[R-es] Estudio posthoc de la interacción

[Rodrigo López Correa]

Estimado Javier Marcuzzi,

Antes que nada muchas gracias por sus sugerencias.

Le comento que soy estudiante de posgrado en Mejoramiento animal y el
ejemplo que planteo es simplemente un análisis apenas preliminar de efectos
fijos, que busca estimar la influencia de recuento de células somáticas
(entre otras variables) sobre producción de leche.

Entiendo que el efecto rodeo-año-estación está de alguna manera contemplado
en el ejemplo, con el tambo, año de parto y mes de parto, aunque por error
no los especifiqué correctamente en el modelo.

Además, para ser más directo en el ejemplo, solo mencioné que el efecto de
la interacción dio significativo, pero también lo fue para el resto de las
variables explicativas consideradas.

Con el afán de plantear un ejemplo sencillo del problema que quería
analizar, éste resultó sin dudas no del todo correcto y complejo de
interpretar.

Volviendo a mi duda inicial y para abstraerme del ejemplo anterior,
supongamos que tengo el siguiente modelo de efectos fijos  y que todos los
efectos fueron significativos:

y = a +  b + c*d

La duda es, ¿cómo analizar dentro de la interacción c*:*d, la combinación
de niveles  que fue diferente estadísticamente para la variable 'y.'?


El planteo sería:

modelo<-Anova(lm(y~a+b+c*d,data=a),type="III")


Para analizar la interacción, utilicé el paquete phia:

interacc_medias<-interactionMeans(modelo)

Pero me produjo el siguiente error:

*Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*



Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u otro?


De nuevo muchas gracias por su ayuda y disculpas si el ejemplo original no
fue del todo correcto.

Muchas gracias.

Rodrigo.



















Virus-free.
www.avast.com

<#m_230063116732962769_DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2>

El 18 de febrero de 2018, 12:56, Javier Marcuzzi <
javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:

> Estimado Rodrigo López Correa
>
> Yo realizo ese tipo de análisis en mi vida profesional.
>
> ¿Qué título tiene o que estudia?
>
> Lo que usted escribe tiene sentido pero biológicamente está con errores,
> en su modelo, la producción de leche depende del tambo, mes de parto, año
> de parto, lactancia, recuento de células somáticas y relación entre
> lactancia y células somáticas. Luego dice que tiene relación significativa
> entre la lactancia y células somáticas.
>
> Biológicamente las células somáticas afectan la producción de leche, la
> producción de leche afecta las lactancias, entrando muy fino puede haber
> diferencias en la histología, pero un cambio por ejemplo ambiental afecta
> el recuento de células somáticas. Si mira algún artículo del Journal Dairy
> Science su modelo no tiene algo típico como leche = hys + ..., una simple
> pregunta como si al envejecer la vaca aumentan las células somáticas, es lo
> único a lo que apunta claramente su modelo a responder desde mi punto de
> vista, el resto de su modelo tiene problemas biológicos, le recomiendo
> definir un poco más ese aspecto de acuerdo a lo que buscas, R le puede
> procesar información y dar resultados, pero las vacas se manejan con otras
> reglas.
>
> Usted tiene un error anterior, el análisis de las variancias puede ser
> bueno, pero usted no está reflejando la producción de leche, no le falta
> mucho para escribir el modelo en una forma adecuada, luego lo puede
> complicar todo lo que desea, pero le recomiendo ver ese aspecto antes de
> continuar.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
>
>
> El 18 de febrero de 2018, 12:13, Rodrigo López Correa  > escribió:
>
>> Estimados,
>>
>> Estoy analizando el siguiente modelo para producción de leche y he
>> utilizado el paquete car para plantear el siguiente modelo de efectos
>> fijos:
>>
>>
>> modelo<-Anova(lm(leche~tambo_ypart+mpart+lact+rcs_categ3+lact*:*
>> rcs_categ3,data=a),type="III")
>>
>> El resultado dio siginificativa la interacción entre lact y  rcs_categ3.
>>
>> Para analizar la interacción, utilicé el paquete phia:
>>
>> interacc_medias<-interactionMeans(modelo)
>>
>> Pero me produce el siguiente error:
>>
>> *Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*
>>
>>
>> Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u
>> otro?
>>
>>
>> Muchas gracias!
>>
>> Rodrigo.
>>
>>
>> > =link&utm_campaign=sig-email&utm_content=webmail&utm_term=icon>
>> Virus-free.
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>> > =link&utm_campaign=sig-email&utm_content=webmail&utm_term=link>
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>>
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>>
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>> R-help-es@r-

Re: [R-es] Estudio posthoc de la interacción

[Javier Marcuzzi]

