[Rio-pm] Dúvida com split
Ola monges,
Tenho uma dúvida simples.
Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
$rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
Só hipotético mesmo.
Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
AUG ACG AAG CGU UGA UCC
Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um split
my @codons = split /condição/, $dna;
O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para agrupar
de 3 em 3 letras já tentei:
/(A|C|U|G){3}/
/(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
/(d+){3}/
/d+\d+\d+\/
/d+{3}/
/d+d+d+/
Ate tentei mexer no split
my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
Obrigado.
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
pode usar o split mesmo...
my @array = split '(\w{3})', $rna;
*Daniel Vinciguerra (@dvinciguerra)*
Web solution architect, perl dev, vegetarian, geek and co-founder at *Bivee*
bivee.com.br - github.com/Bivee
2014-11-07 12:03 GMT-02:00 Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com:
Funcionou, o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia o
\w. Mas compreendi completamente o código.
Obrigado.
--
Date: Fri, 7 Nov 2014 11:47:06 -0200
From: leprevos...@gmail.com
To: rio-pm@pm.org
Subject: Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Oi Aureliano,
tenta o seguinte:
my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
abraços
On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes wrote:
Ola monges,
Tenho uma dúvida simples.
Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
$rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
Só hipotético mesmo.
Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
AUG ACG AAG CGU UGA UCC
Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um
split
my @codons = split /condição/, $dna;
O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para
agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
/(A|C|U|G){3}/
/(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
/(d+){3}/
/d+\d+\d+\/
/d+{3}/
/d+d+d+/
Ate tentei mexer no split
my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
Obrigado.
___
Rio-pm mailing listRio-pm@pm.orghttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
--
Felipe da Veiga Leprevost, PhD.www.leprevost.com.br
Laboratory for Proteomics and Protein Engineering.
Fiocruz, Brazil.
___ Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Obrigado. Ajudou muito mesmo.
Vou salvar aqui pois depois posso precisar dessas dicas.
Enrique Pessoa enrique.pes...@rrd.com escreveu:
Aureliano,
Sobre, \w, \W, \s, \S, mais informações em
http://perldoc.perl.org/perlre.html#Regular-Expressions , item Character
Classes and other Special Escapes.
Para casar apenas com um A, C, U ou G você deveria usar /[ACUG]/. Para
casar com 3 dessas letras acrescente {3} para indicar 'três vezes', assim: /
[ACUG]{3}/
No caso da sequências de caracteres com as quais você está trabalhando (que
contém sempre apenas essas letras), todas as outras opções abaixo são
válidas, mas não necessariamente apropriadas.
/.{3}/ - três caracteres quaisquer
/\w{3}/ - três letras
/\D{3}/ - três não digitos
/\S{3}/ - três não espaço
/[^vV]{3}/ - três caracteres que não sejam a letra v
/[ACUG]{3}/i - três caracteres que sejam A, C, U ou G (podendo ser
minúsculas)
Quanto às formas de se obter partes de uma sequência de caracteres, eu só
tenho o hábito de usar split quando quero remover o delimitador.
my $lista_de_numeros = '12,23,34';
my $delimitador = ',';
my @numeros = split($delimitador, $lista_de_numeros);
Uma outra forma possível de fazer esse mesmo trabalho é:
my @codons;
# global continue pegando de um a três caracteres (para caso len($ma) mod 3
não dê zero)
while ($ma =~ /\G(.{1,3})/gc) {
push @codons, $1;
}
Abraços,
Enrique Pessôa
*Enrique Pessôa | Technology Products Manager, Brazil | RR Donnelley |
Global Capital Markets*
+55 21 2103.0508 | enrique.pes...@rrd.com | +55 21 9.8127.0077
* http://www.infoinvest.com.br/ | 15 anos de tecnologia para RI | Clique
para conferir
https://www.youtube.com/watch?v=gkxxbshF4Icfeature=youtu.be*
Em 7 de novembro de 2014 12:51, Daniel Vinciguerra
dan.vincigue...@gmail.com escreveu:
pode usar o split mesmo...
my @array = split '(\w{3})', $rna;
*Daniel Vinciguerra (@dvinciguerra)*
Web solution architect, perl dev, vegetarian, geek and co-founder at
*Bivee*
bivee.com.br - github.com/Bivee
2014-11-07 12:03 GMT-02:00 Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com:
Funcionou, o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia o
\w. Mas compreendi completamente o código.
Obrigado.
--
Date: Fri, 7 Nov 2014 11:47:06 -0200
From: leprevos...@gmail.com
To: rio-pm@pm.org
Subject: Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Oi Aureliano,
tenta o seguinte:
my @codons = $rna =~ m/\w{3}/g;
abraços
On 07-11-2014 11:44, Aureliano Guedes wrote:
Ola monges,
Tenho uma dúvida simples.
Digamos que eu tenha uma string com uma sequencia de RNA:
$rna = 'AUGACGAAGCGUUGAUCC';
Só hipotético mesmo.
