FreeSurfer experts, I am attempting to use the two stage model for longitudinal analysis, however I keep receiving an error message that my design matrix is poorly scaled. I belive I have cross-checked my qdec, fsgd, design matrix, and contrast files and they all match so I do not think the problem is a mismatch. I am wondering if I made some sort of mistake in my script design or design matrix creation...
Anyway here is the command line input: mri_glmfit --glmdir lh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir --X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --y lh.testretest.thickness-pc1.stack.fwhm10.mgh --C age_AcctGroup_AcctSite_AcctGender_twoStage.DOSSDS.mtx --C DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_twoStage.DOSSDS.mtx --C DiffDiagnosis_ControlMore_AgeSlope_AcctSite_AcctGender_twoStage.DOSSDS.mtx --C DiffGender_MaleMore_AcctSite_AcctDiagnosis_AcctAge_twoStage.DOSSDS.mtx --C DiffGender_MaleMore_AgeSlope_AcctSite_AcctDiagnosis_twoStage.DOSSDS.mtx --label lh.testretest.fsaverage.cortex.label --surf fsaverage lh The error message is attached within file AllSite_twoStageLongitudinal_DsgnMtxErr.txt Additionally I've included my analysis script, all timepoint qdec file, temporal average qdec file, fsgd file, and design matrix. -Tim Timothy Hendrickson Department of Psychiatry University of Minnesota Office: 612-624-6441 Mobile: 507-259-3434 (texts okay)
Design matrix ------------------ 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.600 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.800 0.000 0.000 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.500 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.200 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.295 0.000 0.000 0.000; 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.800 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.495 0.000; 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.095 0.000 0.000; 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.895 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.665 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 11.745 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 12.500 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 13.995; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 14.740; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 11.265 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.240 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 13.415 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 14.835 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 14.240 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 11.835 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.825 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.835 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 15.820; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 16.000 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 13.675 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 15.420; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 11.245 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.695; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.400 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.310 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.450; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.400; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.955 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.410 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.905 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.210 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.500; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.200 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.305; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.435 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.895 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.795 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.500 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.900 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.985 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.390 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.180; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.380 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.200; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.090 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.790 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.090; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.090; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.685 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.085 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.810 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.885 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.900 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.995 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 12.595 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.200 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.950 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.490 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.495 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.295 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.595 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.415 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.605 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.605 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.600; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.600; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.005 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.705 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.585 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.795 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.690 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.190 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.400 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.605 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.210 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 11.090 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.495 0.000 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.195 0.000 0.000; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 15.595; 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.400 0.000 0.000; -------------------------------- ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 -------------------------------- Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. If you seek help with this problem, make sure to send:
AllSite_longAnalysis_11_16_16_noYears.table.dat
Description: Binary data
cross.AllSite_longAnalysis_11_16_16_noYears.table.dat
Description: Binary data
DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat
Description: Binary data
twoStageLongitudinal_AllSite_Gender_Group_Age.fsgd
Description: Binary data
#!/bin/bash
#Author Timothy Hendrickson
#Modified last -July 12, 2016
#This is a script which will run the two-stage model from Freesurfer.
#debugging
set -x
# set nice priority to 19 for given job
renice -n 19 -p $$
# set command argument to determine hemisphere
hemi=$1 #will accept '$hemi' or 'lh'
#set qdec file for first stage
qdec=AllSite_longAnalysis_11_16_16_noYears.table.dat
#set qdec file for second stage
tempAvgQdec=cross.AllSite_longAnalysis_11_16_16_noYears.table.dat
#set fsgd file for second stage, created in part by performing the following
command to average covariates
#fsgdfile=twoStageLongitudinal_AllSite_Gender_Group_StanAges.fsgd
fsgdfile=twoStageLongitudinal_AllSite_Gender_Group_Age.fsgd
#set data dir and SUBJECTS_DIR for freesurfer
datadir=`pwd -P`
SUBJECTS_DIR=$datadir
#set base up to be used later when determining .mgh and .glmdir
base=$hemi.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage
smooth=10
# First stage: Prepare the Data
long_mris_slopes --qdec $qdec --meas thickness --hemi $hemi --do-avg --do-rate
--do-pc1 --do-spc --do-stack --do-label --time age --qcache fsaverage --sd
$SUBJECTS_DIR
#Second stage: Perform tests on data.
#long_mris_slopes: Computes slope maps (e.g. of thickness) in a longitudinal
study.
#The slope is computed within subject from the longitudinally processed
#results (taken from the <tpNid>.long.<template> directories) and the
#output is written into the subjects <template>/surf directory for further
#processing
long_mris_slopes --qdec $tempAvgQdec \
--meas thickness \
--hemi $hemi \
--sd $SUBJECTS_DIR \
--do-pc1 --do-label \
--generic-time \
--fwhm $smooth \
--qcache fsaverage \
--stack-pc1 $hemi.testretest.thickness-pc1.stack.mgh \
--isec-labels $hemi.testretest.fsaverage.cortex.label
mri_glmfit \
--glmdir $base.glmdir \
--X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat \
--y $hemi.testretest.thickness-pc1.stack.fwhm${smooth}.mgh \
--C age_AcctGroup_AcctSite_AcctGender_twoStage.DOSSDS.mtx \
--C
DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_twoStage.DOSSDS.mtx \
--C
DiffDiagnosis_ControlMore_AgeSlope_AcctSite_AcctGender_twoStage.DOSSDS.mtx \
--C
DiffGender_MaleMore_AcctSite_AcctDiagnosis_AcctAge_twoStage.DOSSDS.mtx \
--C
DiffGender_MaleMore_AgeSlope_AcctSite_AcctDiagnosis_twoStage.DOSSDS.mtx \
--label $hemi.testretest.fsaverage.cortex.label \
--surf fsaverage $hemi
for i in abs pos neg
do
mri_glmfit-sim \
--glmdir ${base}.glmdir \
--cache 1.3 $i \
--cwp 0.05 \
--2spaces &
done
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
