Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Francisco Viciana]

Si lo que quieres obtener es una valoraci�n global del efecto de cada 
tratamiento, qu�zas lo mas adecuado es que use regresi�n de Cox (si 
puedes asumir proporcionalidad de los efectos. La resoluci�n de modelo 
creo que seria algo similar a esto

> s = Surv(c$tiempo, c$estado)
> summary(coxph(s ~ tratamiento , data = c) )

Exponenciando los coeficientes  del modelo tiene una media de efecto 
"Hazard Ratio", habitualmente usada en los estudios epidemiol�gicos y 
sobre los que puedes  plantear un test de  "no efecto", para cada uno de 
los tratamientos con respecto al grupo control.



On 11/08/16 18:12, Manuel Sp�nola wrote:
> Muchas gracias Pedro.
>
> Entiendo.  Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estad�sticamente
> significativa, pero como son 5 grupos como podr�a ver cuales grupos son los
> diferentes con survdiff. Por otro lado,  no quiero ver significancia
> estad�stica sino  que prefiero evaluar tama�o del efecto no estandarizado.
>
> Adem�s, survdiff da muchos intervalos de confianza.  Cu�les son los que se
> est� comparando?
>
> Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:
>
>  tratamiento=saran
>   time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 60 18   20.889  0.0741   0.75491.000
>131 16   10.833  0.0878   0.67781.000
>192 15   20.722  0.1056   0.54230.962
>252 13   40.500  0.1179   0.31500.794
>303  9   30.333  0.   0.17340.641
>379  6   30.167  0.0878   0.05930.468
>
>
> Manuel
>
> El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <
> pedro.concejerocer...@telefonica.com> escribi�:
>
>> Hola, Manuel,
>> No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
>>
>> hay alguna forma de comparar la probabilidad de
>> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
>> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
>> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
>> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>>
>>
>> Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de
>> supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias
>> significativas.
>> Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza
>> para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la
>> probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres
>> comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion
>> de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
>>
>> Hay alternativas al log-rank test
>> https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
>>
>> Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres
>> responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
>>
>> El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-requ...@r-project.org escribi�:
>>
>> [R-es] Comparaci�n de probabilidades de supervivencia en R
>>
>>
>>
>> --
>>
>>
>>
>>
>>
>> *Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocer...@telefonica.com
>>  skype: pedro.concejero twitter
>> @ConcejeroPedro  linkedin
>> pedroconcejero  Entusiasta R,
>> me encontrar�is aqu� gRupo R madRid
>> *
>>
>> --
>>
>> Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario,
>> puede contener informaci�n privilegiada o confidencial y es para uso
>> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el
>> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilizaci�n,
>> divulgaci�n y/o copia sin autorizaci�n puede estar prohibida en virtud de
>> la legislaci�n vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos
>> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma v�a y proceda a su
>> destrucci�n.
>>
>> The information contained in this transmission is privileged and
>> confidential information intended only for the use of the individual or
>> entity named above. If the reader of this message is not the intended
>> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or
>> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received
>> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the
>> sender that you have received this communication in error and then delete
>> it.
>>
>> Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinat�rio,
>> pode conter informa��o privilegiada ou confidencial e � para uso exclusivo
>> da pessoa ou entidade de destino. Se n�o � vossa senhoria o destinat�rio
>> indicado, fica notificado de que a leitura, utiliza��o, divulga��o e/ou
>> c�pia sem autoriza��o pode estar proibida em virtude da legisla��o vigente.
>> Se recebeu esta mens

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Pedro Concejero Cerezo]

Hola, Manuel
No es precisamente  mi especialidad, pero no es dificil encontrar informacion, 
por ejemplo
https://www.google.es/search?q=r+logrank+survival+multiple+comparisons
Encuentro ademas de la muy recomendable aunque muy teorica pregunta en 
stackexchange (primer resultado) lo siguiente:
http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/RVAideMemoire/html/surv.multcomp.html

Sobre la salida que muestras, mira si lo que pones es la salida de survdiff o 
de survfit. Lo que tienes en esa salida es la descripcion de la curva de 
supervivencia usando Kaplan-Meier, con su intervalo de confianza. Los puntos en 
time son aquellos para los que hay eventos en tus datos. Aqui no hay 
comparacion estadistica, es un metodo descriptivo y no parametrico de la 
supervivencia.

Haz un print de survdiff, ese es el que te da el contraste estadistico de 
comparacion de supervivencia entre grupos.


El 11/08/2016 a las 18:12, Manuel Spínola escribió:
Muchas gracias Pedro.

Entiendo.  Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente 
significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los 
diferentes con survdiff. Por otro lado,  no quiero ver significancia 
estadística sino  que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.

Además, survdiff da muchos intervalos de confianza.  Cuáles son los que se está 
comparando?

Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:

tratamiento=saran
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   60 18   20.889  0.0741   0.75491.000
  131 16   10.833  0.0878   0.67781.000
  192 15   20.722  0.1056   0.54230.962
  252 13   40.500  0.1179   0.31500.794
  303  9   30.333  0.   0.17340.641
  379  6   30.167  0.0878   0.05930.468


Manuel

El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo 
mailto:pedro.concejerocer...@telefonica.com>>
 escribió:
Hola, Manuel,
No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):

hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.

Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de 
supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias 
significativas.
Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza para 
los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la probabilidad de 
supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres comparar las curvas de 
supervivencia. Estas curvas son una representacion de la probabilidad de 
supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.

Hay alternativas al log-rank test
https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves

Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres responder 
antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.

El 11/08/2016 a las 15:53, 
r-help-es-requ...@r-project.org<mailto:r-help-es-requ...@r-project.org> 
escribió:

[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R



--
Pedro Concejero
E-mail: 
pedro.concejerocer...@telefonica.com<mailto:pedro.concejerocer...@telefonica.com>
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
Entusiasta R, me encontraréis aquí gRupo R madRid 
<http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>



Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede 
contener información privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la 
persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda 
notificado de que la lectura, utilización, divulgación y/o copia sin 
autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha 
recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente 
por esta misma vía y proceda a su destrucción.

The information contained in this transmission is privileged and confidential 
information intended only for the use of the individual or entity named above. 
If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby 
notified that any dissemination, distribution or copying of this communication 
is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not 
read it. Please immediately reply to the sender that you have received this 
communication in error and then delete it.

Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, pode 
conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo da pessoa 
ou en

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Pedro.

Entiendo.  Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente
significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los
diferentes con survdiff. Por otro lado,  no quiero ver significancia
estadística sino  que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.

Además, survdiff da muchos intervalos de confianza.  Cuáles son los que se
está comparando?

Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:

tratamiento=saran
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   60 18   20.889  0.0741   0.75491.000
  131 16   10.833  0.0878   0.67781.000
  192 15   20.722  0.1056   0.54230.962
  252 13   40.500  0.1179   0.31500.794
  303  9   30.333  0.   0.17340.641
  379  6   30.167  0.0878   0.05930.468


Manuel

El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <
pedro.concejerocer...@telefonica.com> escribió:

> Hola, Manuel,
> No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
>
> hay alguna forma de comparar la probabilidad de
> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>
>
> Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de
> supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias
> significativas.
> Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza
> para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la
> probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres
> comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion
> de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
>
> Hay alternativas al log-rank test
> https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
>
> Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres
> responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
>
> El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-requ...@r-project.org escribió:
>
> [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
>
>
>
> --
>
>
>
>
>
> *Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocer...@telefonica.com
>  skype: pedro.concejero twitter
> @ConcejeroPedro <https://twitter.com/ConcejeroPedro> linkedin
> pedroconcejero <http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es> Entusiasta R,
> me encontraréis aquí gRupo R madRid
> <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>*
>
> --
>
> Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario,
> puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso
> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el
> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización,
> divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de
> la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos
> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
>
> The information contained in this transmission is privileged and
> confidential information intended only for the use of the individual or
> entity named above. If the reader of this message is not the intended
> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or
> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received
> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the
> sender that you have received this communication in error and then delete
> it.
>
> Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário,
> pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo
> da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário
> indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou
> cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente.
> Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique
> imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
>



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspin...@una.cr 
mspinol...@gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Pedro Concejero Cerezo]

Hola, Manuel,
No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):

hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.

Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de 
supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias 
significativas.
Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza para 
los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la probabilidad de 
supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres comparar las curvas de 
supervivencia. Estas curvas son una representacion de la probabilidad de 
supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.

Hay alternativas al log-rank test
https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves

Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres responder 
antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.

El 11/08/2016 a las 15:53, 
r-help-es-requ...@r-project.org 
escribi�:

[R-es] Comparaci�n de probabilidades de supervivencia en R



--
Pedro Concejero
E-mail: 
pedro.concejerocer...@telefonica.com
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro
linkedin pedroconcejero
Entusiasta R, me encontrar�is aqu� gRupo R madRid 




Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede 
contener informaci�n privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la 
persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda 
notificado de que la lectura, utilizaci�n, divulgaci�n y/o copia sin 
autorizaci�n puede estar prohibida en virtud de la legislaci�n vigente. Si ha 
recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente 
por esta misma v�a y proceda a su destrucci�n.

The information contained in this transmission is privileged and confidential 
information intended only for the use of the individual or entity named above. 
If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby 
notified that any dissemination, distribution or copying of this communication 
is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not 
read it. Please immediately reply to the sender that you have received this 
communication in error and then delete it.

Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinat�rio, pode 
conter informa��o privilegiada ou confidencial e � para uso exclusivo da pessoa 
ou entidade de destino. Se n�o � vossa senhoria o destinat�rio indicado, fica 
notificado de que a leitura, utiliza��o, divulga��o e/ou c�pia sem autoriza��o 
pode estar proibida em virtude da legisla��o vigente. Se recebeu esta mensagem 
por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e 
proceda a sua destrui��o

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Carlos Ortega]

Hola,

Puedes mirar esto:

https://cloud.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 11 de agosto de 2016, 14:49, Manuel Spínola 
escribió:

> Estimados miembros de la lista,
>
> Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R.  Adjunto mis datos.
> Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para
> ello estoy utilizando el paquete survival.
>
>
> > s = Surv(c$tiempo, c$estado)
> > f = survfit(s ~ tratamiento, data = c)
> > d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c)
> > d
> Call:
> survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c)
>
> N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
> tratamiento=h+s18   15 12.00.74991.1362
> tratamiento=hojas  17   10 14.41.33652.1327
> tratamiento=lombri 15   11 11.30.01040.0156
> tratamiento=saran  18   15 13.90.08010.1254
> tratamiento=sin30   23 22.30.02020.0369
>
>  Chisq= 2.8  on 4 degrees of freedom, p= 0.59
>
>
> Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de
> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>
> Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo al
> final de 379 dás.
>
> Grupo 1: 0.167  95% CI: 0.0593 - 0.468
> Grupo 2: 0
> Grupo 3: 0.267 95% CI:  0.115 - 0.617
> Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468
> Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446
>
> Como comparar esas probabilidades de supervivencia?
>
> Muchas gracias,
>
> Manuel
>
>
>
> --
> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> Universidad Nacional
> Apartado 1350-3000
> Heredia
> COSTA RICA
> mspin...@una.cr 
> mspinol...@gmail.com
> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> Personal website: Lobito de río  site/lobitoderio/>
> Institutional website: ICOMVIS 
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>



-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Javier y Carlos.

multcomp es lo que estaba buscando.

Manuel

El 11 de agosto de 2016, 7:50, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> Puedes mirar esto:
>
> https://cloud.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 11 de agosto de 2016, 14:49, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Estimados miembros de la lista,
>>
>> Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R.  Adjunto mis datos.
>> Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para
>> ello estoy utilizando el paquete survival.
>>
>>
>> > s = Surv(c$tiempo, c$estado)
>> > f = survfit(s ~ tratamiento, data = c)
>> > d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c)
>> > d
>> Call:
>> survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c)
>>
>> N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
>> tratamiento=h+s18   15 12.00.74991.1362
>> tratamiento=hojas  17   10 14.41.33652.1327
>> tratamiento=lombri 15   11 11.30.01040.0156
>> tratamiento=saran  18   15 13.90.08010.1254
>> tratamiento=sin30   23 22.30.02020.0369
>>
>>  Chisq= 2.8  on 4 degrees of freedom, p= 0.59
>>
>>
>> Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de
>> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
>> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es
>> comparar
>> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
>> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>>
>> Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo
>> al
>> final de 379 dás.
>>
>> Grupo 1: 0.167  95% CI: 0.0593 - 0.468
>> Grupo 2: 0
>> Grupo 3: 0.267 95% CI:  0.115 - 0.617
>> Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468
>> Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446
>>
>> Como comparar esas probabilidades de supervivencia?
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> Manuel
>>
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> Universidad Nacional
>> Apartado 1350-3000
>> Heredia
>> COSTA RICA
>> mspin...@una.cr 
>> mspinol...@gmail.com
>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río > /lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS 
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspin...@una.cr 
mspinol...@gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río 
Institutional website: ICOMVIS 

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[javier.ruben.marcuzzi]

Estimado Manuel Spíndola

De un grupo sobrevive el 23 % del otro el 16 %. 

¿Usted desea algo como si fuese una regla de tres, donde los individuos del 
grupo X tienen un 160 % mayor sobrevida que, o los del grupo Y una sobrevida 
65% menos que los del grupo…? Puse números al azar.

¿O algo tipo una tabla de correlaciones de sobrevida entre grupos?

Javier Rubén Marcuzzi

De: Manuel Spínola
[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista,

Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R.  Adjunto mis datos.
Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para
ello estoy utilizando el paquete survival.


> s = Surv(c$tiempo, c$estado)
> f = survfit(s ~ tratamiento, data = c)
> d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c)
> d
Call:
survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c)

N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
tratamiento=h+s18   15 12.00.74991.1362
tratamiento=hojas  17   10 14.41.33652.1327
tratamiento=lombri 15   11 11.30.01040.0156
tratamiento=saran  18   15 13.90.08010.1254
tratamiento=sin30   23 22.30.02020.0369

 Chisq= 2.8  on 4 degrees of freedom, p= 0.59


Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.

Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo al
final de 379 dás.

Grupo 1: 0.167  95% CI: 0.0593 - 0.468
Grupo 2: 0
Grupo 3: 0.267 95% CI:  0.115 - 0.617
Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468
Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446

Como comparar esas probabilidades de supervivencia?

Muchas gracias,

Manuel



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspin...@una.cr 
mspinol...@gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río 
Institutional website: ICOMVIS 

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es