Então quero agrupar de 3 em 3 letras (nucleotídeos) formando codons:
AUG ACG AAG CGU UGA UCC
Para isso eu acho conveniente colocar em um array, e faço isso usando um
split
my @codons = split /condição/, $dna;
O meu problema é na condição, não estou conseguindo uma condição para
agrupar de 3 em 3 letras já tentei:
/(A|C|U|G){3}/
/(A|C|U|G)(A|C|U|G)(A|C|U|G)/
/(d+){3}/
/d+\d+\d+\/
/d+{3}/
/d+d+d+/
Ate tentei mexer no split
my @codons = /(A|U|C|G)/, $rna, 3;
Sei que a dúvida é besta, mas alguém de daria uma luz?
Obrigado.
___
Rio-pm mailing listRio-pm@pm.orghttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
--
Felipe da Veiga Leprevost, PhD.www.leprevost.com.br
Laboratory for Proteomics and Protein Engineering.
Fiocruz, Brazil.
___ Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm___
Rio-pm mailing list
Rio-pm@pm.org
http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Saudações Aureliano, On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: [...] o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. [...] Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente dezenas): 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna my @condom; push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna 2; 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle local $/ = \3; open my $fh, q(), \$rna; my @condom = $fh; []'s -- Não manejo bem as palavras Mas manipulo bem as strings. -- http://tecnoveneno.blogspot.com ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Aureliano, Você considerou usar Bioperl, para auxiliá-lo na 'lida' com bioinformática? É uma biblioteca bastante madura e amplamente usada. Seria bom dar uma olhada - http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page https://metacpan.org/pod/distribution/BioPerl/BioPerl.pm Atenciosamente 2014-11-07 20:35 GMT-02:00 Ronaldo Ferreira de Lima jimmy@gmail.com: Saudações Aureliano, On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: [...] o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. [...] Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente dezenas): 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna my @condom; push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna 2; 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle local $/ = \3; open my $fh, q(), \$rna; my @condom = $fh; []'s -- Não manejo bem as palavras Mas manipulo bem as strings. -- http://tecnoveneno.blogspot.com ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Eu conheço o BioPerl. Mas eu preciso fazer essas pequenas rotinas eu mesmo. Porque alem de serem pequenas pra necessitar de módulos externos, fica mais portável para sistemas que nao possuem o BioPerl instalado. E também são exercícios. Mesmo assim obrigado. Andre Carneiro andregarciacarne...@gmail.com escreveu: Aureliano, Você considerou usar Bioperl, para auxiliá-lo na 'lida' com bioinformática? É uma biblioteca bastante madura e amplamente usada. Seria bom dar uma olhada - http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page https://metacpan.org/pod/distribution/BioPerl/BioPerl.pm Atenciosamente 2014-11-07 20:35 GMT-02:00 Ronaldo Ferreira de Lima jimmy@gmail.com: Saudações Aureliano, On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: [...] o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. [...] Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente dezenas): 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna my @condom; push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna 2; 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle local $/ = \3; open my $fh, q(), \$rna; my @condom = $fh; []'s -- Não manejo bem as palavras Mas manipulo bem as strings. -- http://tecnoveneno.blogspot.com ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
Re: [Rio-pm] Dúvida com split
Got it! :D 2014-11-07 21:31 GMT-02:00 Aureliano Guedes guedes_1...@hotmail.com: Eu conheço o BioPerl. Mas eu preciso fazer essas pequenas rotinas eu mesmo. Porque alem de serem pequenas pra necessitar de módulos externos, fica mais portável para sistemas que nao possuem o BioPerl instalado. E também são exercícios. Mesmo assim obrigado. Andre Carneiro andregarciacarne...@gmail.com escreveu: Aureliano, Você considerou usar Bioperl, para auxiliá-lo na 'lida' com bioinformática? É uma biblioteca bastante madura e amplamente usada. Seria bom dar uma olhada - http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page https://metacpan.org/pod/distribution/BioPerl/BioPerl.pm Atenciosamente 2014-11-07 20:35 GMT-02:00 Ronaldo Ferreira de Lima jimmy@gmail.com: Saudações Aureliano, On Fri, Nov 07, 2014 at 02:03:08PM +, Aureliano Guedes wrote: [...] o fato é que ainda não aprendi bem regex então não conhecia \w. [...] Sendo regexp uma limitação, você poderia fazer a manipulação de strings sem o uso de regexp neste caso. Dois exemplos (de provavelmente dezenas): 1. # Obs.: Destrói o conteúdo de $rna my @condom; push @condom, substr $rna, 0, 3, q() while length $rna 2; 2. # Trata o conteúdo da scalar $rna como um filehandle local $/ = \3; open my $fh, q(), \$rna; my @condom = $fh; []'s -- Não manejo bem as palavras Mas manipulo bem as strings. -- http://tecnoveneno.blogspot.com ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- André Garcia Carneiro Software Engineer (11)982907780 ___ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm
