Hello everybody,
please have a look at this email from my collegue Cindy!
Claus
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Dear freesurfers,
I would like to do a cortical thickness group comparison of patients and
two control groups.
Therefore I already pre-processed my data with an older version of freesurfer
(I think v3.05). As I tried to create an average subject I realized that there
is a bug in the make_average_subject script of v3.0.5 so that no ?h.thickness
cards were calculated for my average subject. I learned from the mailing list
archive that I could create the thickness cards using mri_surf2surf but was
not sure how to define the necessary variables. Just using a newer script
(e.g. v4.04) unfortunately was not possible as the older version of freesurfer
did not yield all cards necessary during the pre-processing and the resulting
average brain looked kind of deformed. Now my question: does anyone still work
with the freesurfer version v4.0.0 and could sent me the make_average_subject
script of this version? There the mentioned bug should have been fixed...
Thanks and greatings
Cindy
-------- Original-Nachricht --------
Datum: Mon, 3 Nov 2008 14:35:50 +0100 (CET)
Von: Claus Tempelmann <[EMAIL PROTECTED]>
An: Cindy Eckart <[EMAIL PROTECTED]>
Betreff: Re: freesurfer average
Hallo nochmals,
ich habe mal kurz in das log-file reingeschaut. Da taucht ja in der ersten
haelfte recht haeufig die Meldung "could not open ..." auf. Bist Du
sicher, dass das nichts mit dem Problem zu tun hat?
Claus
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Claus Tempelmann email: [EMAIL PROTECTED]
Clinic for Neurology II
MR department Tel.: +49-(0)391-6117183
OvG University Magdeburg +49-(0)391-6117177
Leipziger Strasse 44
39120 Magdeburg Fax: +49-(0)391-6117178
Germany
On Mon, 3 Nov 2008, Cindy Eckart wrote:
make_average_subject --subjects <subj1> >subj2> ... <subj36> --echo
--out averagesubject
das "--echo"-Flag ist dabei jedoch irrelevant, weil es nur festlegt,
dass ein dokumentierendes log-file erstellt wird (das hab ich dir
vorsichtshalber auch einmal angehängt)
LG Cindy
-------- Original-Nachricht --------
Datum: Mon, 3 Nov 2008 13:39:37 +0100 (CET)
Von: Claus Tempelmann <[EMAIL PROTECTED]>
An: Cindy Eckart <[EMAIL PROTECTED]>
CC: Claus Tempelmann <[EMAIL PROTECTED]>
Betreff: Re: freesurfer average
Hallo Cindy,
kannst Du mir dazu noch Deine verwendete Befehlszeile schicken?
Danke
Claus
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Claus Tempelmann email: [EMAIL PROTECTED]
Clinic for Neurology II
MR department Tel.: +49-(0)391-6117183
OvG University Magdeburg +49-(0)391-6117177
Leipziger Strasse 44
39120 Magdeburg Fax: +49-(0)391-6117178
Germany
On Mon, 3 Nov 2008, Cindy Eckart wrote:
Hallo Claus,
hier die beiden Hemisphären des freesurfer average als TIFF-Datei...
vielleicht auch noch ganz nützlich, das average wurde anhand von 36
Probanden aus 3 Gruppen erstellt...
Vielen dank und liebe Grüße
Cindy
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