Estimado Rodrigo López Correa

Entonces deseas meterte dentro la matriz de variancias y covarianzas, para
ese fin desde mi punto de vista busca otra librería que te permita calcular
BLUP, mi preferencia es REML ante otros algoritmos, lógicamente en un
concepto diferente puede usar gibbs. Como está realizando su doctorado en
mejoramiento animal conocerá sobre la partición de la variancia, y de los
efectos ambientales fijos como permanentes, y el recuento de células
somáticas tiene un componente genético de la parte inmune como ambiental
permanente, y como ambiental temporario entrarían unos días lluviosos con
barro, cuándo yo me meto en esos aspectos uso modelos de regresiones
aleatorias. R tiene algunos ejemplos sobre genética, pero estos están con
problemas, por ejemplo, si usted o cualquiera desea conocer el efecto
materno porque los animales se reproducirán por transferencia embrionaria
esos ejemplos caen, porque simplificaron tano el problema en R que esos
planteos no podrían diferenciar en el caso de efectos maternos. La parte de
R que tiene lm …, es básica, busque algo más “vitaminado”, su director de
tesis seguro conoce el problema, consúltele para no perder tiempo
rompiéndose la cabeza intentando usar lm, con esta librería no va a poder.
Depende que realice y cuántos datos, pero prepárese para horas o días de
procesamiento para cada modelo.

Javier Rubén Marcuzzi

El 19 de febrero de 2018, 8:36, Rodrigo López Correa 
escribió:

> Estimado Javier Marcuzzi,
>
> Antes que nada muchas gracias por sus sugerencias.
>
> Le comento que soy estudiante de posgrado en Mejoramiento animal y el
> ejemplo que planteo es simplemente un análisis apenas preliminar de efectos
> fijos, que busca estimar la influencia de recuento de células somáticas
> (entre otras variables) sobre producción de leche.
>
> Entiendo que el efecto rodeo-año-estación está de alguna manera contemplado
> en el ejemplo, con el tambo, año de parto y mes de parto, aunque por error
> no los especifiqué correctamente en el modelo.
>
> Además, para ser más directo en el ejemplo, solo mencioné que el efecto de
> la interacción dio significativo, pero también lo fue para el resto de las
> variables explicativas consideradas.
>
> Con el afán de plantear un ejemplo sencillo del problema que quería
> analizar, éste resultó sin dudas no del todo correcto y complejo de
> interpretar.
>
> Volviendo a mi duda inicial y para abstraerme del ejemplo anterior,
> supongamos que tengo el siguiente modelo de efectos fijos  y que todos los
> efectos fueron significativos:
>
> y = a +  b + c*d
>
> La duda es, ¿cómo analizar dentro de la interacción c*:*d, la combinación
> de niveles  que fue diferente estadísticamente para la variable 'y.'?
>
>
> El planteo sería:
>
> modelo<-Anova(lm(y~a+b+c*d,data=a),type="III")
>
>
> Para analizar la interacción, utilicé el paquete phia:
>
> interacc_medias<-interactionMeans(modelo)
>
> Pero me produjo el siguiente error:
>
> *Error in terms.default(model) : no terms component nor attribute*
>
>
>
> Me podrían ayudar a estudiar la interacción posthoc con este paquete u
> otro?
>
>
> De nuevo muchas gracias por su ayuda y disculpas si el ejemplo original no
> fue del todo correcto.
>
> Muchas gracias.
>
> Rodrigo.
>
>
>
>
>
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> El 18 de febrero de 2018, 12:56, Javier Marcuzzi <
> javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
>
> > Estimado Rodrigo López Correa
> >
> > Yo realizo ese tipo de análisis en mi vida profesional.
> >
> > ¿Qué título tiene o que estudia?
> >
> > Lo que usted escribe tiene sentido pero biológicamente está con errores,
> > en su modelo, la producción de leche depende del tambo, mes de parto, año
> > de parto, lactancia, recuento de células somáticas y relación entre
> > lactancia y células somáticas. Luego dice que tiene relación
> significativa
> > entre la lactancia y células somáticas.
> >
> > Biológicamente las células somáticas afectan la producción de leche, la
> > producción de leche afecta las lactancias, entrando muy fino puede haber
> > diferencias en la histología, pero un cambio por ejemplo ambiental afecta
> > el recuento de células somáticas. Si mira algún artículo del Journal
> Dairy
> > Science su modelo no tiene algo típico como leche = hys + ..., una simple
> > pregunta como si al envejecer la vaca aumentan las células somáticas, es
> lo
> > único a lo que apunta claramente su modelo a responder desde mi punto de
> > vista, el resto de su modelo tiene problemas biológicos, le recomiendo
> > definir un poco más ese aspecto de acuerdo a lo que buscas, R le puede
> > procesar información y dar resultados, pero las vacas se

[R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Manuel Mendoza]

Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no binaria?
Gracias
--
Dr Manuel Mendoza
Department of Biogeography and Global Change
National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Resumen de R-help-es, Vol 108, Envío 24

[Yesica Pallavicini Fernandez]

Hola Juan Bautista.
Yo instalé agricolae la semana pasada y sin problemas..
No se cómo ayudarte.
A no ser que desinstales R y lo vuelvas a instalar ( perderías todos los
paquetes instalados)

Saludos
Yésica.


