Prezados,
Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é
list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro
dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a
posição das colunas )?
Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a
seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles
que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém
poderia me ajudar ? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
ROTINA:#1)Lendo arquivo
genotiposgen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo
genotiposdim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na
primerira colunahead(gen)
#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionadosnomes<-
read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")dim(nomes)#90 x 0
#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas
colunasgen1<-cbind(nomes,gen)head(gen1)#juntou !dim(gen1)#90 x 24165
#4)Lendo o arquivo de frequência alélicafreq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T)
#lendo arquivo freq aleldim(freq)#22894 x 4head(freq)
#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAFlista_SNP_sel<-
freq$nun_snp_freqhead(lista_SNP_sel)#Está como
fatorlist<-as.character(lista_SNP_sel)head(list)length(list)dim(gen1)
#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados
pela MAFtable(list%in%colnames(gen1))
#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894
!logico<-colnames(gen1)%in%listhead(logico)head(gen1)head(list)gen2<-
gen1[,logico]head(gen2)dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo
declarados como falsos, por que ?)
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