Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

2016-08-12 Por tema Francisco Viciana
Si lo que quieres obtener es una valoraci�n global del efecto de cada 
tratamiento, qu�zas lo mas adecuado es que use regresi�n de Cox (si 
puedes asumir proporcionalidad de los efectos. La resoluci�n de modelo 
creo que seria algo similar a esto

> s = Surv(c$tiempo, c$estado)
> summary(coxph(s ~ tratamiento , data = c) )

Exponenciando los coeficientes  del modelo tiene una media de efecto 
"Hazard Ratio", habitualmente usada en los estudios epidemiol�gicos y 
sobre los que puedes  plantear un test de  "no efecto", para cada uno de 
los tratamientos con respecto al grupo control.



On 11/08/16 18:12, Manuel Sp�nola wrote:
> Muchas gracias Pedro.
>
> Entiendo.  Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estad�sticamente
> significativa, pero como son 5 grupos como podr�a ver cuales grupos son los
> diferentes con survdiff. Por otro lado,  no quiero ver significancia
> estad�stica sino  que prefiero evaluar tama�o del efecto no estandarizado.
>
> Adem�s, survdiff da muchos intervalos de confianza.  Cu�les son los que se
> est� comparando?
>
> Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:
>
>  tratamiento=saran
>   time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 60 18   20.889  0.0741   0.75491.000
>131 16   10.833  0.0878   0.67781.000
>192 15   20.722  0.1056   0.54230.962
>252 13   40.500  0.1179   0.31500.794
>303  9   30.333  0.   0.17340.641
>379  6   30.167  0.0878   0.05930.468
>
>
> Manuel
>
> El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <
> pedro.concejerocer...@telefonica.com> escribi�:
>
>> Hola, Manuel,
>> No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
>>
>> hay alguna forma de comparar la probabilidad de
>> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
>> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
>> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
>> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>>
>>
>> Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de
>> supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias
>> significativas.
>> Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza
>> para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la
>> probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres
>> comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion
>> de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
>>
>> Hay alternativas al log-rank test
>> https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
>>
>> Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres
>> responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
>>
>> El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-requ...@r-project.org escribi�:
>>
>> [R-es] Comparaci�n de probabilidades de supervivencia en R
>>
>>
>>
>> --
>>
>>
>>
>>
>>
>> *Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocer...@telefonica.com
>>  skype: pedro.concejero twitter
>> @ConcejeroPedro  linkedin
>> pedroconcejero  Entusiasta R,
>> me encontrar�is aqu� gRupo R madRid
>> *
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>> indicado, fica notificado de que a leitura, utiliza��o, divulga��o e/ou
>> c�pia sem autoriza��o pode estar proibida em virtude da legisla��o vigente.
>> Se recebeu esta mens

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

2016-08-12 Por tema Pedro Concejero Cerezo
Hola, Manuel
No es precisamente  mi especialidad, pero no es dificil encontrar informacion, 
por ejemplo
https://www.google.es/search?q=r+logrank+survival+multiple+comparisons
Encuentro ademas de la muy recomendable aunque muy teorica pregunta en 
stackexchange (primer resultado) lo siguiente:
http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/RVAideMemoire/html/surv.multcomp.html

Sobre la salida que muestras, mira si lo que pones es la salida de survdiff o 
de survfit. Lo que tienes en esa salida es la descripcion de la curva de 
supervivencia usando Kaplan-Meier, con su intervalo de confianza. Los puntos en 
time son aquellos para los que hay eventos en tus datos. Aqui no hay 
comparacion estadistica, es un metodo descriptivo y no parametrico de la 
supervivencia.

Haz un print de survdiff, ese es el que te da el contraste estadistico de 
comparacion de supervivencia entre grupos.


El 11/08/2016 a las 18:12, Manuel Spínola escribió:
Muchas gracias Pedro.

Entiendo.  Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente 
significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los 
diferentes con survdiff. Por otro lado,  no quiero ver significancia 
estadística sino  que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.

Además, survdiff da muchos intervalos de confianza.  Cuáles son los que se está 
comparando?

Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:

tratamiento=saran
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   60 18   20.889  0.0741   0.75491.000
  131 16   10.833  0.0878   0.67781.000
  192 15   20.722  0.1056   0.54230.962
  252 13   40.500  0.1179   0.31500.794
  303  9   30.333  0.   0.17340.641
  379  6   30.167  0.0878   0.05930.468


Manuel

El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo 
mailto:pedro.concejerocer...@telefonica.com>>
 escribió:
Hola, Manuel,
No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):

hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.

Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de 
supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias 
significativas.
Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza para 
los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la probabilidad de 
supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres comparar las curvas de 
supervivencia. Estas curvas son una representacion de la probabilidad de 
supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.

Hay alternativas al log-rank test
https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves

Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres responder 
antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.

El 11/08/2016 a las 15:53, 
r-help-es-requ...@r-project.org 
escribió:

[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R



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Pedro Concejero
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