El 17 de febrero de 2018, 13:21,  escribió:

> Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
> r-help-es@r-project.org
>
> Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
> O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
> el asunto (subject) o en el cuerpo a:
> r-help-es-requ...@r-project.org
>
> Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
> r-help-es-ow...@r-project.org
>
> Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
> linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
> "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
> la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
> respondiendo.
>
>
> Asuntos del día:
>
>1. RV: no puedo cargar el paquete "agricolae" (Juan Bautista)
>2. Re: RV: no puedo cargar el paquete "agricolae" (Javier Marcuzzi)
>
> --
>
> Message: 1
> Date: Sat, 17 Feb 2018 11:43:47 +
> From: Juan Bautista 
> To: "'R Help Es  (r-help-es@r-project.org)'" 
> Subject: [R-es] RV: no puedo cargar el paquete "agricolae"
> Message-ID:
> 
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
>
> Cada vez que intento cargar el paquete "agricolae" me da el siguiente
> mensaje:
>
> Error: package or namespace load failed for 'agricolae' in
> loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
> there is no package called 'spData'
>
> He intentado todo actualizar los paquetes, volverlos a instalar pero no
> hay forma.
>
> Si sabeis la solución ??
>
> Un saludo.
>
> Juan Bautista Relloso Barrio
>
>
>  próxima parte 
> A non-text attachment was scrubbed...
> Name: winmail.dat
> Type: application/ms-tnef
> Size: 14747 bytes
> Desc: no disponible
> URL:  attachments/20180217/0724f79f/attachment-0001.bin>
>
>
> --
>
> Message: 2
> Date: Sat, 17 Feb 2018 09:20:58 -0300
> From: Javier Marcuzzi 
> To: Juan Bautista 
> Cc: "R Help Es (r-help-es@r-project.org)" 
> Subject: Re: [R-es] RV: no puedo cargar el paquete "agricolae"
> Message-ID:
>  3nn1...@mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Estimado Juan Bautista
>
> Yo intenté instalarlo y cargarlo, en mi caso no sale ese error, copio y
> pego todo lo que informa mi ambiente de trabajo por su puedes duplicarlo.
>
> > R.version   _
> platform   x86_64-w64-mingw32
> arch   x86_64
> os mingw32
> system x86_64, mingw32
> status
> major  3
> minor  4.3
> year   2017
> month  11
> day30
> svn rev73796
> language   R
> version.string R version 3.4.3 (2017-11-30)
> nickname   Kite-Eating Tree>
> install.packages("agricolae")Installing package into
> ‘C:/Users/HP/Documents/R/win-library/3.4’
> (as ‘lib’ is unspecified)also installing the dependencies ‘gtools’,
> ‘gdata’, ‘combinat’, ‘sp’, ‘spData’, ‘LearnBayes’, ‘deldir’,
> ‘gmodels’, ‘expm’, ‘klaR’, ‘spdep’, ‘AlgDesign’
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/gtools_3.5.0.zip'Content
> type 'application/zip' length 144747 bytes (141 KB)downloaded 141 KB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/gdata_2.18.0.zip'Content
> type 'application/zip' length 1186810 bytes (1.1 MB)downloaded 1.1 MB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/combinat_0.0-8.zip'Content
> type 'application/zip' length 29663 bytes (28 KB)downloaded 28 KB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/sp_1.2-5.zip'Content
> type 'application/zip' length 1539525 bytes (1.5 MB)downloaded 1.5 MB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/spData_0.2.6.8.zip'Content
> type 'application/zip' length 3986137 bytes (3.8 MB)downloaded 3.8 MB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/LearnBayes_2.15.zip'Content
> type 'application/zip' length 1131042 bytes (1.1 MB)downloaded 1.1 MB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/deldir_0.1-14.zip'Content
> type 'application/zip' length 237317 bytes (231 KB)downloaded 231 KB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/gmodels_2.16.2.zip'Content
> type 'application/zip' length 74284 bytes (72 KB)downloaded 72 KB
> trying URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-01-01/bin/
> windows/contrib/3.4/expm_0.999-2.zip'

Re: [R-es] no puedo cargar el paquete "agricolae"

[miguel.angel.rodriguez.muinos]

Hola Juan Bautista.


Según la información que aparece en el error, te falta por instalar el paquete 
spData (y debes hacerlo antes del agricolae).


Parece que es una dependencia que no se ha instalado adecuadamente.


Un Saludo,
--
Miguel Ángel Rodríguez Muíños
Dirección Xeral de Saúde Pública
Consellería de Sanidade
Xunta de Galicia
http://dxsp.sergas.es







De: R-help-es  en nombre de Juan Bautista 

Enviado: sábado, 17 de febrero de 2018 12:43
Para: 'R Help Es (r-help-es@r-project.org)'
Asunto: [R-es] RV: no puedo cargar el paquete "agricolae"


Cada vez que intento cargar el paquete "agricolae" me da el siguiente mensaje:

Error: package or namespace load failed for 'agricolae' in loadNamespace(i, 
c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
there is no package called 'spData'

He intentado todo actualizar los paquetes, volverlos a instalar pero no hay 
forma.

Si sabeis la solución ??

Un saludo.

Juan Bautista Relloso Barrio




Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos 
adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu 
destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta mensaxe, por 
favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está autorizada.

Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos 
adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su 
destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este mensaje, 
por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no está autorizada.

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Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Carlos Ortega]

Hola,

No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
predictora, vaya que al menos sea binaria...
En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es un
modelo binario o multinominal...

