Parece el típico ejemplo de pánico a la hoja en blanco... antes de una entrega!
Suponiendo que tienes los conocimientos para calcular el momento hidrofóbico de una proteína y ser capaz de identificar las relaciones... Divide el problema en partes y divide cada parte en acciones, e intenta ir de los abstracto a lo concreto. Ahora por lo que veo tienes: 1.- abrir un archivo pdb y leerlo 2.- extraer los datos y almacenar los datos importantes 3.- tratar los datos para detectar la parte hidrofóbica 4.- calcular el momento, 5.- etc.. Así que lo primero que haría es ver como se puede abrir un archivo pdb [1] con python y como parsearlo. [1] https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank_%28file_format%29 Prueba a hacer preguntas mas concretar y quizás podamos ayudarte. Saludos
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