Re: [R-es] R igraph

[Javier Marcuzzi]

Estimados

Hace unos días por sugerencia de Luisfo Chiroque, utilicé esta opción:

datos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum”))

Se me ocurrió mirar el “weight” para conocer cuándo daba la suma, para hacerlo 
fácil dentro de un data.frame de la siguiente forma: 
head(get.data.frame(udatos.simple))
from to Descripcion B weight  structure(c("1", "1", 
"1", "1", "1", "1"), class = "AsIs")
1 Ficha 1022 Mes 10  NULL   NULL NULL   
 
Warning message:
In format.data.frame(x, digits = digits, na.encode = FALSE) :
  corrupt data frame: columns will be truncated or padded with NAs

  1
Y encontré este problema (la parte que leen en rojo).

Me llama la atención porque al resto de los procesos R los trabajo sin 
problemas, hasta hice el gráfico. Pero como en este último veo algunos nodos 
que tienen un tamaño grande respecto a otros se me pensé en mirar el data.frame 
con los pesos, ordenarlos de mayor a menor, y analizar que pasa por esa 
diferencias que observo en el gráfico.

¿Alguna sugerencia?

Otra cosa que me llama la atención es lo siguiente: 

De algunos ejemplos …

# Collapse multiple links of the same type between the same two nodes
# by summing their weights, using aggregate() by "from", "to", & "type":
links <- aggregate(links[,3], links[,-3], sum)
links <- links[order(links$from, links$to),]
colnames(links)[4] <- "weight"
rownames(links) <- NULL

Versus
# g4 has two edges going from Jim to Jack, and a loop from John to himself.
# We can simplify our graph to remove loops & multiple edges between the same 
nodes.
# Use 'edge.attr.comb' to indicate how edge attributes are to be combined - 
possible 
# options include "sum", "mean", "prod" (product), min, max, first/last 
(selects 
# the first/last edge's attribute). Option "ignore" says the attribute should 
be 
# disregarded and dropped.

g4s <- simplify( g4, remove.multiple = T, remove.loops = F, 
 edge.attr.comb=list(weight="sum", type="ignore") )

Algunos sugieren  aggregate, porque dicen que simplify podría tomar deciciónes, 
por decirlo de alguna forma, pero la opción de aggregate en mis pruebas me 
“confunde” en los resultados que obtengo. Entiendo que de la columna tercera, 
cuándo hay un elemento repetido, lo sume, luego descarto este valor (el de la 
columna tercera) quedando solo la suma calculada. Lo que en mi cabeza, 
mentalmente es como simplify, de la columna deseada aplique la función suma, 
resumiendo.

¿Habré comprendido bien?

Javier Rubén Marcuzzi

De: Javier Marcuzzi
Enviado: viernes, 1 de abril de 2016 12:56
Para: Luisfo Chiroque
CC: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] R igraph

Estimado Luisfo Chiroque

Muchas, gracias, creo que lo entendí, en estos momentos no puedo probarlo como 
para decir "ya está". 

Para comentarle, desconozco si fastgreedy es la función que necesito, pero como 
mi objetivo es realizar un gráfico donde agrupo elementos que están 
relacionados, tendré mucha prueba y error hasta que encuentre una forma 
entendible visualmente para los no estadísticos, y con números estadísticos que 
avalen esas relaciones y agrupaciones.

Muchas gracias

Javier Rubén Marcuzzi

El 1 de abril de 2016, 10:03, Luisfo Chiroque <luisf...@yahoo.es> escribió:
Estimado Javier,

El problema de simplify es que no sabe cómo mezclar las aristas a no ser que se 
lo indiques explícitamente.
No sé si por defecto se quedará con la primera o la última arista.
En cualquier caso, como parece que para tu objetivo esto es algo crítico, tiene 
remedio.
Tú sólo quieres calcular fastgreedey.community pero teniendo en cuenta si 
existen más de una arista entre dos nodos. Esta función tiene en cuenta los 
pesos si existe una variable ‘weight’.
1) Añade una variable weight a tu grafo, a todas las aristas, con peso 1
E(udatos)$weight <- 1
2) Simplifica el grafo. Por defecto, simplify suma las variables weight, si 
existen.
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum”))
Pero puedes añadir la función que quieras:
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight=function(w) {1 / 
sum(w)} ))
Dependiendo de si quieres dar un efecto positivo o negativo al hecho de que 
hayan más de una arista entre dos nodos.
De igual forma, podrías añadir funciones específicas para que simplify sepa 
cómo combinar atributos de aristas repetidas:
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum", 
"Descripcion A"=function(descr) {…}, “DescripcionB"=function(descr) {...}))
3) Ejecutas fastgreedy.community
fastgreedy.community(udatos.simple)
Si tuvieras que usar una relación de pesos más compleja, siempre la puedes 
indica

Re: [R-es] R igraph

[Javier Marcuzzi]

Estimado Luisfo Chiroque

Muchas, gracias, creo que lo entendí, en estos momentos no puedo probarlo
como para decir "ya está".