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :

> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
> binaria?
> Gracias
> --
> Dr Manuel Mendoza
> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
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Saludos,
Carlos Ortega
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[R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

[Carlos Córcoles]

 Hola

Escribo este mensaje porque llevo unas horas y no consigo solucionar un
obstáculo.

No consigo añadir unos caracteres en la primera línea de un archivo ".json"
desde R.

Utilizando el siguiente código

*write(line,file="map_wgs91.js",append=TRUE)*
*cat("var statesData =", file="map_wgs93.js", append=TRUE, sep = "\a")*

he conseguido que la palabra aparezca al final del archivo, pero eso no es
lo que quiero.

No se si me podrías dar  desde esta lista alguna sugerencia...

Gracias

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Re: [R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

[Carlos Ortega]

Hola,

¿Qué sistema operativo usas?.

   - Si usas Linux/MacOS puedes llamar al SO desde R y decirle que
   sustituya un elemento de la primera línea de tu fichero con lo que tú
   quieres. Lo puedes hacer con varias utilidades del SO (sed, awk, o incluso
   con echo).
   - Si usas Windows lo que puedes hacer es lo siguiente, leer el fichero
   json con "readLines()", el resultado lo vas a guardar en un data.frame al
   que le puedes añadir una primera línea con lo que tú quieras y luego este
   nuevo data.frame salvarlo con "write()"

Es importante a la hora de pedir ayuda indicar este detalle del SO y además
incluir algún ejemplo/dato con el que se pueda reproducir el problema y dar
una solución que se pueda ver que funciona.

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 16:37, Carlos Córcoles 
escribió:

>  Hola
>
> Escribo este mensaje porque llevo unas horas y no consigo solucionar un
> obstáculo.
>
> No consigo añadir unos caracteres en la primera línea de un archivo ".json"
> desde R.
>
> Utilizando el siguiente código
>
> *write(line,file="map_wgs91.js",append=TRUE)*
> *cat("var statesData =", file="map_wgs93.js", append=TRUE, sep = "\a")*
>
> he conseguido que la palabra aparezca al final del archivo, pero eso no es
> lo que quiero.
>
> No se si me podrías dar  desde esta lista alguna sugerencia...
>
> Gracias
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Saludos,
Carlos Ortega
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[R-es] Gráfica 3D

[Andrés Hirigoyen]

Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?

Muchas gracias

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Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Manuel Mendoza]

Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:

El argumento family puede ser:

"gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser numérica
"bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
"poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive  
integer); numérica también, pues.


La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me  
da este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test &  
n.fitted < max.trees) { :

  missing value where TRUE/FALSE needed

Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de  
deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también  
es para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún  
lado. Por eso pregunté.


Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
Gracias,
Manuel


Quoting Carlos Ortega :


Hola,

No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
predictora, vaya que al menos sea binaria...
En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es un
modelo binario o multinominal...

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :


Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
binaria?
Gracias
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Dr Manuel Mendoza
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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] Gráfica 3D

[Carlos Ortega]

Sí, mira esto...
"plot3D" en la viñeta te ofrece hasta 50 posibilidades diferentes de
representar un gráfico 3D...

https://cran.r-project.org/web/packages/plot3D/vignettes/volcano.pdf

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 17:44, Andrés Hirigoyen  escribió:

> Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
> geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?
>
> Muchas gracias
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Carlos Ortega]

Hola,

Sí, tienes razón...
¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza 
escribió:

>
> Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>
> El argumento family puede ser:
>
> "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
> numérica
> "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
> "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
> integer); numérica también, pues.
>
> La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me da
> este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test & n.fitted <
> max.trees) { :
>   missing value where TRUE/FALSE needed
>
> Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
> deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también es
> para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún lado.
> Por eso pregunté.
>
> Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
> Gracias,
> Manuel
>
>
>
> Quoting Carlos Ortega :
>
> Hola,
>>
>> No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
>> Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
>> predictora, vaya que al menos sea binaria...
>> En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
>> predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es un
>> modelo binario o multinominal...
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>> 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :
>>
>> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
>>> binaria?
>>> Gracias
>>> --
>>> Dr Manuel Mendoza
>>> Department of Biogeography and Global Change
>>> National Museum of Natural History (MNCN)
>>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>>> Spain
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>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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>>
>>
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>
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> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> Spain
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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Manuel Mendoza]

Bueno, primero te comento que si no le indico la family me hace  
Bernuilli y da error por no ser binaria.


La razón de aplicar gbm.step del paquete dismo es que da una  
información fundamental, como la interacción entre las variables o los  
partial plots. La interacción te la representa en 3D y es super  
explicativo.


El paquete randomforest también me da los partialplots y sale muy  
bien, pero me gustaría probar también con boosted. Lo haré con gbm,  
aunque no obtenga las interacciones.


Gracias una vez más,
Manuel


Quoting Carlos Ortega :


Hola,

Sí, tienes razón...
¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza 
escribió:



Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:

El argumento family puede ser:

"gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
numérica
"bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
"poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
integer); numérica también, pues.

La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me da
este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test & n.fitted <
max.trees) { :
  missing value where TRUE/FALSE needed

Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también es
para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún lado.
Por eso pregunté.

Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
Gracias,
Manuel



Quoting Carlos Ortega :

Hola,


No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
predictora, vaya que al menos sea binaria...
En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es un
modelo binario o multinominal...

