Yo tengo las mismas dudas, pero puedo ayudar:

3. En el gestor gráfico que encuentras en el menú de inicio no aparecen todos los paquetes. Si quieres instalar programas de consola usa Synaptic. Trisquel -> Configuración del sistema -> Gestor de paquetes Synaptic

5. Trisquel -> Apagar -> Apagar debería funcionar

Con respecto al correo electrónico, privacytools.io es un buen sitio. Yo uso openmailbox ya que viene con alamcenamiento en la nube y es fácil configurarlo en Icedove.

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