Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Got it! :D 2014-11-07 21:31 GMT-02:00 Aureliano Guedes : > Eu conheço o BioPerl. Mas eu preciso fazer essas pequenas rotinas eu > mesmo. Porque alem de serem pequenas pra necessitar de módulos externos, > fica mais portável para sistemas que nao possuem o BioPerl instalado. E > também são exercícios. > Mesmo assim obrigado. > > Andre Carneiro escreveu: > > Aureliano, > > Você considerou usar Bioperl, para auxiliá-lo na 'lida' com > bioinformática? > > É uma biblioteca bastante madura e amplamente usada. Seria bom dar uma > olhada - http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page > > https://metacpan.org/pod/distribution/BioPerl/BioPerl.pm > > > Atenciosamente > > 2014-11-07 20:35 GMT-02:00 Ronaldo Ferreira de Lima : > > Saudações Aureliano, > > On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: > [...] > > o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. > [...] > Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings > sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente > dezenas): > > 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna >my @condom; >push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna > 2; > > 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle >local $/ = \3; >open my $fh, q(<), \$rna; >my @condom = <$fh>; > > []'s > -- > "Não manejo bem as palavras > Mas manipulo bem as strings." > -- > http://tecnoveneno.blogspot.com > ___ > Rio-pm mailing list > Rio-pm@pm.org > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm > > > > > -- > André Garcia Carneiro > Software Engineer > (11)982907780 > > ___ > Rio-pm mailing list > Rio-pm@pm.org > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm > -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Eu conheço o BioPerl. Mas eu preciso fazer essas pequenas rotinas eu mesmo. Porque alem de serem pequenas pra necessitar de módulos externos, fica mais portável para sistemas que nao possuem o BioPerl instalado. E também são exercícios. Mesmo assim obrigado. Andre Carneiro escreveu: Aureliano, Você considerou usar Bioperl, para auxiliá-lo na 'lida' com bioinformática? É uma biblioteca bastante madura e amplamente usada. Seria bom dar uma olhada - http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page https://metacpan.org/pod/distribution/BioPerl/BioPerl.pm Atenciosamente 2014-11-07 20:35 GMT-02:00 Ronaldo Ferreira de Lima : > Saudações Aureliano, > > On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: > [...] > > o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. > [...] > Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings > sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente > dezenas): > > 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna >my @condom; >push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna > 2; > > 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle >local $/ = \3; >open my $fh, q(<), \$rna; >my @condom = <$fh>; > > []'s > -- > "Não manejo bem as palavras > Mas manipulo bem as strings." > -- > http://tecnoveneno.blogspot.com > ___ > Rio-pm mailing list > Rio-pm@pm.org > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm > -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Aureliano, Você considerou usar Bioperl, para auxiliá-lo na 'lida' com bioinformática? É uma biblioteca bastante madura e amplamente usada. Seria bom dar uma olhada - http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page https://metacpan.org/pod/distribution/BioPerl/BioPerl.pm Atenciosamente 2014-11-07 20:35 GMT-02:00 Ronaldo Ferreira de Lima : > Saudações Aureliano, > > On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: > [...] > > o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. > [...] > Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings > sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente > dezenas): > > 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna >my @condom; >push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna > 2; > > 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle >local $/ = \3; >open my $fh, q(<), \$rna; >my @condom = <$fh>; > > []'s > -- > "Não manejo bem as palavras > Mas manipulo bem as strings." > -- > http://tecnoveneno.blogspot.com > ___ > Rio-pm mailing list > Rio-pm@pm.org > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm > -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Saudações Aureliano, On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: [...] > o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. [...] Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente dezenas): 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna my @condom; push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna > 2; 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle local $/ = \3; open my $fh, q(<), \$rna; my @condom = <$fh>; []'s -- "Não manejo bem as palavras Mas manipulo bem as strings." -- http://tecnoveneno.blogspot.com ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Obrigado. Ajudou muito mesmo.