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :

Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no

binaria?
Gracias
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Saludos,
Carlos Ortega
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Saludos,
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Re: [R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

[Javier Marcuzzi]

Estimado Carlos Córcoles

No comprendo si quieres colocar una línea al inicio de un archivo json, o
dentro del archivo de texto hay json y en su estructura colocar una línea
nueva.

Lo que comenta Carlos Ortega está bien, puede ser que RJSON o JSONLITE le
faciliten algo el trabajo, este depende mucho del sistema operativo y de la
estructura JSON o archivo con un JSON interno.

Su código tiene la palabra append=TRUE, pienso que puede ser más fácil
escribir un archivo nuevo, ante un error no borra ningún dato.

Javier Rubén Marcuzzi

El 19 de febrero de 2018, 12:37, Carlos Córcoles 
escribió:

>  Hola
>
> Escribo este mensaje porque llevo unas horas y no consigo solucionar un
> obstáculo.
>
> No consigo añadir unos caracteres en la primera línea de un archivo ".json"
> desde R.
>
> Utilizando el siguiente código
>
> *write(line,file="map_wgs91.js",append=TRUE)*
> *cat("var statesData =", file="map_wgs93.js", append=TRUE, sep = "\a")*
>
> he conseguido que la palabra aparezca al final del archivo, pero eso no es
> lo que quiero.
>
> No se si me podrías dar  desde esta lista alguna sugerencia...
>
> Gracias
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] SOBRESCRIBIR EN LA PRIMERA LÍNEA DE TEXTOS

[Freddy Omar López Quintero]

Hola.

El lun, 19-02-2018 a las 16:37 +0100, Carlos Córcoles escribió:
> No se si me podrías dar  desde esta lista alguna sugerencia...

Tomando un subconjunto del clásico conjunto de datos mtcars y
convirtiéndolo a json para ejemplificar, puedes hacer lo siguiente:

library(jsonlite)
line<-toJSON(head(mtcars), pretty=T)write(line,file="map_wgs91.js")
line<-toJSON(head(mtcars), pretty=T)write(line,
file="map_wgs91.js")fConn <- file('map_wgs91.js', 'r+')Lines <-
readLines(fConn)writeLines(c("var statesData =\n", Lines), con =
fConn)close(fConn) 

que lo tomé, básicamente, de aquí:

http://r.789695.n4.nabble.com/Appending-strings-at-the-beginning-of-a-t
ext-file-td901370.html

Ojalá sea de utilidad.


-- 
«...homines autem hominum causa esse generatos...»

Cicero
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Re: [R-es] Gráficas 3D

[Andrés Hirigoyen]

Gracias Carlos, mi idea es construir un cono, un cilindro  u otros cuerpos
geométrico y luego graficarlos. Alguna idea de como empezar?

Muchas gracias como siempre

El lun., 19 de feb. de 2018 15:06, 
escribió:

> Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
> r-help-es@r-project.org
>
> Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
> O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
> el asunto (subject) o en el cuerpo a:
> r-help-es-requ...@r-project.org
>
> Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
> r-help-es-ow...@r-project.org
>
> Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
> linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
> "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
> la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
> respondiendo.
>
>
> Asuntos del día:
>
>1. Gráfica 3D (Andrés Hirigoyen)
>2. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
>3. Re: Gráfica 3D (Carlos Ortega)
>4. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Carlos Ortega)
>5. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
>
> --
>
> Message: 1
> Date: Mon, 19 Feb 2018 16:44:00 +
> From: Andrés Hirigoyen 
> To: Lista R 
> Subject: [R-es] Gráfica 3D
> Message-ID:
> <
> caoatypvzasi_ltfrswcsz3soxzntnutxsdhabt2yzv64r0n...@mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
> geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?
>
> Muchas gracias
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
>
>
> --
>
> Message: 2
> Date: Mon, 19 Feb 2018 18:01:21 +0100
> From: Manuel Mendoza 
> To: Carlos Ortega 
> Cc: "r-help-es@r-project.org" 
> Subject: Re: [R-es]  gbm.step para clasificación no binaria
> Message-ID:
> <20180219180121.horde.4lstqnni0ein9hwjghbd...@webmail.csic.es>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed";
> DelSp="Yes"
>
>
> Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>
> El argumento family puede ser:
>
> "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
> numérica
> "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
> "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
> integer); numérica también, pues.
>
> La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me
> da este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test &
> n.fitted < max.trees) { :
>missing value where TRUE/FALSE needed
>
> Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
> deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también
> es para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún
> lado. Por eso pregunté.
>
> Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
> Gracias,
> Manuel
>
>
> Quoting Carlos Ortega :
>
> > Hola,
> >
> > No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
> > Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
> > predictora, vaya que al menos sea binaria...
> > En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
> > predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es
> un
> > modelo binario o multinominal...
> >
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
> >
> > 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :
> >
> >> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
> >> binaria?
> >> Gracias
> >> --
> >> Dr Manuel Mendoza
> >> Department of Biogeography and Global Change
> >> National Museum of Natural History (MNCN)
> >> Spanish Scientific Council (CSIC)
> >> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> >> Spain
> >>
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> >> R-help-es@r-project.org
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>
> >
> >
> >
> > --
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
>
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> Dr Manuel Mendoza
> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> Spain
>
>
>
>
> --
>
> Message: 3
> Date: Mon, 19 Feb 2018 18:07:12 +0100
> From: Carlos Ortega 
> To: Andrés Hirigoyen 
> Cc: Lista R 
> Subject: Re: [R-es] Gráfica 3D
> Message-ID:
>  q4mua9sdty7teqbzmmjuch...@mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Sí, mira esto...
> "plot3D" en la viñeta te ofrece hasta 50 posibilidades diferentes de
> representar un gráfico 3D...
>
> https://cran.r-project.org/web/packages/plot3D/vignettes/volcano.pdf
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 19 de f