Para comentarle, desconozco si fastgreedy es la función que necesito, pero
como mi objetivo es realizar un gráfico donde agrupo elementos que están
relacionados, tendré mucha prueba y error hasta que encuentre una forma
entendible visualmente para los no estadísticos, y con números estadísticos
que avalen esas relaciones y agrupaciones.

Muchas gracias

Javier Rubén Marcuzzi

El 1 de abril de 2016, 10:03, Luisfo Chiroque <luisf...@yahoo.es> escribió:

> Estimado Javier,
>
> El problema de simplify es que no sabe cómo mezclar las aristas a no ser
> que se lo indiques explícitamente.
> No sé si por defecto se quedará con la primera o la última arista.
> En cualquier caso, como parece que para tu objetivo esto es algo crítico,
> tiene remedio.
> Tú sólo quieres calcular fastgreedey.community pero teniendo en cuenta si
> existen más de una arista entre dos nodos. Esta función tiene en cuenta los
> pesos si existe una variable ‘weight’.
> 1) Añade una variable weight a tu grafo, a todas las aristas, con peso 1
> E(udatos)$weight <- 1
> 2) Simplifica el grafo. Por defecto, simplify suma las variables weight,
> si existen.
> udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum”))
> Pero puedes añadir la función que quieras:
> udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight=function(w)
> {1 / sum(w)} ))
> Dependiendo de si quieres dar un efecto positivo o negativo al hecho de
> que hayan más de una arista entre dos nodos.
> De igual forma, podrías añadir funciones específicas para que simplify
> sepa cómo combinar atributos de aristas repetidas:
> udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum",
> "Descripcion A"=function(descr) {…}, “DescripcionB"=function(descr) {...}))
> 3) Ejecutas fastgreedy.community
> fastgreedy.community(udatos.simple)
> Si tuvieras que usar una relación de pesos más compleja, siempre la puedes
> indicar explícitamente en la función:
> fastgreedy.community(udatos.simple, weights = weights.vector)
> donde weights.vector es es un vector de valores, de tamaño
> ecount(udatos.simple); un valor por arista.
>
> Espero que esto te sea de ayuda y solucione tu problema.
>
> Un cordial saludo,
>
> Luisfo Chiroque
>
> PhD Student
> IMDEA Networks Institute
>
> http://fourier.networks.imdea.org/people/~luis_nunez/
>
>
> El 1 abr 2016, a las 15:13, Javier Marcuzzi <
> javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
>
> Estimado Luisfo Chiroque
>
> Hay aristas múltiples, eso es por la preparación de los datos, es que
> separe por componentes, no me refiero al término componente estadístico,
> sino a descomposición de algo en los componentes que lo construyen, algunos
> son comunes y otros no, cuándo son comunes hay una relación en la red.
>
> Voy a probar con simplify, cuándo lo leí yo lo descarté, lo releeré, ¿Qué
> opina de usar weighted=TRUE?, ¿Esto contaría las aristas duplicadas
> simplificando en un peso o el enfoque es diferente?
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> *De: *Luisfo Chiroque <luisf...@yahoo.es>
> *Enviado: *viernes, 1 de abril de 2016 2:59
> *Para: *Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcu...@gmail.com>
> *CC: *r-help-es@r-project.org
> *Asunto: *Re: [R-es] R igraph
>
> Estimado Javier,
>
> En mensaje de error la función se queja de que sólo funciona con grafos
> sin aristas multiples.
> Seguramente haya más de una arista entre algún par de nodos.
> Esto, se puede solucionar usando simplify()
> fastgreedy.community(simplify(udatos))
> No sé qué implicaciones tendrá en cuanto al resultado que saque. Depende
> de la importancia de las aristas múltiples en lo que estés haciendo.
> En cualquier caso, si te interesara, creo que a simplify se le puede
> añadir la forma en la que quieres que te ‘combine’ las aristas cuando son
> múltiples.
>
> Espero que te sirva.
>
> Un saludo,
> Luisfo
>
>
> > El 1 abr 2016, a las 1:31, Javier Marcuzzi <
> javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
> >
> > Estimados
> >
> > Copio un mensaje de error que da igraph, es más fácil verlo que
> explicarlo.
> >
> >> fastgreedy.community(udatos)
> > Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph,
> as.logical(merges),  :
> >  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on
> graphs without multiple edges, Invalid value
> >> cluster_louvain(udatos)
> > IGRAPH clustering multi level, groups: 7, mod: 0.26
> > + groups:
> >  $`1`
> >   [1] "Ficha 1127"  

