://www.osqa.net/,
 quanti cloni di StackOverflow fatti con Django ci sono in giro? :-)



eheh si, ci sono tanti cloni di StackOverflow, peró in questo caso la cosa
piú importante è la gente che li frequenta.
Penso che i forum di bioinformatica piú importanti siano SeqAnswers (piú
specializzato sull'analisi di dati di sequenziamento) e biostars. Ovvero,
non ci sono poi cosí tanti bioinformatici in giro, e la maggior parte di
quelli che frequentano forum, sono su questi siti (a meno che non me ne sia
perso qualcuno).








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Re: [Python] PyPy scripting in sistemi server

2012-06-22 Per discussione Nicola Larosa
Massimo Capanni wrote:
 sto sviluppando alcuni script in Python per la gestione di numerosi
 backup su server.

Ci sono parecchi sistemi di backup scritti in Python, come:

- rdiff-backup http://www.nongnu.org/rdiff-backup/
- duplicity http://duplicity.nongnu.org/
- syncropy http://code.google.com/p/syncropy/
- SafeKeep http://safekeep.sourceforge.net/
- Obnam http://liw.fi/obnam/

Magari qualcuno può tornarti utile.


 Siccome mi piace sperimentare, stavo guardando il progetto PyPy (pypy.org
 http://pypy.org) che mi sembra interessante sotto certi punti di vista.

Non so quanto possa esserti utile per questo campo applicativo, la
velocità di esecuzione non è probabilmente la prima preoccupazione.


C'è un libro di quattro anni fa sull'argomento, ma pare non sia granché:

Python for Unix and Linux System Administration
http://www.amazon.com/exec/obidos/ASIN/0596515820/

E poi ci sono strumenti come pbs http://github.com/amoffat/pbs che
possono aiutare.

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