Para poner la licencia en un archivo, solo escríbela en la cabecera. Hay
muchos ejemplos en la red.
En este artículo explica como poner la licencia en archivos JavaScript
https://www.gnu.org/philosophy/javascript-trap.es.html
Pero la misma licencia en válida para archivos PHP o para cualquier otro
programa. Recordar, ese resumen debe ir en el encabezado de cada archivo, mas
un archivo en el directorio base que tenga una copia de la misma COMPLETA.
Por ejemplo el proyecto qtox https://github.com/qTox/qTox tiene un archivo
llamado LICENSE que es una copia de la GPL V3, pero todo el código fuente
ubicado en el directorio src, tiene dicho encabezado. Eso es todo, nada
complicado.
Sds