El día 11 de marzo de 2014, 10:10, Víctor J. Gallardo López < gallard...@gmail.com> escribió: > Hola! > > Tengo que hacer un mini proyecto escrito en python y la verdad que no sé ni > como empezar. El proyecto consiste en en calcular el momento hidrofóbico de > una proteína, que puede ser por regiones (por estructura secundaria o por > ventanas de n-residuos). Una vez calculado, se podría mirar si existe una > relacion entre el lugar de unión a otras proteínas y su momento hidrofóbico > en esa región (adjunto un artículo que explica mejor en que consiste el > momento hidrofóbico). > > Entiendo que lo que debemos hacer es que a partir de un archivo pdb, mirar > la estructura primaria i secundaria (dependiendo de si es hélice o lámina) i > combinar ambos datos para ver que región de la proteína tendra una parte > hidrofóbica. El artículo adjuntado da un numero conscenso de las > hidrofobicidades de cada aminoácido. > > La verdad es que no sé como realizar esto mediante un script de python... > Espero que me puedan ayudar. > Muchísimas gracias por su atención!
No es nada fácil lo que planteas, y no lo digo por ser una materia poco conocida. No hay cosa más compleja de programar que un algoritmo de reconocimiento de patrones, como parece que necesitas (aka "Machine Learning"). No tiene nada de "mini" este proyecto. Te recomiendo que empieces por el material que tiene el Instituto Pasteur sobre bioprogramación python, sobre todo Biskit: http://biskit.pasteur.fr/ > > Atentamente, > > > > > _______________________________________________ > Python-es mailing list > Python-es@python.org > https://mail.python.org/mailman/listinfo/python-es > FAQ: http://python-es-faq.wikidot.com/ > -- Hyperreals *R "Quarks, bits y otras criaturas infinitesimales": http://ch3m4.org/blog Buscador Python Hispano: http://ch3m4.org/python-es
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