Acho que encontrei a resposta! Esses 3 bytes estavam vindo de um include que eu dava no meu index.htm
Eu dava o include de config.php e este arquivo foi salvo na codificação UTF-8 com BOM. A solução foi abrir esse arquivo no Notepad+ + e convertê-lo para UTF-8 sem BOM. Ai fiz alguns testes aqui e o problema não aconteceu mais :)
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