Vou salvar aqui pois depois posso precisar dessas dicas.
Enrique Pessoa escreveu:
Aureliano,
Sobre, \w, \W, \s, \S, mais informações em
http://perldoc.perl.org/perlre.html#Regular-Expressions , item Character
Classes and other Special Escapes.
Para casar apenas com um A, C, U ou G você deveria usar /[ACUG]/. Para
casar com 3 dessas letras acrescente {3} para indicar 'três vezes', assim: /
[ACUG]{3}/
No caso da sequências de caracteres com as quais você está trabalhando (que
contém sempre apenas essas letras), todas as outras opções abaixo são
válidas, mas não necessariamente apropriadas.
/.{3}/ - três caracteres quaisquer
/\w{3}/ - três letras
/\D{3}/ - três não digitos
/\S{3}/ - três não espaço
/[^vV]{3}/ - três caracteres que não sejam a letra v
/[ACUG]{3}/i - três caracteres que sejam A, C, U ou G (podendo ser
minúsculas)
Quanto às formas de se obter partes de uma sequência de caracteres, eu só
tenho o hábito de usar split quando quero remover o delimitador.
my $lista_de_numeros = '12,23,34';
my $delimitador = ',';
my @numeros = split($delimitador, $lista_de_numeros);
Uma outra forma possível de fazer esse mesmo trabalho é:
my @codons;
# global continue pegando de um a três caracteres (para caso len($ma) mod 3
não dê zero)
while ($ma =~ /\G(.{1,3})/gc) {
push @codons, $1;
}
Abraços,
Enrique Pessôa
*Enrique Pessôa | Technology Products Manager, Brazil | RR Donnelley |
Global Capital Markets*
+55 21 2103.0508 | enrique.pes...@rrd.com | +55 21 9.8127.0077
* <http://www.infoinvest.com.br/> | 15 anos de tecnologia para RI | Clique
para conferir
<https://www.youtube.com/watch?v=gkxxbshF4Ic&feature=youtu.be>*
Em 7 de novembro de 2014 12:51, Daniel Vinciguerra <
dan.vincigue...@gmail.com> escreveu:
> pode usar o split mesmo...
>
> my @array = split '(\w{3})', $rna;
>
>
> *Daniel Vinciguerra (@dvinciguerra)*
> Web solution architect, perl dev, vegetarian, geek and co-founder at
> *Bivee*
> bivee.com.br - github.com/Bivee
>
> 2014-11-07 12:03 GMT-02:00 Aureliano Guedes :
>
> Funcionou, o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia o
>> \w. Mas compreendi completamente o código.
>> Obrigado.
>>
>> --------------
>> Date: Fri, 7 Nov 2014 11:47:06 -0200
>> From: leprevos...@gmail.com
>> To: rio-pm@pm.org
>> Subject: Re: [Rio-pm] Dúvida com split
>>
>>
>> Oi Aureliano,
>>
>> tenta o seguinte:
>>
>> my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
>>
>> abraços
>>
>>
>> On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes wrote:
>>
>> Ola monges,
>>
>> Tenho uma dúvida simples.
>> Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
>> $rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
>> Só hipotético mesmo.
>>
>> Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
>> AUG ACG AAG CGU UGA UCC
>>
>> Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um
>> split
>> my @codons = split /condição/, $dna;
>>
>> O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para
>> agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
>> /(A|C|U|G){3}/
>> /(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
>> /(d+){3}/
>> /d+\d+\d+\/
>> /d+{3}/
>> /d+d+d+/
>> Ate tentei mexer no split
>> my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
>>
>> Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
>> Obrigado.
>>
>>
>> ___
>> Rio-pm mailing listRio-pm@pm.orghttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>>
>> --
>> Felipe da Veiga Leprevost, PhD.www.leprevost.com.br
>> Laboratory for Proteomics and Protein Engineering.
>> Fiocruz, Brazil.