Re: [R-es] R igraph

[Luisfo Chiroque via R-help-es]

Estimado Javier,

El problema de simplify es que no sabe cómo mezclar las aristas a no ser que se 
lo indiques explícitamente.
No sé si por defecto se quedará con la primera o la última arista.
En cualquier caso, como parece que para tu objetivo esto es algo crítico, tiene 
remedio.
Tú sólo quieres calcular fastgreedey.community pero teniendo en cuenta si 
existen más de una arista entre dos nodos. Esta función tiene en cuenta los 
pesos si existe una variable ‘weight’.
1) Añade una variable weight a tu grafo, a todas las aristas, con peso 1
E(udatos)$weight <- 1
2) Simplifica el grafo. Por defecto, simplify suma las variables weight, si 
existen.
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum”))
Pero puedes añadir la función que quieras:
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = 
list(weight=function(w) {1 / sum(w)} ))
Dependiendo de si quieres dar un efecto positivo o negativo al hecho de que 
hayan más de una arista entre dos nodos.
De igual forma, podrías añadir funciones específicas para que simplify sepa 
cómo combinar atributos de aristas repetidas:
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum", 
"Descripcion A"=function(descr) {…}, “DescripcionB"=function(descr) {...}))
3) Ejecutas fastgreedy.community
fastgreedy.community(udatos.simple)
Si tuvieras que usar una relación de pesos más compleja, siempre la puedes 
indicar explícitamente en la función:
fastgreedy.community(udatos.simple, weights = weights.vector)
donde weights.vector es es un vector de valores, de tamaño 
ecount(udatos.simple); un valor por arista.

Espero que esto te sea de ayuda y solucione tu problema.

Un cordial saludo,
Luisfo Chiroque
PhD Student
IMDEA Networks Institute
http://fourier.networks.imdea.org/people/~luis_nunez/ 
<http://fourier.networks.imdea.org/people/~luis_nunez/>
> El 1 abr 2016, a las 15:13, Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcu...@gmail.com> 
> escribió:
> 
> Estimado Luisfo Chiroque
>  
> Hay aristas múltiples, eso es por la preparación de los datos, es que separe 
> por componentes, no me refiero al término componente estadístico, sino a 
> descomposición de algo en los componentes que lo construyen, algunos son 
> comunes y otros no, cuándo son comunes hay una relación en la red.
>  
> Voy a probar con simplify, cuándo lo leí yo lo descarté, lo releeré, ¿Qué 
> opina de usar weighted=TRUE?, ¿Esto contaría las aristas duplicadas 
> simplificando en un peso o el enfoque es diferente?
>  
> Javier Rubén Marcuzzi
>  
> De: Luisfo Chiroque <mailto:luisf...@yahoo.es>
> Enviado: viernes, 1 de abril de 2016 2:59
> Para: Javier Marcuzzi <mailto:javier.ruben.marcu...@gmail.com>
> CC: r-help-es@r-project.org <mailto:r-help-es@r-project.org>
> Asunto: Re: [R-es] R igraph
>  
> Estimado Javier,
>  
> En mensaje de error la función se queja de que sólo funciona con grafos sin 
> aristas multiples.
> Seguramente haya más de una arista entre algún par de nodos.
> Esto, se puede solucionar usando simplify()
> fastgreedy.community(simplify(udatos))
> No sé qué implicaciones tendrá en cuanto al resultado que saque. Depende de 
> la importancia de las aristas múltiples en lo que estés haciendo.
> En cualquier caso, si te interesara, creo que a simplify se le puede añadir 
> la forma en la que quieres que te ‘combine’ las aristas cuando son múltiples.
>  
> Espero que te sirva.
>  
> Un saludo,
> Luisfo
>  
>  
> > El 1 abr 2016, a las 1:31, Javier Marcuzzi 
> > <javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
> > 
> > Estimados
> > 
> > Copio un mensaje de error que da igraph, es más fácil verlo que explicarlo.
> > 
> >> fastgreedy.community(udatos)
> > Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  
> > : 
> >  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on 
> > graphs without multiple edges, Invalid value
> >> cluster_louvain(udatos)
> > IGRAPH clustering multi level, groups: 7, mod: 0.26
> > + groups:
> >  $`1`
> >   [1] "Ficha 1127"  "Ficha 1309"  "Ficha 
> > 1530"  "Ficha 603"   "mes 2"
> > 
> > 
> > Los datos están de esta forma: (udatos son los mismos pero -  udatos 
> > <-as.undirected(datos.network))
> >> head(get.data.frame(dIgraph.network))
> >from  to   Descripcion A
> > Descripcion BRelacion
> > 1 Ficha 1022   mes 10FichaMes   
> > Ficha Mes
&g

Re: [R-es] R igraph

[Javier Marcuzzi]

Estimado Luisfo Chiroque

Hay aristas múltiples, eso es por la preparación de los datos, es que separe 
por componentes, no me refiero al término componente estadístico, sino a 
descomposición de algo en los componentes que lo construyen, algunos son 
comunes y otros no, cuándo son comunes hay una relación en la red.

Voy a probar con simplify, cuándo lo leí yo lo descarté, lo releeré, ¿Qué opina 
de usar weighted=TRUE?, ¿Esto contaría las aristas duplicadas simplificando en 
un peso o el enfoque es diferente?

Javier Rubén Marcuzzi

De: Luisfo Chiroque
Enviado: viernes, 1 de abril de 2016 2:59
Para: Javier Marcuzzi
CC: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] R igraph

Estimado Javier,

En mensaje de error la función se queja de que sólo funciona con grafos sin 
aristas multiples.
Seguramente haya más de una arista entre algún par de nodos.
Esto, se puede solucionar usando simplify()
fastgreedy.community(simplify(udatos))
No sé qué implicaciones tendrá en cuanto al resultado que saque. Depende de la 
importancia de las aristas múltiples en lo que estés haciendo.
En cualquier caso, si te interesara, creo que a simplify se le puede añadir la 
forma en la que quieres que te ‘combine’ las aristas cuando son múltiples.

Espero que te sirva.

Un saludo,
Luisfo


> El 1 abr 2016, a las 1:31, Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcu...@gmail.com> 
> escribió:
> 
> Estimados
> 
> Copio un mensaje de error que da igraph, es más fácil verlo que explicarlo.
> 
>> fastgreedy.community(udatos)
> Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
>  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on graphs 
> without multiple edges, Invalid value
>> cluster_louvain(udatos)
> IGRAPH clustering multi level, groups: 7, mod: 0.26
> + groups:
>  $`1`
>   [1] "Ficha 1127"  "Ficha 1309"  "Ficha 
> 1530"  "Ficha 603"   "mes 2"  
>   
> 
> Los datos están de esta forma: (udatos son los mismos pero -  udatos 
> <-as.undirected(datos.network))
>> head(get.data.frame(dIgraph.network))
>from   to  Descripcion A   Descripcion B   Relacion
> 1 Ficha 1022  mes 10  Ficha   Mes Ficha 
> Mes
> 2 Ficha 1024  mes 8   Ficha   Mes 
> Ficha Mes
> 3 Ficha 1028  mes 2   Ficha   Mes 
> Ficha Mes
> …
> 
> Esperando que sea entendible mi correo, ¿Dónde tendré el problema? ¿En la 
> preparación de los datos?
> Desde ya, gracias.
> 
> Javier Rubén Marcuzzi
> 
> 
>   [[alternative HTML version deleted]]
> 
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] R igraph

[Luisfo Chiroque via R-help-es]

Estimado Javier,

En mensaje de error la función se queja de que sólo funciona con grafos sin 
aristas multiples.
Seguramente haya más de una arista entre algún par de nodos.
Esto, se puede solucionar usando simplify()
fastgreedy.community(simplify(udatos))
No sé qué implicaciones tendrá en cuanto al resultado que saque. Depende de la 
importancia de las aristas múltiples en lo que estés haciendo.
En cualquier caso, si te interesara, creo que a simplify se le puede añadir la 
forma en la que quieres que te ‘combine’ las aristas cuando son múltiples.

Espero que te sirva.

Un saludo,
Luisfo


> El 1 abr 2016, a las 1:31, Javier Marcuzzi  
> escribió:
> 
> Estimados
> 
> Copio un mensaje de error que da igraph, es más fácil verlo que explicarlo.
> 
>> fastgreedy.community(udatos)
> Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
>  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on graphs 
> without multiple edges, Invalid value
>> cluster_louvain(udatos)
> IGRAPH clustering multi level, groups: 7, mod: 0.26
> + groups:
>  $`1`
>   [1] "Ficha 1127"  "Ficha 1309"  "Ficha 
> 1530"  "Ficha 603"   "mes 2"  
>   
> 
> Los datos están de esta forma: (udatos son los mismos pero -  udatos 
> <-as.undirected(datos.network))
>> head(get.data.frame(dIgraph.network))
>from   to  Descripcion A   Descripcion B   Relacion
> 1 Ficha 1022  mes 10  Ficha   Mes Ficha 
> Mes
> 2 Ficha 1024  mes 8   Ficha   Mes 
> Ficha Mes
> 3 Ficha 1028  mes 2   Ficha   Mes 
> Ficha Mes
> …
> 
> Esperando que sea entendible mi correo, ¿Dónde tendré el problema? ¿En la 
> preparación de los datos?
> Desde ya, gracias.
> 
> Javier Rubén Marcuzzi
> 
> 
>   [[alternative HTML version deleted]]
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