External Email - Use Caution Hi Freesurfer community,
I was trying to use mris_label2annot to generate annotation file, my commands are: mris_label2annot --s p6 --h rh --a t500 --ldir $SUBJECTS_DIR/p6/label/regenerated_rh_500 --nhits nhits.mgh --ctab /home/rachelsun/Software/freesurfer/resolution1015_LUT.txt --l $SUBJECTS_DIR/p6/label/regenerated_rh_500/rh.pericalcarine_7.label --surf pial The output of the command is: Reading ctab /home/rachelsun/Software/freesurfer/resolution1015_LUT.txt Number of ctab entries 1016 $Id: mris_label2annot.c,v 1.20 2016/01/07 23:28:11 greve Exp $ cwd /home/rachelsun/Software/freesurfer/subjects/fsaverage5/mri cmdline mris_label2annot --s p6 --h rh --a t500 --ldir /home/rachelsun/Software/freesurfer/subjects/p6/label/regenerated_rh_500 --nhits nhits.mgh --ctab /home/rachelsun/Software/freesurfer/resolution1015_LUT.txt --l /home/rachelsun/Software/freesurfer/subjects/p6/label/regenerated_rh_500/rh.pericalcarine_7.label --surf pial sysname Linux hostname rachel-pc machine x86_64 user rachelsun subject p6 hemi rh SUBJECTS_DIR /home/rachelsun/Software/freesurfer/subjects ColorTable /home/rachelsun/Software/freesurfer/resolution1015_LUT.txt AnnotName t500 NHitsFile nhits.mgh nlables 1 LabelThresh 0 0.000000 Loading /home/rachelsun/Software/freesurfer/subjects/p6/surf/rh.pial 1 107939 rh.lateralorbitofrontal_9 Mapping unhit to unknown Found 123130 unhit vertices Writing annot to /home/rachelsun/Software/freesurfer/subjects/p6/label/rh.t500.annot I am sure I have rh.pericalcarine_7 in the folder, but the code always generates rh.lateralorbitofrontal_9 region. And I also attached my colortable file for your reference. Thank you for your help. Best regards, Rachel
#$Id: resolution1015_LUT.txt,v 1.0 07/01/2014 12:00:00 nicks Exp $ #No. Label Name: R G B A 0 Unknown 0 0 0 0 507 Right-Hippocampus 177 47 2 0 344 rh.pericalcarine_7 136 101 192 0 345 rh.pericalcarine_2 16 144 153 0 346 rh.pericalcarine_6 20 127 246 0 347 rh.pericalcarine_4 235 202 207 0 340 rh.cuneus_4 85 27 228 0 341 rh.pericalcarine_1 184 20 237 0 342 rh.pericalcarine_5 253 88 213 0 343 rh.pericalcarine_3 86 11 7 0 810 lh.inferiorparietal_22 176 136 44 0 811 lh.inferiorparietal_17 104 3 72 0 812 lh.inferiorparietal_11 171 184 95 0 813 lh.inferiorparietal_13 82 126 48 0 348 rh.pericalcarine_8 117 74 237 0 349 rh.lateraloccipital_18 72 222 178 0 816 lh.inferiorparietal_20 231 154 234 0 817 lh.precuneus_14 213 182 207 0 719 lh.postcentral_24 0 120 76 0 718 lh.postcentral_14 14 118 128 0 717 lh.postcentral_2 206 106 58 0 716 lh.postcentral_28 25 173 78 0 715 lh.postcentral_23 120 182 93 0 714 lh.postcentral_6 101 196 165 0 713 lh.isthmuscingulate_3 30 50 13 0 712 lh.isthmuscingulate_2 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lh.parsorbitalis_2 52 84 3 0 527 lh.parsorbitalis_1 163 104 29 0 520 lh.lateralorbitofrontal_11 136 133 36 0 521 lh.lateralorbitofrontal_8 108 5 175 0 522 lh.lateralorbitofrontal_5 193 166 165 0 523 lh.lateralorbitofrontal_1 86 9 150 0 1014 Left-Amygdala 91 223 206 0 1015 Brain-Stem 193 129 211 0 599 lh.superiorfrontal_12 147 62 10 0 528 lh.parsorbitalis_4 57 226 184 0 529 lh.frontalpole_1 221 184 214 0 1012 Left-Accumbens-area 31 115 122 0 1013 Left-Hippocampus 47 135 18 0 449 rh.middletemporal_19 88 43 139 0 448 rh.middletemporal_5 151 107 41 0 443 rh.middletemporal_17 127 152 220 0 442 rh.middletemporal_7 210 235 175 0 441 rh.middletemporal_14 180 114 241 0 440 rh.middletemporal_4 217 231 62 0 447 rh.middletemporal_3 130 16 239 0 446 rh.middletemporal_1 222 106 220 0 445 rh.middletemporal_9 62 149 216 0 444 rh.middletemporal_8 172 85 146 0 108 rh.superiorfrontal_13 90 92 36 0 109 rh.superiorfrontal_32 204 75 224 0 102 rh.superiorfrontal_5 219 189 193 0 103 rh.superiorfrontal_22 199 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