>>
>>
>> ___ Rio-pm mailing list
>> Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>> ___
>> Rio-pm mailing list
>> Rio-pm@pm.org
>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>
>
> ___
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm@pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
___
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Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Aureliano,
Sobre, \w, \W, \s, \S, mais informações em
http://perldoc.perl.org/perlre.html#Regular-Expressions , item Character
Classes and other Special Escapes.
Para casar apenas com um A, C, U ou G você deveria usar /[ACUG]/. Para
casar com 3 dessas letras acrescente {3} para indicar 'três vezes', assim: /
[ACUG]{3}/
No caso da sequências de caracteres com as quais você está trabalhando (que
contém sempre apenas essas letras), todas as outras opções abaixo são
válidas, mas não necessariamente apropriadas.
/.{3}/ - três caracteres quaisquer
/\w{3}/ - três letras
/\D{3}/ - três não digitos
/\S{3}/ - três não espaço
/[^vV]{3}/ - três caracteres que não sejam a letra v
/[ACUG]{3}/i - três caracteres que sejam A, C, U ou G (podendo ser
minúsculas)
Quanto às formas de se obter partes de uma sequência de caracteres, eu só
tenho o hábito de usar split quando quero remover o delimitador.
my $lista_de_numeros = '12,23,34';
my $delimitador = ',';
my @numeros = split($delimitador, $lista_de_numeros);
Uma outra forma possível de fazer esse mesmo trabalho é:
my @codons;
# global continue pegando de um a três caracteres (para caso len($ma) mod 3
não dê zero)
while ($ma =~ /\G(.{1,3})/gc) {
push @codons, $1;
}
Abraços,
Enrique Pessôa
*Enrique Pessôa | Technology Products Manager, Brazil | RR Donnelley |
Global Capital Markets*
+55 21 2103.0508 | enrique.pes...@rrd.com | +55 21 9.8127.0077
* <http://www.infoinvest.com.br/> | 15 anos de tecnologia para RI | Clique
para conferir
<https://www.youtube.com/watch?v=gkxxbshF4Ic&feature=youtu.be>*
Em 7 de novembro de 2014 12:51, Daniel Vinciguerra <
dan.vincigue...@gmail.com> escreveu:
> pode usar o split mesmo...
>
> my @array = split '(\w{3})', $rna;
>
>
> *Daniel Vinciguerra (@dvinciguerra)*
> Web solution architect, perl dev, vegetarian, geek and co-founder at
> *Bivee*
> bivee.com.br - github.com/Bivee
>
> 2014-11-07 12:03 GMT-02:00 Aureliano Guedes :
>
> Funcionou, o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia o
>> \w. Mas compreendi completamente o código.
>> Obrigado.
>>
>> --------------
>> Date: Fri, 7 Nov 2014 11:47:06 -0200
>> From: leprevos...@gmail.com
>> To: rio-pm@pm.org
>> Subject: Re: [Rio-pm] Dúvida com split
>>
>>
>> Oi Aureliano,
>>
>> tenta o seguinte:
>>
>> my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
>>
>> abraços
>>
>>
>> On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes wrote:
>>
>> Ola monges,
>>
>> Tenho uma dúvida simples.
>> Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
>> $rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
>> Só hipotético mesmo.
>>
>> Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
>> AUG ACG AAG CGU UGA UCC
>>
>> Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um
>> split
>> my @codons = split /condição/, $dna;
>>
>> O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para
>> agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
>> /(A|C|U|G){3}/
>> /(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
>> /(d+){3}/
>> /d+\d+\d+\/
>> /d+{3}/
>> /d+d+d+/
>> Ate tentei mexer no split
>> my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
>>
>> Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
>> Obrigado.
>>
>>
>> ___
>> Rio-pm mailing listRio-pm@pm.orghttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>>
>> --
>> Felipe da Veiga Leprevost, PhD.www.leprevost.com.br
>> Laboratory for Proteomics and Protein Engineering.
>> Fiocruz, Brazil.