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Manuel Mendoza]

Hola de nuevo. Se me olvidaba la principal razón para utilizar  
gbm.step del paquete dismo. Como sabéis, los boosted si sobreajustan  
(a diferencia de los random forest o cualquier otro bootstrap) pero  
gbm.step hace validación cruzada para determinar el nº óptimo de  
árboles y evitarlo. Es fundamental.




La opción que me queda, Carlos, es hacerlo con gbm, pero muchas veces,  
y usar el promedio.Vamos, hacer yo mismo un bootstrap con muchos  
boosted. Los métodos basados en bootstrap no sobreajustan,  
precisamente porque, como quizás sepas, al sobreajustar aumenta el  
error debido a la varianza, y el promedio de muchas predicciones con  
elevada varianza tiene mucha menos varianza que cada una de ellas.





Quoting Carlos Ortega :


Hola,

Sí, tienes razón...
¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza 
escribió:



Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:

El argumento family puede ser:

"gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
numérica
"bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
"poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
integer); numérica también, pues.

La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me da
este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test & n.fitted <
max.trees) { :
  missing value where TRUE/FALSE needed

Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también es
para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún lado.
Por eso pregunté.

Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
Gracias,
Manuel



Quoting Carlos Ortega :

Hola,


No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
predictora, vaya que al menos sea binaria...
En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es un
modelo binario o multinominal...

Saludos,
Carlos Ortega
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2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :

Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no

binaria?
Gracias
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Dr Manuel Mendoza
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Re: [R-es] Gráficas 3D

[Carlos Ortega]

Hola,

Sí, mira estos ejemplos de cómo hacerlo...
Busca las ecuaciones paramétricas de cada una de estas figuras geométricas
(lo puedes encontrar en Wikipedia o en Wolfram Mathematica) y ya lo tendrás
casi todo...

https://alstatr.blogspot.com.es/2014/02/r-fun-with-surf3d-function.html

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 21:32, Andrés Hirigoyen  escribió:

> Gracias Carlos, mi idea es construir un cono, un cilindro  u otros cuerpos
> geométrico y luego graficarlos. Alguna idea de como empezar?
>
> Muchas gracias como siempre
>
> El lun., 19 de feb. de 2018 15:06, 
> escribió:
>
> > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
> > r-help-es@r-project.org
> >
> > Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
> > O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
> > el asunto (subject) o en el cuerpo a:
> > r-help-es-requ...@r-project.org
> >
> > Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
> > r-help-es-ow...@r-project.org
> >
> > Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
> > linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
> > "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
> > la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
> > respondiendo.
> >
> >
> > Asuntos del día:
> >
> >1. Gráfica 3D (Andrés Hirigoyen)
> >2. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
> >3. Re: Gráfica 3D (Carlos Ortega)
> >4. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Carlos Ortega)
> >5. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
> >
> > --
> >
> > Message: 1
> > Date: Mon, 19 Feb 2018 16:44:00 +
> > From: Andrés Hirigoyen 
> > To: Lista R 
> > Subject: [R-es] Gráfica 3D
> > Message-ID:
> > <
> > caoatypvzasi_ltfrswcsz3soxzntnutxsdhabt2yzv64r0n...@mail.gmail.com>
> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> >
> > Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
> > geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?
> >
> > Muchas gracias
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
> >
> >
> >
> > --
> >
> > Message: 2
> > Date: Mon, 19 Feb 2018 18:01:21 +0100
> > From: Manuel Mendoza 
> > To: Carlos Ortega 
> > Cc: "r-help-es@r-project.org" 
> > Subject: Re: [R-es]  gbm.step para clasificación no binaria
> > Message-ID:
> > <20180219180121.horde.4lstqnni0ein9hwjghbd...@webmail.csic.es>
> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed";
> > DelSp="Yes"
> >
> >
> > Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
> >
> > El argumento family puede ser:
> >
> > "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
> > numérica
> > "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
> > "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
> > integer); numérica también, pues.
> >
> > La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me
> > da este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test &
> > n.fitted < max.trees) { :
> >missing value where TRUE/FALSE needed
> >
> > Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
> > deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también
> > es para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún
> > lado. Por eso pregunté.
> >
> > Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
> > Gracias,
> > Manuel
> >
> >
> > Quoting Carlos Ortega :
> >
> > > Hola,
> > >
> > > No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
> > > Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
> > > predictora, vaya que al menos sea binaria...
> > > En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es
> la
> > > predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es
> > un
> > > modelo binario o multinominal...
> > >
> > > Saludos,
> > > Carlos Ortega
> > > www.qualityexcellence.es
> > >
> > >
> > > 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :
> > >
> > >> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
> > >> binaria?
> > >> Gracias
> > >> --
> > >> Dr Manuel Mendoza
> > >> Department of Biogeography and Global Change
> > >> National Museum of Natural History (MNCN)
> > >> Spanish Scientific Council (CSIC)
> > >> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> > >> Spain
> > >>
> > >> ___
> > >> R-help-es mailing list
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> > >
> > >
> > >
> > > --
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> >
> > --
> > Dr Manuel Mendoza
> > Department of Biogeography and Global Change
> > 

