1. Whitebox GAT http://www.uoguelph.ca/~hydrogeo/Whitebox/screenshots.html
2. Saga Gis http://www.saga-gis.org/en/index.htmlGrass Gis es muy bueno también, aunque un poco difícil de entender su funcionamiento al inicio. Por si te interesa, te dejo un blog donde colgué unos videos de introducción a Grass Gis.
Saludos