Re: [R] How can i do an automatic upgrade of R 2.5.1 to R 2.7.1

. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http://biomserv.univ-lyon1.fr/%7Ejombart/ http://adegenet.r-forge.r

[R] new mailing list: R-sig-genetics

-sig-genetics homepage: https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-genetics Best regards, Thibaut Jombart. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex

Re: [R] Research Notes

, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http://biomserv.univ-lyon1.fr

Re: [R] representing binary data for Genetic Algorithm in R

. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Jombart-Thibaut-.html?lang=en

Re: [R] CRAN packages hosting policy

other terrific things, like bug-tracking, mailing-lists, forums, etc. Hope this will help. Best regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622

Re: [R] Fwd: time series regression

after 'removing' autocorrelation. This can be achieved by regression onto a lagged variable (see lag.listw in spdep, which can also be applied to temporal context), or onto eigenvectors of a temporal proximity matrix. Cheers, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART

Re: [R] Spatially Lagged Predictor Variable Models

Wilson,. (2007) Methods to account for spatial autocorrelation in the analysis of species distributional data: a review. /Ecography/ 30:5, 609–628 This may be a good starting point. Cheers, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie

Re: [R] Plot Principal component analysis

ellipses of different color for each group; each ellipse represents 95 % of the inertia of the corresponding group. The more ellipses overlap, the less your groups are differentiated on the factorial plane. Cheers, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558

Re: [R] How to include the documentation of a function in a Sweave document?

-- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Jombart-Thibaut-.html?lang=en http://adegenet.r-forge.r-project.org

Re: [R] How to include the documentation of a function in a Sweave document?

pdf indeed looks a bit nasty. What command shall we include in the header to have it work? Best, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex

Re: [R] Standard method for S4 object

for more control on the content of the object. Cheers, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL

Re: [R] Standard method for S4 object

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Re: [R] Accessing the elements of a list

..5. c.1..2..33..4..5. c.1..2..333..4..5. c.1..2....4..5. 3 33 333 Cheers, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite

Re: [R] Which Linux OS on Athlon amd64, to comfortably run R?

distributions, 64bits or not. Hope this help. Thibaut, 64bit-linux-Ruser and still alive. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35

Re: [R] How can I use Adehabitat to obtain an .asc object with the predicted values of a niche model?

://www.faunalia.com/cgi-bin/mailman/listinfo/animov Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax

Re: [R] PCA with NA

. at the origin. Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http

Re: [R] problem with nb2listw

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Re: [R] shrink a dataframe for plotting

) for examples of such methods in Ecology, and the R packages ade4, vegan and hclust. Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél

Re: [R] Romoving elements from a vector. Looking for the opposite of c(), New user

){ + + for(elem in toremove){ + temp - grep(elem,vec)[1] + if(!is.na(temp)) vec - vec[-temp] + } + + return(vec) + } f1(x,z) [1] 3 4 4 6 8 Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive

Re: [R] vectorize a list

unlist(l) a1 a2 a3 a4 b1 b2 b3 b4 1 2 3 4 5 6 7 8 Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax

Re: [R] Sweave, and long lasting scripts

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Re: [R] Can I create pdfs with dataframes instead of images?

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Re: [R] PDF output

producing the figure) to try and reproduce this error ? Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88

Re: [R] how to split data.frame by row?

I would have thought that : newdf=cbind(df[1:2,], df[3:4,]) newdf was what was looked for. But there may be a quicker way. Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11

Re: [R] Help needed on calculation of Moran's I

, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Jombart

Re: [R] Spatial autocorrelation

. Regards, Thibaut. -- ## Thibaut JOMBART CNRS UMR 5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Universite Lyon 1 43 bd du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Tél. : 04.72.43.29.35 Fax : 04.72.43.13.88 [EMAIL PROTECTED] http://lbbe.univ-lyon1.fr