>>
>>
>> ___ Rio-pm mailing list
>> Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>> ___
>> Rio-pm mailing list
>> Rio-pm@pm.org
>> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>>
>
>
> ___
> Rio-pm mailing list
> Rio-pm@pm.org
> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
pode usar o split mesmo...
my @array = split '(\w{3})', $rna;
*Daniel Vinciguerra (@dvinciguerra)*
Web solution architect, perl dev, vegetarian, geek and co-founder at *Bivee*
bivee.com.br - github.com/Bivee
2014-11-07 12:03 GMT-02:00 Aureliano Guedes :
> Funcionou, o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia o
> \w. Mas compreendi completamente o código.
> Obrigado.
>
> --
> Date: Fri, 7 Nov 2014 11:47:06 -0200
> From: leprevos...@gmail.com
> To: rio-pm@pm.org
> Subject: Re: [Rio-pm] Dúvida com split
>
>
> Oi Aureliano,
>
> tenta o seguinte:
>
> my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
>
> abraços
>
>
> On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes wrote:
>
> Ola monges,
>
> Tenho uma dúvida simples.
> Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
> $rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
> Só hipotético mesmo.
>
> Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
> AUG ACG AAG CGU UGA UCC
>
> Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um
> split
> my @codons = split /condição/, $dna;
>
> O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para
> agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
> /(A|C|U|G){3}/
> /(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
> /(d+){3}/
> /d+\d+\d+\/
> /d+{3}/
> /d+d+d+/
> Ate tentei mexer no split
> my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
>
> Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
> Obrigado.
>
>
> ___
> Rio-pm mailing listRio-pm@pm.orghttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
>
>
> --
> Felipe da Veiga Leprevost, PhD.www.leprevost.com.br
> Laboratory for Proteomics and Protein Engineering.
> Fiocruz, Brazil.
>
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Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Funcionou, o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia o \w.
Mas compreendi completamente o código.
Obrigado.
Date: Fri, 7 Nov 2014 11:47:06 -0200
From: leprevos...@gmail.com
To: rio-pm@pm.org
Subject: Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Oi Aureliano,
tenta o seguinte:
my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
abraços
On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes
wrote:
Ola monges,
Tenho uma dúvida simples.
Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
$rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
Só hipotético mesmo.
Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando
codons:
AUG ACG AAG CGU UGA UCC
Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso
usando um split
my @codons = split /condição/, $dna;
O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição
para agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
/(A|C|U|G){3}/
/(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
/(d+){3}/
/d+\d+\d+\/
/d+{3}/
/d+d+d+/
Ate tentei mexer no split
my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
Obrigado.
___
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http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
--
Felipe da Veiga Leprevost, PhD.
www.leprevost.com.br
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Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Oi Aureliano,
tenta o seguinte:
my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
abraços
On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes wrote:
Ola monges,
Tenho uma dúvida simples.
Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
$rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
Só hipotético mesmo.
Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
AUG ACG AAG CGU UGA UCC
Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando
um split
my @codons = split /condição/, $dna;
O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para
agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
/(A|C|U|G){3}/
/(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
/(d+){3}/
/d+\d+\d+\/
/d+{3}/
/d+d+d+/
Ate tentei mexer no split
my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
Obrigado.
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
--
Felipe da Veiga Leprevost, PhD.
www.leprevost.com.br
Laboratory for Proteomics and Protein Engineering.
Fiocruz, Brazil.
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
[Rio-pm] Dúvida com split
Ola monges,
Tenho uma dúvida simples.
Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
$rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
Só hipotético mesmo.
Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
AUG ACG AAG CGU UGA UCC
Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um split
my @codons = split /condição/, $dna;
O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para agrupar
de 3 em 3 letras já tentei:
/(A|C|U|G){3}/
/(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
/(d+){3}/
/d+\d+\d+\/
/d+{3}/
/d+d+d+/
Ate tentei mexer no split
my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
Obrigado.
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