Re: [R-es] Gráficas 3D

[Andrés Hirigoyen]

Manos a la.obra

El lun., 19 de feb. de 2018 18:15, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> Sí, mira estos ejemplos de cómo hacerlo...
> Busca las ecuaciones paramétricas de cada una de estas figuras geométricas
> (lo puedes encontrar en Wikipedia o en Wolfram Mathematica) y ya lo tendrás
> casi todo...
>
> https://alstatr.blogspot.com.es/2014/02/r-fun-with-surf3d-function.html
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 19 de febrero de 2018, 21:32, Andrés Hirigoyen <
> andreshirigo...@gmail.com> escribió:
>
>> Gracias Carlos, mi idea es construir un cono, un cilindro  u otros cuerpos
>> geométrico y luego graficarlos. Alguna idea de como empezar?
>>
>> Muchas gracias como siempre
>>
>> El lun., 19 de feb. de 2018 15:06, 
>> escribió:
>>
>> > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
>> > r-help-es@r-project.org
>> >
>> > Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >
>> > O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
>> > el asunto (subject) o en el cuerpo a:
>> > r-help-es-requ...@r-project.org
>> >
>> > Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
>> > r-help-es-ow...@r-project.org
>> >
>> > Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
>> > linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
>> > "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
>> > la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
>> > respondiendo.
>> >
>> >
>> > Asuntos del día:
>> >
>> >1. Gráfica 3D (Andrés Hirigoyen)
>> >2. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
>> >3. Re: Gráfica 3D (Carlos Ortega)
>> >4. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Carlos Ortega)
>> >5. Re:  gbm.step para clasificación no binaria (Manuel Mendoza)
>> >
>> > --
>> >
>> > Message: 1
>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 16:44:00 +
>> > From: Andrés Hirigoyen 
>> > To: Lista R 
>> > Subject: [R-es] Gráfica 3D
>> > Message-ID:
>> > <
>> > caoatypvzasi_ltfrswcsz3soxzntnutxsdhabt2yzv64r0n...@mail.gmail.com>
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>> > Buenas tardes ¿me recomiendan algún paquete para graficar objetos
>> > geométricos en 3D? Alguien ya hizo este tipo de gráficos?
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>> > Muchas gracias
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>> > Date: Mon, 19 Feb 2018 18:01:21 +0100
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>> > Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>> >
>> > El argumento family puede ser:
>> >
>> > "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
>> > numérica
>> > "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
>> > "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
>> > integer); numérica también, pues.
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>> > La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me
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>> > es para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún
>> > lado. Por eso pregunté.
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>> > Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
>> > Gracias,
>> > Manuel
>> >
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>> > Quoting Carlos Ortega :
>> >
>> > > Hola,
>> > >
>> > > No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
>> > > Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
>> > > predictora, vaya que al menos sea binaria...
>> > > En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es
>> la
>> > > predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si
>> es
>> > un
>> > > modelo binario o multinominal...
>> > >
>> > > Saludos,
>> > > Carlos Ortega
>> > > www.qualityexcellence.es
>> > >
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>> > > 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :
>> > >
>> > >> Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no
>> > >> binaria?
>> > >> Gracias
>> > >> --
>> > >> Dr Manuel Mendoza
>> > >> Department of Biogeography and Global Change
>> > >> National Museum of Natural History (MNCN)
>> > >> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> > >> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> > >> Spain
>> > >>
>> > >> ___
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>> > >> R-

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Carlos Ortega]

Hola,

Varias cosas:

   - Puedes usar "gbm" y para los "partial plots" utilizar el paquete "pdp"
   que considera varios tipos de modelos, entre ellos "gbm".
   - También puedes usar "xgboost" que tiene una función parecida a esta
   que quieres usar "xgb.cv" justamente para encontrar el modelo óptimo.

De todas formas, por experiencia sí que los randomForest sobreajustan
cuando fuerzas un número alto de niveles (en la función en Python
RandomForestClassifier con el parámetro "max_depth" que no veo la
equivalente en randomForest o ranger de R...

Saludos,
Carlos Ortega.

