Désolé, pas concerné par le sujet mais les réponses dont la dernière sont hyper 
intéressantes, instructives et bien écrites. Merci!
> Le 24 août 2017 à 17:52, Jean Christophe André 
> <jean-christophe.an...@auf.org> a écrit :
> 
> Le 2017-08-24 à 17:10, Michel Leduc a écrit :
>> 
>> Voici où j'en suis....
>> 
>> Il me semble avoir installé   calibre avec     sudo apt-get install calibre
>> 
> 
> Dans ce cas, l'erreur qu'on a vu tout à l'heure n'est pas liée à cette 
> installation de Calibre mais à une autre installation manuelle avant cela, 
> soit de Calibre également, soit d'une autre application ayant des librairies 
> en commun avec Calibre (ici la librairie protobuf). Ça c'est pour 
> l'explication la plus probable.
> 
>> Les permissions affichées dans usr/share/applications sont root
>> 
> 
> À cet endroit là, c'est normal et c'est souhaitable : tout ce qui se trouve 
> sous /usr/share (contrairement à /usr/local) « appartient » au système 
> d'exploitation et ne doit pas être modifié par les utilisateurs. Donc 
> normalement ça va appartenir à root, ou à un autre compte système.
> 
> Typiquement, quand on installe avec APT, ça va aller sous /usr/… (mais pas 
> sous /usr/local). Alors que quand on installe avec autre chose, ça ira dans 
> /usr/local, ou dans /opt, ou encore dans le compte utilisateur.
> 
>> J'ai donc fait une suppression complète de calibre et calibre-bin par 
>> synaptic.
>> 
>> j'ai réinstallé calibre par synaptic... même problème le lancement dans un 
>> terminal de donne rien. Le lancement avec sudo fonctionne. Les permissions 
>> semblent être à nouveau    root...
>> 
>> ??????????
>> 
> 
> C'est assez logique en fait. La gestion via Synaptic (qui utilise APT 
> derrière) installe et désinstalle les choses aux emplacements prévus pour le 
> système d'exploitation.
> 
> Or la librairie qui gêne ici se trouve dans /usr/local. Elle n'est pas vue 
> par Synaptic ou APT, car elle n'a pas été installée de la façon prévue par le 
> système d'exploitation. On ne peut donc pas la supprimer de cette façon.
> 
> 
> Ici on est confronté au problème plus général du choix d'installer des choses 
> via le système ou à la main.
> 
> Quand on le fait via le système (Synaptic, APT ou dérivés), cela passe par 
> des procédures qui vont garantir que le système reste propre et stable ; et 
> on peut alors garantir qu'une suppression va normalement bien se passer et 
> que le nettoyage sera généralement complet (aux données utilisateurs près).
> 
> Tandis que quand on installe à la main, là on n'a plus aucune garantie : les 
> fichiers pourraient être installés aux mauvais endroit, et on n'a pas 
> forcément une trace de ce qui a été fait pendant l'installation, donc on n'a 
> pas la liste des choses à supprimer ou défaire quand on veut désinstaller…
> 
> On n'a donc généralement pas de recette systématique pour « nettoyer » une 
> installation manuelle quelconque, sauf si cela a été prévu ou documenté (par 
> exemple si on a noté tout ce qui a été fait au moment de l'installation).
> 
> 
> Ici on a quand même un peu de chance : la librairie gênante est en Python, et 
> l'installation d'une librairie de ce langage se fait généralement via un 
> autre système d'installation : pip
> 
> Tu peux donc essayer de supprimer la librairie gênante avec la commande 
> suivante :
> 
> sudo pip uninstall protobuf
> 
> Par contre attention : étant donné qu'on n'a pas de gestion de dépendances 
> ici, cette commande te permettra de supprimer cette librairie même si elle 
> est encore indispensable au fonctionnement d'une autre application ! Tandis 
> qu'une désinstallation via APT informerait des applications qui dépendraient 
> de cette librairie et proposerait soit d'abandonner soit de les désinstaller 
> aussi.
> 
> Ici, sans connaissance précise de tout ce qui a été installé sur ton système, 
> je ne peux pas te dire a priori si cette suppression va bloquer autre chose 
> ou non. Par contre, si quelque chose ne fonctionnait plus après cela, tu 
> pourrais toujours réinstaller exactement cette version de la librairie avec 
> la commande suivante :
> 
> sudo pip install protobuf==3.2.0
> 
> J.C.
> 
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> Jean Christophe ANDRÉ  @  Agence universitaire de la Francophonie
> ✉ : 3034, boul. Édouard-Montpetit, Montréal (QC)  H3T 1J7, CANADA
> ⎧Note personnelle : merci d'éviter de m'envoyer des fichiers    ⎫
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