El 19 de febrero de 2018, 22:02, Manuel Mendoza 
escribió:

>
> Hola de nuevo. Se me olvidaba la principal razón para utilizar gbm.step
> del paquete dismo. Como sabéis, los boosted si sobreajustan (a diferencia
> de los random forest o cualquier otro bootstrap) pero gbm.step hace
> validación cruzada para determinar el nº óptimo de árboles y evitarlo. Es
> fundamental.
>
>
>
> La opción que me queda, Carlos, es hacerlo con gbm, pero muchas veces, y
> usar el promedio.Vamos, hacer yo mismo un bootstrap con muchos boosted. Los
> métodos basados en bootstrap no sobreajustan, precisamente porque, como
> quizás sepas, al sobreajustar aumenta el error debido a la varianza, y el
> promedio de muchas predicciones con elevada varianza tiene mucha menos
> varianza que cada una de ellas.
>
>
>
>
>
> Quoting Carlos Ortega :
>
> Hola,
>>
>> Sí, tienes razón...
>> ¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...
>>
>> Gracias,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>> El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza 
>> escribió:
>>
>>
>>> Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:
>>>
>>> El argumento family puede ser:
>>>
>>> "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
>>> numérica
>>> "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
>>> "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
>>> integer); numérica también, pues.
>>>
>>> La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me da
>>> este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test & n.fitted <
>>> max.trees) { :
>>>   missing value where TRUE/FALSE needed
>>>
>>> Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
>>> deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también es
>>> para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún lado.
>>> Por eso pregunté.
>>>
>>> Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
>>> Gracias,
>>> Manuel
>>>
>>>
>>>
>>> Quoting Carlos Ortega :
>>>
>>> Hola,
>>>

 No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
 Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
 predictora, vaya que al menos sea binaria...
 En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
 predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es
 un
 modelo binario o multinominal...

 Saludos,
 Carlos Ortega
 www.qualityexcellence.es


 2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :

 Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no

> binaria?
> Gracias
> --
> Dr Manuel Mendoza
> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> Spain
>
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> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
>

 --
 Saludos,
 Carlos Ortega
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>>>
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>>> Dr Manuel Mendoza
>>> Department of Biogeography and Global Change
>>> National Museum of Natural History (MNCN)
>>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
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>>>
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
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> Dr Manuel Mendoza
> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
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Saludos,
Carlos Ortega
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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] gbm.step para clasificación no binaria

[Manuel Mendoza]

Gracias, les echaré un ojo.

Quoting Carlos Ortega :


Hola,

Varias cosas:

   - Puedes usar "gbm" y para los "partial plots" utilizar el paquete "pdp"
   que considera varios tipos de modelos, entre ellos "gbm".
   - También puedes usar "xgboost" que tiene una función parecida a esta
   que quieres usar "xgb.cv" justamente para encontrar el modelo óptimo.

De todas formas, por experiencia sí que los randomForest sobreajustan
cuando fuerzas un número alto de niveles (en la función en Python
RandomForestClassifier con el parámetro "max_depth" que no veo la
equivalente en randomForest o ranger de R...

Saludos,
Carlos Ortega.

El 19 de febrero de 2018, 22:02, Manuel Mendoza 
escribió:



Hola de nuevo. Se me olvidaba la principal razón para utilizar gbm.step
del paquete dismo. Como sabéis, los boosted si sobreajustan (a diferencia
de los random forest o cualquier otro bootstrap) pero gbm.step hace
validación cruzada para determinar el nº óptimo de árboles y evitarlo. Es
fundamental.



La opción que me queda, Carlos, es hacerlo con gbm, pero muchas veces, y
usar el promedio.Vamos, hacer yo mismo un bootstrap con muchos boosted. Los
métodos basados en bootstrap no sobreajustan, precisamente porque, como
quizás sepas, al sobreajustar aumenta el error debido a la varianza, y el
promedio de muchas predicciones con elevada varianza tiene mucha menos
varianza que cada una de ellas.





Quoting Carlos Ortega :

Hola,


Sí, tienes razón...
¿No puedes usar la propia función "gbm" del paquete "gbm"?...

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 19 de febrero de 2018, 18:01, Manuel Mendoza 
escribió:



Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay:

El argumento family puede ser:

"gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser
numérica
"bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices
"poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive
integer); numérica también, pues.

La única podría ser "laplace" (for minimizing absolute loss), pero me da
este error: Error in while (delta.deviance > tolerance.test & n.fitted <
max.trees) { :
  missing value where TRUE/FALSE needed

Supongo que loss se refiere a la función de pérdida, y como habla de
deviance (la función de pérdida por defecto en gbm) pienso que también es
para variable respuesta numérica, aunque no lo encontré por ningún lado.
Por eso pregunté.

Probaré sin indicar la family, a ver si funciona.
Gracias,
Manuel



Quoting Carlos Ortega :

Hola,



No hay ninguna limitación en la ayuda de la función en este sentido.
Tan solo se indica que han de existir dos niveles en la variable
predictora, vaya que al menos sea binaria...
En la función en el parámetro "gbm.y" es donde indicas qué columna es la
predictora. No hay otro parámetro donde por otro lado le indiques si es
un
modelo binario o multinominal...

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


2018-02-19 14:03 GMT+01:00 Manuel Mendoza :

Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no


binaria?
Gracias
--
Dr Manuel Mendoza
Department of Biogeography and Global Change
National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain

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Saludos,
Carlos Ortega
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Dr Manuel Mendoza
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National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain





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Saludos,
Carlos Ortega
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Dr Manuel Mendoza
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National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain





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Saludos,
Carlos Ortega
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--
Dr Manuel Mendoza
Department of Biogeography and Global Change
National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
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